New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4012762 = | 29 (1.250) | 6 (0.270) | 6/238 | NT | 19.8% | coding (554/900 nt) | mvaB | hydroxymethylglutaryl‑CoA lyase |
? | NC_002947 | 4012782 = | 21 (0.950) | coding (574/900 nt) | mvaB | hydroxymethylglutaryl‑CoA lyase |
GCGCGTGCGCGGGTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGG > NC_002947/4012616‑4012908 | cagccgcccagcccggctaccgagctgtcgaatacgctgatgccctcgagcaggctggcatagacgttagcaaaggccttgccgtaagtgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgcggtacctgggccgacaccacctcgaaCAgg < 2:271886‑M1/4‑1 (MQ=255) cgtgcgcgGGTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGa < 1:102887/150‑1 (MQ=255) gggTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGa > 1:271886/1‑150 (MQ=255) gtCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCt < 1:148499/147‑1 (MQ=255) gtCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCt > 2:148499/1‑147 (MQ=255) gtgtgtGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGAc < 1:14047/140‑1 (MQ=255) gtgtgtGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGAc > 2:14047/1‑140 (MQ=255) tgtgCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGacct < 1:426677/150‑4 (MQ=255) ccTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAg < 1:493140/150‑1 (MQ=255) ccTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAg < 2:360132/150‑1 (MQ=255) ccTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGAGCCCTGCACGACATGGACGATAACCGGTTCTCTCTGGGTGACCCTATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAg < 1:346238/150‑1 (MQ=255) tACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTa < 2:281332/150‑1 (MQ=255) cctcgagcaggctggcatagacgttagccaaggcctggccgtaagtgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgcggtacctgggccgacaccacctcgaaCAgg < 1:135106‑M1/4‑1 (MQ=255) cctcgagcaggctggcatagacgttagccaaggcctggccgtaagtgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgcggtacctgggccgacaccacctcgaaCAgg > 2:135106‑M1/104‑107 (MQ=255) cAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGtt > 1:604375/1‑150 (MQ=255) gcgcCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCgg > 2:429401/1‑126 (MQ=255) gcgcCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCgg < 1:429401/126‑1 (MQ=255) cgcCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGc < 1:376400/150‑1 (MQ=255) ccGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCg < 2:604375/150‑1 (MQ=255) gCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCAt < 2:89478/150‑1 (MQ=255) ccccGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAggtggt > 1:109065/1‑106 (MQ=255) ccccGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAggtggt < 2:109065/106‑1 (MQ=255) aaggcctggccgtaagtgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgcggtacctgggccgacaccacctcgaaCAGGCGACACCCGACGc < 2:254327‑M1/17‑1 (MQ=255) aaggcctggccgtaagtgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgcggtacctgggccgacaccacctcgaaCAGGCGACACCCGACGc > 1:254327‑M1/75‑91 (MQ=255) cctggccgtaagtgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgcggtacctgggccgacaccacctcgaaCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGa < 1:472062‑M1/25‑1 (MQ=255) cctggccgtaagtgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgcggtacctgggccgacaccacctcgaaCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGa > 2:472062‑M1/71‑95 (MQ=255) ccGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGCGCCCGGGTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCAATGAGACTTACgg > 1:195518/1‑150 (MQ=255) ccTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTCCGGCCAGGc > 2:503841/1‑150 (MQ=255) tgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgcggtacctgggccgacaccacctcgaaCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAggtg > 1:183354‑M1/59‑87 (MQ=255) tgtcatggaagtgtccggccaactgctcgcgcggtacctgggccgacaccacctcgaaCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAggtg < 2:183354‑M1/29‑1 (MQ=255) aCGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGAc > 1:407250/1‑69 (MQ=255) aCGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGAc < 2:407250/69‑1 (MQ=255) aCGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTgg > 2:569102/1‑150 (MQ=255) cTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAg < 1:515486/150‑1 (MQ=255) acCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGc < 1:283557/150‑1 (MQ=255) ccATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGTACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTTGAGGGCATCAGCg > 1:281127/1‑150 (MQ=255) aTCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTa > 1:284654/1‑150 (MQ=255) ccGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACa < 1:503841/150‑1 (MQ=255) ccGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCAAACGTCTATGCCATCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCgg < 1:569102/150‑1 (MQ=255) | GCGCGTGCGCGGGTATGTGTCGTGTGTGCTTGGCTGCCCTTACGAGGGCAAGGTCAGCGCCGAGCAGGTGGCCCCGGTGGCCCGCGCCCTGCACGACATGGGCTGCTACGAGGTCTCGCTGGGTGACACCATCGGCACCGGTACCGCAGGCGACACCCGACGCCTGTTCGAGGTGGTGTCGGCCCAGGTACCGCGCGAGCAGTTGGCCGGACACTTCCATGACACTTACGGCCAGGCCTTGGCTAACGTCTATGCCAGCCTGCTCGAGGGCATCAGCGTATTCGACAGCTCGG > NC_002947/4012616‑4012908 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |