| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5594170 | 21 (0.750) | 4 (0.180) | 4/190 | NT | 18.5% | intergenic (‑66/+79) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
| ? | NC_002947 | = 5594207 | 19 (0.870) | intergenic (‑103/+42) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase | |||||
GTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGA > NC_002947/5594023‑5594319 | gTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAaca > 1:163528/1‑150 (MQ=255) aaaCAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCgg < 2:732062/150‑1 (MQ=255) gAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTg > 2:137296/1‑150 (MQ=255) gCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCgg < 2:381438/137‑1 (MQ=255) gCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCgg > 1:381438/1‑137 (MQ=255) aCCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGTATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTGATGGTCATGTCCGCTGGACTGATGTTAAGTGGCATACACCACGCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCAt < 1:639749/150‑1 (MQ=38) cGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGc > 2:742906/1‑150 (MQ=255) gctgctGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGtg < 2:471210/150‑1 (MQ=255) tCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGc < 1:267147/107‑1 (MQ=255) tCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGc > 2:267147/1‑107 (MQ=255) ggAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCG‑Cgacaccagtagcgatgcagggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctccc > 2:584065‑M1/1‑91 (MQ=255) aCTGGCTGTGTGATGTCAGGGTCATGTCCGCAGGATGGATGTAAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCttcgcgggcaagcccggtcccacagggt > 2:598653‑M2/1‑122 (MQ=255) ggctggGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGAAGTTATGTTAATTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgaaccttggcaagcccgctcccacagggtggt < 1:584065‑M1/150‑69 (MQ=255) tggGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcggg < 1:184080‑M1/124‑46 (MQ=255) tggGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcggg > 2:184080‑M1/1‑79 (MQ=255) tGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCAACCTGTGGAAGCGGGCTTGCACGCGAACACCGGAAAAGCCGGTGCCATGAACCGC‑AGTGAGTGCTTCGCGGGGAAGGCCGGTCCCACAGGGTAAGGtgctgg > 2:44485/1‑149 (MQ=255) tcatggtcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGttt > 1:592477/1‑150 (MQ=255) tcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACtt > 1:387114/1‑150 (MQ=255) tcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACtt > 1:113136/1‑150 (MQ=255) atgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGtgct > 1:533250/1‑96 (MQ=255) atgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGtgct < 2:533250/96‑1 (MQ=255) tgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTtgt < 1:480819/150‑1 (MQ=255) tCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTgg < 1:360342/150‑1 (MQ=255) cAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACa > 1:218243/1‑150 (MQ=255) tGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTg < 2:218243/150‑1 (MQ=255) acgccaccCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGaa < 2:281138/147‑1 (MQ=255) accaccCTGTGGGAGCGGGCTTGCCAAGGTTCACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccaattaacataacttctgcggacatgaccatgacatcacccagcc < 1:584065‑M2/150‑83 (MQ=255) accCTGTGGGACCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccactttacatccatcctgcggacatgaccctgacatcacacagccagt > 2:598653‑M1/1‑28 (MQ=255) ccTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCg < 2:113136/150‑1 (MQ=255) tgGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccg < 2:444700‑M1/56‑35 (MQ=255) tgGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAgcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccg > 1:444700‑M1/1‑22 (MQ=255) gggAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCCTGCATCGCTACTGGTGTCgcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagccagttctctcc > 2:584065‑M2/1‑59 (MQ=255) cccGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcaccca < 1:184080‑M2/124‑80 (MQ=255) cccGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcaccca > 2:184080‑M2/1‑45 (MQ=255) gAACACAGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTc < 2:632915/150‑1 (MQ=255) acacCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGa < 2:163528/150‑1 (MQ=255) | GTGAAAACAGGTCGCGAGCACCGAAAATGCGCTGCTGGATGGGGATTGGATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGA > NC_002947/5594023‑5594319 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |