New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 337784 = | 60 (1.430) | 11 (0.330) | 13/210 | 1.7 | 21.9% | intergenic (‑31/+98) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
? | NC_002947 | 337868 = | 31 (0.930) | intergenic (‑115/+14) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
TAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCG > NC_002947/337724‑337997 | tAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGcagtca < 2:788886/150‑1 (MQ=255) ggTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCGCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACGCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGcagtcagt < 1:820563/150‑1 (MQ=255) ggCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACGTATGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGtc > 1:535381/1‑150 (MQ=255) gAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCgg > 1:866751/1‑150 (MQ=255) ggtTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGATTTGAGGGAGAAGGCTTTGGCACGCCCGCTTCCACAGGTATAGGTACA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTg < 1:758913/150‑1 (MQ=37) gggCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGCGGCCCTCTTCGCGTGCACGCCCGCTCGCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcag < 2:873835/150‑1 (MQ=255) ggCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcagg > 1:546020/1‑150 (MQ=255) cATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcag < 1:5766/147‑1 (MQ=255) cATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcag > 2:5766/1‑147 (MQ=255) ggCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATcc < 1:1417/150‑1 (MQ=255) gtTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCAA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCAAAGCAATGAGTGAGGGTTCAGGGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTc < 1:811208/150‑1 (MQ=37) ttttGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCGACATGTATAGCGCCA‑CATTCAATGTTGGCACTACACTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCATTGAGGTCTCATCGGCCTTGGCAGGCAGCCACGCGCAAGCAGAGCTcc > 2:436224/1‑150 (MQ=37) ttttGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAg > 1:956935/1‑107 (MQ=255) ttttGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAg < 2:956935/107‑1 (MQ=255) gCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCtt < 2:546020/150‑1 (MQ=255) gggCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑AATTCACGGGGGGCGCTGCACCTGTGGTAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTAAGAGAGGTCTCAGCGGCCGTAGCAGGCATCCACGCGCGACCAGCGCGCCAGCGGCTTACAGCCTTGc > 2:178570/1‑150 (MQ=25) GCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATGT‑GGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCAc > 2:937882‑M1/1‑150 (MQ=255) GCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATGT‑GGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCAc < 1:937882‑M1/150‑1 (MQ=255) GCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGc < 2:136654‑M1/150‑1 (MQ=255) CCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATGT‑GGCGCTATACCTGTGGGAGCGGACGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACg < 1:109711‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATGT‑GGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATGCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCCGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga < 1:249372‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga < 2:588008‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGAATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga < 1:196198‑M1/150‑1 (MQ=255) CACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag < 1:244707‑M1/150‑1 (MQ=255) cacaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag > 2:366970‑M2/64‑150 (MQ=255) ACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga < 1:575304‑M1/150‑1 (MQ=255) acaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCg < 1:358643‑M2/20‑1 (MQ=255) acaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCg > 2:358643‑M2/63‑82 (MQ=255) acaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc < 2:658964‑M2/84‑1 (MQ=255) acaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAAc > 1:658964‑M2/63‑146 (MQ=255) acaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctacacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga > 2:774995‑M2/63‑150 (MQ=255) GGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCa < 1:807438‑M1/150‑1 (MQ=255) gtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCtt > 2:234225‑M2/57‑81 (MQ=255) gtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCtt < 1:234225‑M2/25‑1 (MQ=255) tagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCCACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAg > 1:133298‑M2/56‑150 (MQ=255) gcgcCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcatgc > 1:40855/1‑82 (MQ=255) gcgcCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcatgc < 2:40855/85‑1 (MQ=255) ccA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggc < 1:557279/78‑1 (MQ=255) ccA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggc > 2:557279/1‑78 (MQ=255) ccA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGa > 1:923906/1‑150 (MQ=255) ccA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTATGGTAACAGGCGTGCCCGCGAATCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGa > 1:548221/1‑150 (MQ=255) ccaaccttgaatgtggcgctacacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGc < 2:674098‑M2/78‑1 (MQ=255) ccaaccttgaatgtggcgctacacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGc > 1:674098‑M2/51‑128 (MQ=255) ca‑caTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCcag > 2:13960/1‑105 (MQ=255) ca‑caTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCcag < 1:13960/105‑1 (MQ=255) ca‑caTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGaa < 1:136654/150‑1 (MQ=255) ca‑caTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGaa < 2:575304/150‑1 (MQ=255) tCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGc > 1:375596/1‑150 (MQ=255) cAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCAc < 1:16465/81‑1 (MQ=255) cAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCAc > 2:16465/1‑81 (MQ=255) aaGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGAATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCt < 2:196198/150‑1 (MQ=255) cgcTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCgaa < 2:866751/150‑1 (MQ=255) tacgcctgtgggagcgggcgtgcgcgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCgaagaa < 2:967005‑M2/119‑1 (MQ=255) acctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGAt > 2:174351‑M2/29‑150 (MQ=255) ctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGc < 1:42587‑M2/67‑1 (MQ=255) ctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGc > 2:42587‑M2/27‑93 (MQ=255) ctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCt > 1:529979‑M2/27‑95 (MQ=255) ctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCt < 2:529979‑M2/69‑1 (MQ=255) ctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGAttt > 1:856903‑M2/27‑150 (MQ=255) tgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCa < 2:548221‑M2/127‑1 (MQ=255) tgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCGTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCa > 2:374925‑M2/24‑150 (MQ=255) gggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCAc < 2:923906‑M2/128‑1 (MQ=255) gagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCg > 1:239652‑M2/21‑150 (MQ=255) | TAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCG > NC_002947/337724‑337997 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |