| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 6098324 = | 24 (0.570) | 46 (1.190) | 40/244 | 0.1 | 67.2% | coding (821/867 nt) | PP_5350 | RpiR family transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | = 6098314 | 23 (0.600) | coding (831/867 nt) | PP_5350 | RpiR family transcriptional regulator | |||||
TTCGCGGGCTTGCCCCGTTCACACAGGAATTGCACCGATTTATAGAAGTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAACAGGCCAGTACAGGTTGAATTCAGTCGTCGGTAGCCTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCGGTGTCTTCATGCACGTCGA > NC_002947/6098175‑6098471 | accggcctcttcgcgggcttgccccgttcacacaggaattgcaccgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagac > 1:674414‑M1/150‑150 (MQ=255) ccggcctcttcgcgggcttgccccgttcacacaggaattgcaccgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCg < 1:955378‑M1/2‑1 (MQ=255) ccggcctcttcgcgggcttgccccgttcacacaggaattgcaccgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCg < 2:332807‑M1/2‑1 (MQ=255) cggcctcttcgcgggcttgccccgttcacacaggaattgcaccgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGc > 1:24105‑M1/148‑150 (MQ=255) gcctcttcgcgggcttgccccgttcacacaggaattgcaccgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCaa > 2:298908‑M1/146‑150 (MQ=255) gcctcttcgcgggcttgccccgttcacacaggaattgcaccgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCaa < 1:480503‑M1/5‑1 (MQ=255) gcctcttccggggcttgccccgttcacacaggaattgcaccgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcacgcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCaa > 1:972825‑M1/146‑150 (MQ=255) tcttcgcgggcttgccccgttcacacaggaattgcaccgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCt < 2:159009‑M1/8‑1 (MQ=255) ttaccccGTTAACACTGGACGTACACCGATTTATAGAATTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAACAGGCCAGTACAGGTTGAATTCAGTCGTCGGTAGCCTTGATCGACTTGGGCGACAGACgcaagctgcgcaagctgc < 1:492225/147‑1 (MQ=38) cccGTTCACACAGGAATTGCACCGATTTATAGAAGTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAACAGGCCAGTACAGGTTGAATTCAGTCGTCGGTAGCCTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGttt > 1:776768/1‑150 (MQ=255) ccGTTCACACAGGAATTGCACCGATTTATAGAAGTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAACAGGCCAGTACAGGTTGAATTCAGTCGTCGGTAGCCTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTc > 1:742932/1‑150 (MQ=255) gcttgccccgttcacacaggaattgcaccgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCAc > 1:645781‑M1/134‑150 (MQ=255) cccgttcacacaggaattgcaccgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCaa > 2:401464‑M1/128‑132 (MQ=255) cccgttcacacaggaattgcaccgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCaa < 1:401464‑M1/5‑1 (MQ=255) cacacaggaattgcaccgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAggtg > 1:619708‑M1/122‑150 (MQ=255) aTTGCACCGATTTATAGAAGTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAACAGGCCAGTACAGGTTGAATTCAGTCGTCGGTAGCCTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAggtg < 2:742932/150‑1 (MQ=255) acacaggaattgcaccgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcacgcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAggtgg > 2:706939‑M1/121‑150 (MQ=255) aCCGATTTATAGAAGTGCACAGTACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAACAGGCCAGTACAGGTTGAATTCAGTCGTCGGTAGCCTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGa > 2:1049864/1‑150 (MQ=255) gaattgcaccgatttatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGAcc < 2:920056‑M1/36‑1 (MQ=255) tatagaagtgcacagtacctgtgggagcgggacagatcgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCcgcg < 1:509487‑M1/50‑1 (MQ=255) atagaagtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCcgcgc < 2:310631‑M1/51‑1 (MQ=255) tACCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAACAGGCCAGTACAGGTTGAATTCAGTCGTCGGTAGCCTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCAt < 2:153801/150‑1 (MQ=255) gtgcacagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATg > 1:948804‑M1/94‑150 (MQ=255) ttcacagtaccggtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATgg > 2:549645‑M1/93‑150 (MQ=255) cTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAACAGGCCAGTACATGTTGAATTCAGTCGTCGGTAGCCTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACGctct < 1:401843/113‑1 (MQ=255) cTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGAACAGGCCAGTACATGTTGAATTCAGTCGTCGGTAGCCTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACGctct > 2:401843/1‑113 (MQ=255) acagtacctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCaa > 1:550832‑M1/90‑150 (MQ=255) tgGGAGCGGGCAAGCCCGCGAACAGGCCAGTACAGGTTGAATTCAGTCGTCGGTAGCCTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAAc < 2:322190/150‑1 (MQ=255) ggAGCGGGCAAGCCCGCGAACAGGCCAGTACAGGTTGAATTCAGTCGTCGGTAGCCTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAgg < 1:365035/113‑1 (MQ=255) ggAGCGGGCAAGCCCGCGAACAGGCCAGTACAGGTTGAATTCAGTCGTCGGTAGCCTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAgg > 2:365035/1‑113 (MQ=255) gAGCGGGCAAGCCCGCGAACAGGCCAGTACAGGTTGAATTCAGTCGTCGGTAGCCTTGATCGACTTGGGCGACAGAcgcaagctgcgcaagc > 1:83471/1‑92 (MQ=255) gAGCGGGCAAGCCCGCGAACAGGCCAGTACAGGTTGAATTCAGTCGTCGGTAGCCTTGATCGACTTGGGCGACAGAcgcaagctgcgcaagc < 2:83471/92‑1 (MQ=255) cctgtgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCa > 2:825180‑M1/84‑150 (MQ=255) tgggagcgggcaagcccgcgaacaggccagtaccggtcaaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGc > 2:509487‑M1/80‑150 (MQ=255) gagcgggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAg < 2:257996‑M1/74‑1 (MQ=255) ggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGt > 2:352447‑M1/72‑150 (MQ=255) ggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGt > 2:193526‑M1/72‑150 (MQ=255) ggcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTATTCACCAGGGTTACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGt < 2:552698‑M1/79‑1 (MQ=255) gcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCAc < 1:117416‑M1/77‑1 (MQ=255) gcaagcccgcgaacaggccagtacaggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCAc > 2:117416‑M1/71‑147 (MQ=255) 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ggttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATAcgc < 2:116539‑M1/105‑1 (MQ=255) gttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGc > 1:312870‑M1/45‑84 (MQ=255) gttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGc < 2:312870‑M1/40‑1 (MQ=255) gttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCAc < 2:849378‑M1/77‑1 (MQ=255) gttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCAc > 1:849378‑M1/45‑121 (MQ=255) ttgaattcagtcgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGa > 1:310631‑M1/44‑150 (MQ=255) 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cgtcggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTgggg > 1:85955‑M1/33‑150 (MQ=255) cTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGGACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTggggg > 2:758570/1‑149 (MQ=255) cTTGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGgt > 2:295780/1‑150 (MQ=255) tGATCGACTTGGGCGACAGACGCAAGCTGCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGgtgt < 2:376799/150‑1 (MQ=255) ggtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTa > 1:454679‑M1/29‑150 (MQ=255) gtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATca < 2:1020668‑M1/85‑1 (MQ=255) gtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATca > 1:1020668‑M1/28‑112 (MQ=255) gtagccttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAg > 2:480503‑M1/28‑150 (MQ=255) cttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGAGCTCCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGAtctc < 1:113962‑M1/128‑1 (MQ=255) ttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCg > 2:853179‑M1/22‑150 (MQ=255) ttgatcgacttgggcgacagaCGCAAGCTGCGTTTCACGCTCTTCAGGTGGTTGACCAGGCTAGGCCCGCGCGCCATGGCAACGCCCATGGCCAGCACGTCGATCACCACCAGGTGGGCAATACGCGAGGTCAGTGGGGTGTAGATCTCg > 2:777302‑M1/22‑150 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|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |