| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1419584 | 11 (0.240) | 13 (0.380) | 10/200 | 2.5 | 60.0% | intergenic (‑67/+70) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | = 1419614 | 9 (0.260) | intergenic (‑97/+40) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
GAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCG‑ACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATGGAT > NC_002947/1419467‑1419752 | gAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcc < 1:525659‑M2/150‑3 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGTTTACcctgt > 2:583721‑M2/1‑145 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgt > 2:950467‑M2/1‑145 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgt < 1:1004365‑M2/150‑6 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgt > 2:525659‑M2/1‑145 (MQ=255) ggggtggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggccaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCtgtg > 1:604549‑M1/83‑150 (MQ=255) ggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtctGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTgg > 1:473740‑M1/82‑150 (MQ=255) aGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgg > 2:1004365‑M2/1‑143 (MQ=255) ctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtctGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGa > 2:496817‑M1/80‑150 (MQ=255) tggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAg > 2:457276‑M1/79‑150 (MQ=255) ttGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtg > 1:344973‑M2/1‑138 (MQ=255) ttGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtg < 2:344973‑M2/144‑7 (MQ=255) tcgagaccgcgttgatgcagttgcagatgcgctcgcatttacccacagcgcctcacaccttgcattggcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGagccg > 2:19842‑M1/76‑148 (MQ=255) tGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgg > 1:121519‑M2/1‑137 (MQ=255) gCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCTGTTGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcggg > 1:289754‑M2/1‑136 (MQ=255) cgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGAGCCTGTGGGAGCggg > 2:734563‑M1/75‑150 (MQ=255) gagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg < 1:527110‑M1/75‑1 (MQ=255) gagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg > 2:527110‑M1/74‑148 (MQ=255) gACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGAATATCGGCACGCCAGCCCAGCGTCTCCGCAGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGt < 1:369672/150‑1 (MQ=25) tttgcTGTTGTGTTGTCGCTGGGAATTGTTTTGTTCCCCTCACCACTCGGTTGTCAAGGATGGCCTCTTCGCGGGGGCGCCCGTTCCCACATGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAag < 2:59667/146‑1 (MQ=21) ttCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGTACTGTGCCGGGCGTGACTGGCTC‑GGTGACcctgtgggagccggcgtgcccgcgacgaa < 1:59667‑M2/150‑30 (MQ=255) tttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAg < 2:754694/150‑1 (MQ=255) cTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAgg < 1:749595/126‑1 (MQ=255) cTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAgg > 2:749595/1‑126 (MQ=255) tGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgt > 1:615172‑M2/1‑63 (MQ=255) tGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgt < 2:615172‑M2/80‑18 (MQ=255) tGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCAGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCaa > 2:1013997/1‑150 (MQ=255) TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCtgt < 1:93706‑M1/121‑1 (MQ=255) TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCtgt > 2:93706‑M1/1‑121 (MQ=255) ttCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgg > 1:903956‑M2/1‑56 (MQ=255) ttCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgg < 2:903956‑M2/69‑14 (MQ=255) aCGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccagggaaacaaaacaatgcccaccgacaacacaacagaacccaccacagtc < 2:571585‑M2/150‑104 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccagggaaacaaaacaatgcccaccgacaacacaacagaacccaccacagtcgg < 2:795363‑M2/150‑106 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccagggaaacaaaacaatgcccaccgacaacacaacagaa > 1:557565‑M2/1‑43 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccagggaaacaaaacaatgcccaccgacaacacaacagaa < 2:557565‑M2/134‑92 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccagggaaacaaaacaatgcccaccgacaa > 2:466249‑M2/1‑43 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccagggaaacaaaacaatgcccaccgacaa < 1:466249‑M2/124‑82 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccag > 2:385109‑M2/1‑43 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccag < 1:385109‑M2/98‑56 (MQ=255) CCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCaa < 2:431494‑M1/91‑1 (MQ=255) CCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCaa > 1:431494‑M1/1‑91 (MQ=255) CGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCG‑ACTCGAc < 2:785919‑M1/150‑1 (MQ=255) gCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaaccca < 2:441209‑M2/88‑48 (MQ=255) gCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaaccca > 1:441209‑M2/1‑41 (MQ=255) ccACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccagggaaacaaaacaatgcccaccgacaa < 2:1007013‑M2/118‑82 (MQ=255) ccACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccagggaaacaaaacaatgcccaccgacaa > 1:1007013‑M2/1‑37 (MQ=255) CCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCtgtg < 1:268171‑M1/101‑1 (MQ=255) CCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCtgtg > 2:268171‑M1/1‑101 (MQ=255) CCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCG‑ACTCGACCAGcc < 2:788613‑M1/150‑1 (MQ=255) tgtgCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCG‑ACTCGACCAGCCCCTGTACCGc > 2:689754/1‑150 (MQ=255) gTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCG‑ACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTc < 1:531532/149‑1 (MQ=255) gTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCG‑ACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTc > 2:531532/1‑149 (MQ=255) tGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCG‑ACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCAt < 1:788613/150‑1 (MQ=255) aC‑GGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagaggccagcccaggcaacccagaatccagggaaacaaaacaatgcccaccgacaacacaacagaacccaccacagtcggcaagacctgcttctaccaaggcgaaaacaac > 1:571585‑M2/1‑14 (MQ=255) ggCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATC‑ACACCGTGCTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATGGAt > 1:582263/1‑150 (MQ=39) | GAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAC‑GGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCG‑ACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCATTTCATGGAT > NC_002947/1419467‑1419752 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |