New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4969573 = | 26 (1.510) | 4 (0.260) | 4/252 | 1.5 | 14.1% | coding (715/2064 nt) | fliC | flagellin |
? | NC_002947 | = 4969569 | 25 (1.610) | coding (719/2064 nt) | fliC | flagellin | |||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGGTGAATGCCTGGGTGCCGTCGAGCTTCAGTGCACCAGTGGCGCTGTCAATGCTAGCGGTAACACCGGTATTGCTAGTTTCCAGGTTGATATTGTCAACCACATCCTGCAGGGTGTCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCAGTACCCACAACCGAAGCAGAAGTGCTGCCAGCATTGTTGGTGCCGAACTTACCGGCTGCACCGGTG > NC_002947/4969435‑4969721 | cgatggtgaatgcctgggtgccgtcgagcttcagtgcaccagtggcgctgtcaatgctagcggtaacaccggtattgctagtttccaggttgatattgtcaaccacatcctgcagggtgtcgcctgccgcagcagcgatggtggtggtgg > 1:332633‑M1/139‑150 (MQ=255) cTGGGTGCCGTCGAGCTTCAGTGCACCAGTGGCGCTGTCAATGCTAGCGGTAACACCGGTATTGCTAGTTTCCAGGTTGATATTGTCAACCACATCCTGCAGGGTGTCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGtt < 2:305413/150‑1 (MQ=255) ttCAGTGCACCAGTGGCGCTGTCAATGCTAGCGGTAACACCGGTATTGCTAGTTTCCAGGTTGATATTGTCAACCACATCCTGCAGGGTGTCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCg > 2:8511/1‑150 (MQ=255) ctgtcaatgctagcggtaacaccggtattgctagtttccaggttgatattgtcaaccacatcctgcagggtgtcgcctgccgcagcagcgaTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGc < 1:312662‑M1/59‑1 (MQ=255) cAATGCTAGCGGTAACACCGGTATTGCTAGTTTCCAGGTTGATATTGTCAACCACATCCTGCAGGGTGTCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGAAGCCCCGATAGTCgcat > 2:128932/1‑147 (MQ=255) aaTGCTAGCGGTAACACCGGTATTGCTAGTTTCCAGGTTGATATTGTCAACCACATCCTGCAGGGTGTCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCtt > 1:158022/1‑150 (MQ=255) cGGTAACACCGGTATTGCTAGTTTCCAGGTTGATATTGTCAACCACATCCTGCAGGGTGTCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATa < 1:352676/150‑1 (MQ=255) cGGTATTGCTAGTTTCCAGGTTGATATTGTCAACCACATCCTGCAGGGTGTCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCgcgc > 2:375823/1‑150 (MQ=255) ccggtattgctagtttccaggttgatattgtcaaccacatcctgcagggtgtcgcctgccgcagcagcgaTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCt > 2:312662‑M1/71‑150 (MQ=255) tATTGCTAGTTTCCAGGTTGATATTGTCAACCACATCCTGCAGGGTGTCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACGGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTg > 2:354227/1‑150 (MQ=255) cAGGTTGATATTGTCAACCACATCCTGCAGGGTGTCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCa > 1:311010/1‑139 (MQ=255) cAGGTTGATATTGTCAACCACATCCTGCAGGGTGTCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCa < 2:311010/139‑1 (MQ=255) gTTGATATTGTCAACCACATCCTGCAGGGTGTCGCCTGCCGCAGCAGCGAtggtggtggtggtg < 1:211846/64‑1 (MQ=255) gTTGATATTGTCAACCACATCCTGCAGGGTGTCGCCTGCCGCAGCAGCGAtggtggtggtggtg > 2:211846/1‑64 (MQ=255) tGATATTGTCAACCACATCCTGCAGGGTGTCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCAGTACCCACAACCGAAg < 2:158022/150‑1 (MQ=255) atatCGTCAACCACATCCTGCAGGGTATCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCAGTACCCACAACCGAAGCa > 2:215620/1‑150 (MQ=255) gatattgtcaaccacatcctgcagggtgtcggctgccgcagcagcgaTGGTGGTGGTTGTTTTCCTTGATCGTATCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCAGTACCCACAACCGAAGc > 1:316719‑M1/48‑150 (MQ=255) acaTCCTGCAGGGTGTCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCCAACAAGGCCGCGCCTGCAGTACCCACCACCGAAGCAGAAGTGCTGCCa > 1:89746/1‑150 (MQ=255) atcctgcagggtgtcgcctgccgcagcagcgaTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCAGTACCCACAACCGAAGCAGAAGTGCTGCCAGCAtt < 2:338595‑M1/118‑1 (MQ=255) tGCAGGGTGTCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCCCCGGCGGTGGTCGGAACATAAAATAGGCACCCAGGCCTAGGAGCCATGACCGAAGCAGAAGTGCTGCCAGCAtcg > 1:398728/1‑148 (MQ=255) tGCAGGGTGTCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCAGTACCCACAACAGAAGCAGAAGTGCTGCCAGCAttg > 1:362861/1‑150 (MQ=255) tgtCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCa > 1:348435/1‑107 (MQ=255) tgtCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCa < 2:348435/107‑1 (MQ=255) tgtCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCAGTACCCACAACAGAAGCAGAAGTGCTGCCAGCATTGTTGGTGc < 2:362861/150‑1 (MQ=255) tCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCAGTACCCACAACCGAAGCAGaa < 2:164141/126‑1 (MQ=255) tCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCAGTACCCACAACCGAAGCAGaa > 1:164141/1‑126 (MQ=255) gCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCAGTACCCACAACCGAAGCAGAAGTGCTGCCAGCATTGTTGGTGCCGaa > 2:345606/1‑150 (MQ=255) cTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCAGTACCCACAACCGAAGCAGAAGTGCTGCCAGCATTGTTGGTGCCTAACt < 1:8511/150‑1 (MQ=255) ccGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCAGTACCCACAACCGAAGCAGAAGtgctgc < 2:272692/126‑1 (MQ=255) ccGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCAGTACCCACAACCGAAGCAGAAGtgctgc > 1:272692/1‑126 (MQ=255) gtggtggtggtggtAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCAGTACCCACAACCGAAGCAGAAGTGCTGCCAGCATTGTTGGTGCCGAACTTACCGGCTGCACCGGTg > 2:405136/1‑150 (MQ=255) | TGGTGAATGCCTGGGTGCCGTCGAGCTTCAGTGCACCAGTGGCGCTGTCAATGCTAGCGGTAACACCGGTATTGCTAGTTTCCAGGTTGATATTGTCAACCACATCCTGCAGGGTGTCGCCTGCCGCAGCAGCGATGGTGGTGGTGGTGGTAC‑CAACGTTC‑‑AGCACCAAGTTACCGGCAGCAGCACCGATGGTCGGCTTATCAAATACGCCCGCGCCTGCAGTACCCACAACCGAAGCAGAAGTGCTGCCAGCATTGTTGGTGCCGAACTTACCGGCTGCACCGGTG > NC_002947/4969435‑4969721 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |