New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5506637 | 31 (0.610) | 15 (0.380) | 12/208 | 2.5 | 39.9% | intergenic (+48/‑151) | PP_4839/cycA | iron‑regulated membrane protein/D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease |
? | NC_002947 | = 5506650 | 21 (0.530) | intergenic (+61/‑138) | PP_4839/cycA | iron‑regulated membrane protein/D‑alanine/beta‑alanine/D‑serine/glycine permease |
TGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCG‑CCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGACTGCAGCCTATGACG > NC_002947/5506501‑5506793 | tGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGtt < 2:811252/150‑1 (MQ=255) tGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGtt < 2:8321/150‑1 (MQ=255) gTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTg > 2:932062‑M2/1‑149 (MQ=255) ttCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGTCCGCGTTgt > 2:78817‑M2/1‑148 (MQ=255) gcgggtggggggggtgTCGGTGGTGGTGGTGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGGTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtag > 2:468649‑M2/6‑146 (MQ=255) ccGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtagg < 1:462632‑M2/150‑6 (MQ=255) cGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtagga > 2:959275‑M2/1‑144 (MQ=255) ggtggGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgg > 1:26967‑M2/1‑140 (MQ=255) ggtggGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTCGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgt > 2:868206‑M2/1‑140 (MQ=255) ggtggGGGTGTCGATGGTGGGGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgg > 1:250791‑M2/1‑140 (MQ=255) gtggGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcggg > 2:811548‑M2/1‑139 (MQ=255) tCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAACGCGGTCC‑C‑TCgtaggagcgggtttacccgc > 1:436060‑M2/1‑130 (MQ=255) tggtgATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagagg < 2:681126‑M2/150‑28 (MQ=255) tggtgATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagagg > 1:681126‑M2/1‑123 (MQ=255) ggtgAGGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggc > 2:85195‑M2/1‑122 (MQ=255) tgATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGCTGAGGCGTCGCCGTTTCTTGGCCAGCGCGCGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCATACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCg < 1:334693/150‑1 (MQ=37) ggggTTGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTGGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGc < 2:26410/150‑1 (MQ=255) gtgAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGc > 1:159211/1‑132 (MQ=255) gtgAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGc < 2:159211/132‑1 (MQ=255) ccgccgGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTCCGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggc < 1:154178‑M2/114‑29 (MQ=255) ccgccgGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggc > 2:154178‑M2/1‑86 (MQ=255) gCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAg < 1:207937/109‑1 (MQ=255) gCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAg > 2:207937/1‑109 (MQ=255) ccAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCG‑cc > 2:1048134/1‑150 (MQ=255) ccTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCG‑CCCCGATCTGGAAc < 1:1048134/150‑1 (MQ=255) tgtgCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgc < 2:1161077‑M2/68‑21 (MQ=255) tgtgCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgc > 1:1161077‑M2/1‑48 (MQ=255) tgtgCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggag < 2:7039‑M2/55‑8 (MQ=255) tgtgCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggag > 1:7039‑M2/1‑48 (MQ=255) tgtgCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCG‑CCCCGATCTGGAAcgcgc < 1:562769/142‑1 (MQ=255) tgtgCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCG‑CCCCGATCTGGAAcgcgc > 2:562769/1‑142 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCG‑CCCCGATCTGGAACGCGCGTGTtagcctagcc > 2:826365/1‑150 (MQ=255) ctctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCaga > 1:1084037/1‑101 (MQ=255) ctctTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCaga < 2:1084037/101‑1 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatc > 1:246504‑M2/1‑29 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatc < 2:246504‑M2/135‑107 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCG‑CCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGAc < 1:826365/150‑1 (MQ=255) tAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCG‑CCCCGATCTg > 1:76780/1‑114 (MQ=255) tAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCG‑CCCCGATCTg < 2:76780/114‑1 (MQ=255) aCCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccc < 1:541173‑M2/150‑126 (MQ=255) aCCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCG‑CCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACaaga > 1:816549/1‑150 (MQ=255) cccGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCG‑CCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGc < 1:655223/135‑1 (MQ=255) cccGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCG‑CCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGc > 2:655223/1‑135 (MQ=255) ccGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccacc < 2:57144‑M2/150‑128 (MQ=255) ccGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactattcaccccccacatcaccaccatcgacacccccccc < 2:114824‑M2/150‑128 (MQ=255) ccGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccacc < 2:880552‑M2/150‑128 (MQ=255) ccGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccacc < 1:645646‑M2/150‑128 (MQ=255) ccGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgc < 1:1126667‑M2/99‑77 (MQ=255) ccGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgc > 2:1126667‑M2/1‑23 (MQ=255) cGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccaccc < 2:487981‑M2/150‑129 (MQ=255) cTACGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccaccagcggg < 1:838374‑M2/150‑134 (MQ=255) tACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTGACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCG‑CCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGACTGCAg > 2:159319/1‑150 (MQ=255) cGA‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccagcacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccaccagcgggaac > 2:645646‑M2/1‑14 (MQ=255) a‑G‑GGACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccaccagcgggaacat > 2:541173‑M2/1‑12 (MQ=255) g‑ggACCGCGTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcgacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcacccccatcgacacccccaccagcggcaacacc < 2:194445‑M2/150‑140 (MQ=255) ccGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTGGTGTTGCCCAAACGGACCGGGTG‑GTTGTCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGACTGCAGCCTATGACg > 1:468914/1‑150 (MQ=25) cgcgTTgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccggtacaggcaacacaaggctcaagcgctggccaagacccggcggcgcctcaccaccaaactatccaccccccacatcaccaccatcgacacccccaccagcgggaacatcacccc > 1:487981‑M2/1‑6 (MQ=255) | TGTTCCCGCTGGTGGGGGTGTCGATGGTGGTGATGTGGGGGGTGGATAGTTTGGTGGTGAGGCGCCGCCGGGTCTTGGCCAGCGCTTGAGCCTTGTGTTGCCTGTGCTGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGA‑G‑GGACCGCGTTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTACAGGCGAAATGCTGAGCCGAAAATGCAGAGTCGATCTGTCGCG‑CCCCGATCTGGAACGCGCGTGTTAGCCTAGCCGGCTACCTCTGACAAGAAGACTGCAGCCTATGACG > NC_002947/5506501‑5506793 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |