| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5870345 | 30 (0.760) | 11 (0.360) | 11/208 | 2.0 | 31.2% | intergenic (+50/+84) | PP_5144/ptsP | hypothetical protein/phosphoenolpyruvate‑dependent regulator |
| ? | NC_002947 | = 5870380 | 25 (0.810) | intergenic (+85/+49) | PP_5144/ptsP | hypothetical protein/phosphoenolpyruvate‑dependent regulator | |||||
CGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAGTTGCAGCGAGCTGTGGATAACCTGCGGGTTGTCATG > NC_002947/5870242‑5870527 | cgcAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcggg > 1:834812‑M2/1‑139 (MQ=255) aGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTTGGCGCGACCCCAGAGGTGGGTACGTGgtaggagcgggcta < 2:895156‑M2/150‑15 (MQ=255) tttCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcgggttcac < 2:821050‑M2/150‑17 (MQ=255) tCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcgggttcaccc > 2:668442‑M2/1‑132 (MQ=255) ggCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCAGGCCTCTTCGCGGGTGCACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGGCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtgggggcgggttcacccgcg < 2:576619‑M2/150‑22 (MQ=255) cTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGTGCCAACCCCAGATGTGTGTGCGGGgtaggaccggggtcacccgcgacg < 2:669688‑M2/150‑25 (MQ=255) tttGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGATGAACACGCTCCTACAACGGGCTAGGGTGAAGCCCATATGGGTGTTCGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACaaa > 2:360371/1‑150 (MQ=37) ggAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCAt < 2:128475/150‑1 (MQ=255) atggAGTTTTTGGTGGTAGTATGTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCAcc > 2:508586/4‑150 (MQ=38) gttgGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcgggttcacccgcgaaga > 1:48681‑M2/1‑95 (MQ=255) gttgGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcgggttcacccgcgaaga < 2:48681‑M2/120‑26 (MQ=255) ggTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGtt > 2:684845/1‑150 (MQ=255) cTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcgggttcacccgcgaagaggc > 1:792733‑M2/1‑89 (MQ=255) cTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcgggttcacccgcgaagaggc < 2:792733‑M2/117‑29 (MQ=255) tATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGc < 2:674783/150‑1 (MQ=255) tCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATcc < 2:713729/150‑1 (MQ=255) gcgCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCcgc < 1:576619/148‑1 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgaacagacaacatcaaa > 2:190960‑M2/1‑58 (MQ=255) ttCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgaacagacaacatcaaa < 1:190960‑M2/105‑48 (MQ=255) gggTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcgggttcacccgcaaagaggcccgaacagacaacatcaaatactcagaccaacaactcaatttcccccaaatgcccgccaaaaggcccga < 1:131021‑M2/150‑98 (MQ=255) gTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCAc > 1:918892/1‑97 (MQ=255) gTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCAc < 2:918892/97‑1 (MQ=255) aCCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgaacagacaacatcaaatactcagaccaacaactcaatttcccccaaatgcccgccaaaaggcccgaaactgc < 2:676554‑M2/150‑104 (MQ=255) cccGCTCCTACCACGGCCTGGGTCCAACCCCACATGTGGGTACGGGGCAGGGGCGGCTCCCCCCGCGCGCAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTTGCCCCAGGCCGGATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCa < 1:669688/150‑1 (MQ=255) ccGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacagacaacatcaaatactcagaccaacaactcaatttcccccaaatgcccgccaaaaggcccgaaactgcgc < 1:1299‑M2/150‑106 (MQ=255) gCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcgggttcacccgcgaagaggccggcacagacaacatcaaatactcagaccaacaactcaatttcccccaaatgcccgccaaaaggcccgaaactgcgctc < 1:831352‑M2/150‑108 (MQ=255) gCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCa < 1:501119/113‑1 (MQ=255) gCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCa > 2:501119/1‑113 (MQ=255) cTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCTAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGc < 1:974194/150‑1 (MQ=255) tCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGcc > 1:13168/1‑150 (MQ=255) cTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcgggttcaccc > 2:256314‑M2/1‑39 (MQ=255) cTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcgggttcaccc < 1:256314‑M2/57‑19 (MQ=255) cTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAg > 2:838658/1‑150 (MQ=255) aCAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgaacagacaacatcaaatactcagaccaacaactcaatttcccccaaatgcccgccaaaaggcccgaaactgcgctcaaccag > 1:676554‑M2/1‑37 (MQ=255) aCAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAGtt > 1:200685/1‑150 (MQ=255) aCAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAGtt > 1:200511/1‑150 (MQ=255) cAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgaacagacaacatc < 1:23973‑M2/80‑45 (MQ=255) cAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGgtaggagcgggttcacccgcgaagaggcccgaacagacaacatc > 2:23973‑M2/1‑36 (MQ=255) cTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAGTTGCAGCGAg < 1:821050/150‑1 (MQ=255) 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aCCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAGTTGCAGCGAGCtgt > 2:344151/1‑145 (MQ=255) tgtgtgTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAGTTGCAGCGAGCTGTGGATAACCTGCgg < 2:642271/150‑1 (MQ=255) tgtgtgTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAGTTGCAGCGAGCTGTGGATAACCTGCgg < 1:684845/150‑1 (MQ=255) gTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGATGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAGTTGCAGCGAGCTGTGGATAACCTGCGGGTTGTCATg > 1:118946/1‑150 (MQ=255) | CGCAGTTTCGGGCCTTTTGGCGGGCATTTGGGGGAAATTGAGTTGTTGGTCTGAGTATTTGATGTTGTCTGTTCGGGCCTCTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAACGGCCTGGGTCCAACCCCAGATGTGTGTACGTGGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAAACAGCATCACCCTCACAGGGTTTTATTAGCCCCAGGCCCAATCATCCGCGCCAACCCAAGGTTCTTCAGGGCCAGTTGCAGCGAGCTGTGGATAACCTGCGGGTTGTCATG > NC_002947/5870242‑5870527 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |