| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5594170 | 21 (0.750) | 4 (0.180) | 4/190 | NT | 18.5% | intergenic (‑66/+79) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
| ? | NC_002947 | = 5594207 | 19 (0.870) | intergenic (‑103/+42) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase | |||||
ACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGG > NC_002947/5594086‑5594346 | aCTGGCTGTGTGATGTCAGGGTCATGTCCGCAGGATGGATGTAAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCttcgcgggcaagcccggtcccacagggt > 2:598653‑M2/1‑122 (MQ=255) tGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCAACCTGTGGAAGCGGGCTTGCACGCGAACACCGGAAAAGCCGGTGCCATGAACCGC‑AGTGAGTGCTTCGCGGGGAAGGCCGGTCCCACAGGGTAAGGtgctgg > 2:44485/1‑149 (MQ=255) tcatggtcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGttt > 1:592477/1‑150 (MQ=255) tcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACtt > 1:113136/1‑150 (MQ=255) tcatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACtt > 1:387114/1‑150 (MQ=255) tgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTtgt < 1:480819/150‑1 (MQ=255) tCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTgg < 1:360342/150‑1 (MQ=255) cAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACa > 1:218243/1‑150 (MQ=255) tGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTg < 2:218243/150‑1 (MQ=255) acgccaccCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGaa < 2:281138/147‑1 (MQ=255) accaccCTGTGGGAGCGGGCTTGCCAAGGTTCACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccaattaacataacttctgcggacatgaccatgacatcacccagcc < 1:584065‑M2/150‑83 (MQ=255) ccTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCg < 2:113136/150‑1 (MQ=255) gggAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCCTGCATCGCTACTGGTGTCgcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcacccagccagttctctcc > 2:584065‑M2/1‑59 (MQ=255) cccGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcaccca < 1:184080‑M2/124‑80 (MQ=255) cccGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctcccacagggtggtgtatgccacttaacatcactcctgcggacatgaccatgacatcaccca > 2:184080‑M2/1‑45 (MQ=255) gAACACAGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTc < 2:632915/150‑1 (MQ=255) acacCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGa < 2:163528/150‑1 (MQ=255) cGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctccca < 2:444700‑M2/56‑23 (MQ=255) cGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCttcgcgggcaagcccgctccca > 1:444700‑M2/1‑34 (MQ=255) ggCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTc < 1:137296/150‑1 (MQ=255) gCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAgctggct > 2:383005/1‑92 (MQ=255) gCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAgctggct < 1:383005/92‑1 (MQ=255) gCCGGTCCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCt < 1:591869/118‑1 (MQ=255) gCCGGTCCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCt > 2:591869/1‑118 (MQ=255) tGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGa < 1:742906/150‑1 (MQ=255) gC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGACCCGCCAGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGTCCTCGATTTTgg < 2:592477/150‑1 (MQ=255) | ACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGC‑AGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTGTGGTACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGG > NC_002947/5594086‑5594346 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |