| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4625972 = | NA (NA) | 29 (0.700) | 25/270 | 0.8 | 90.6% | intergenic (+4519/+45) | PP_5654/PP_4091 | phosphotriesterase/transposase |
| ? | NC_002947 | = 4965172 | 3 (0.070) | coding (231/1476 nt) | fleQ | transcriptional regulator FleQ | |||||
ATACGTGGCTGCGCCACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/4626120‑4625972‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGGTGCTTTCCAACCTGGAAATGCCGCCAAGCTACAGCCAATTGCTGGACTCGCTGCACCGTGCCCAGGTCTACCGCGAA < NC_002947/4965172‑4965025 ATACGTGGCTGCGCCACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACT > 1:244857/1‑150ATACGTGGCTGCGCCACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACT > 2:1004943/1‑150 GTGGCTGCGCCACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGACGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGT > 1:578413/1‑150 CGCCACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCC < 1:794395/150‑1 ACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTT > 2:132099/1‑150 GCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAAT > 2:345011/1‑148 GCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAAT < 1:345011/148‑1 AGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGC < 1:418760/150‑1 AGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGG > 1:848293/1‑150 TACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGA < 1:965604/150‑1 GCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGG > 1:153634/1‑150 GCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAACTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGGTGCTTTCCAACCTGG < 1:1004943/150‑1 CCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAG < 1:303739/89‑1 CCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAG > 2:303739/1‑89 AGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGGTGCTTTCCAACCTGGAAA < 1:513751/150‑1 GGTAGCTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGGTGCTTTCCAACCTGGAAA < 2:712123/139‑1 GGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGGTGCTTTCCAACCTGGAAA > 1:712123/1‑139 TAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGGTG < 2:306659/121‑1 TAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGGTG > 1:306659/1‑121 TAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGACACGTGTCAACCTGGAAATGCCGCCAAGCTA > 1:770319/1‑150 GCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGGTGCTTTCCAACCTGGAAATGCCGCCAAGCTACAGCCAAT > 2:252608/1‑150 CCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCATCTTGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGGTGCTTTCCAACCTGGAAATGCCGCCAAGCTACAGCCAATTGCT < 1:880294/150‑1 CTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGATACTGAGTTCCTTCCGGTGTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGGTGCTTTCCAACCTGGAAATGCCGCCAAGCTACAGCCAATTGCTGGAC > 2:378069/1‑150 TTGTGGTAGGTGGGGTACATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGGTGCTTTCCAACCTGGAAATGCCGCCAAGCTACAGCCAATTGCTGGACT > 2:42913/1‑150 GGGGTTCATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTATTCAGCCGAGCTGCCGGAATACCTTCGCCGCCGGGTGCTTTCCAACCTGGAAATGCCGCCAAGCTACAGCCAATTGCTGGACTCGCTGCACCGT > 1:125609/1‑150 ATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGGTGCTTTCCAACCTGGAAATGCCGCCAAGCTACAGC < 1:618875/119‑1 ATGGATCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGGTGCTTTCCAACCTGGAAATGCCGCCAAGCTACAGC > 2:618875/1‑119 TCGGTTACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGGTGCTTTCCAACCTGGAAATGCCGCCAAGCTACAGCCAATTGCTGGACTCGCTGCACCGTGCCCAGGTCTAC > 1:477009/1‑150 ACTGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGGTGCTTTCCAACCTGGAAATGCCGCCAAGCTACAGCCAATTGCTGGACTCGCTGCACCGTGCCCAGGTCTACCGCGAA > 2:471178/1‑150 ATACGTGGCTGCGCCACGTCCTGGAGCGACTGCCGCACGCCTCATCGGTAGCAGACTACGAAGCGCTGCTGCCATGGAACTGTTCGCCAGAGATGCCACGGTAACTTTGGCTTCCACCTTGTGGTAGGTGGGGTTCATGGATCGGTTAC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/4626120‑4625972‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGAGTTCCTTCCGGTTTTGCTTTTAGGTGAAATTTCTTCCGCCGAGCTGCCGGAAGACCTTCGCCGCCGGGTGCTTTCCAACCTGGAAATGCCGCCAAGCTACAGCCAATTGCTGGACTCGCTGCACCGTGCCCAGGTCTACCGCGAA < NC_002947/4965172‑4965025 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |