New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2238980 | 17 (0.740) | 4 (0.180) | 4/238 | NT | 17.7% | coding (800/1164 nt) | PP_1976 | HlyD family secretion protein |
? | NC_002947 | = 2239010 | 21 (0.950) | coding (770/1164 nt) | PP_1976 | HlyD family secretion protein |
CAACAGTTCCGCGCGCTGGCCGGGGTGCATGCGGCCGATCTGGGTTTCCTTGAAGTTGGCCTGCACCCAGATGTCTTCATCCGGCACGATCGACAGCAGGTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCGGTGCGGGCATTGGCGATTTGCGCATCGAGGCGCTTGAGTTCGGCGTTCAGGGCGGTGACCTGCTGGCGCTGGCTTTGCAGGT > NC_002947/2238862‑2239157 | caacaGTTCCGCGCGCTGGCCGGGGTGCATGCGGCCGATCTGGGTTTCCTTGAAGTTGGCCTGCACCCAGATGTCTTCATCCGGCACGATCGACAGCAGGTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGAt > 2:71545‑M2/1‑149 (MQ=255) aacaGTTCCGCGCGCTGGCCGGGGTGCATGCGGCCGATCTGGGTTTCCTTGAAGTTGGCCTGCACCCAGATGTCTTCATCCGGCACGATCGACAGCAGGTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGAtg < 1:532411‑M2/150‑3 (MQ=255) gcTGGCCGGGGTGCATGCGGCCGATCTGGGTTTCCTTGAAGTTGGCCTGCACCCAGATGTCTTCATCCGGCACGATCGACAGCAGGTAGGCGCCGGCCTGCACCCCCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCg > 2:259245/1‑150 (MQ=255) gcTGGCCGGGGTGCATGCGGCCGATCTGGGTTTCCTTGAAGTTGGCCTGCACCCAGATGTCTTCATCCGGCACGATCGACAGCAGGTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGAtg < 1:453339‑M2/137‑3 (MQ=255) gcTGGCCGGGGTGCATGCGGCCGATCTGGGTTTCCTTGAAGTTGGCCTGCACCCAGATGTCTTCATCCGGCACGATCGACAGCAGGTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGAtg > 2:453339‑M2/1‑135 (MQ=255) cTGGCCGGGGTGCATGCGGCCGATCTGGGTTTCCTTGAAGTTGGCCTGCACCCAGATGTCTTCATCCGGCACGATCGACAGCAGGTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCgg < 2:448271/150‑1 (MQ=255) aTCTGGGTTTCCTTGAAGTTGGCCTGCACCCAGATGTCTTCATCCGGCACGATCGACAGCAGGTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTc > 2:547599/1‑150 (MQ=255) ggTTTCCTTGAAGTTGGCCTGCACCCAGATGTCTTCATCCGGCACGATCGACAGCAGGTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGtt > 1:541156/1‑150 (MQ=255) ttGAAGTTGGCCTGCACCCAGATGTCTTCATCCGGCACGATCGACAGCAGGTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGAATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCg < 2:556171/150‑1 (MQ=255) cTGCACCCAGATGTCTTCCTCCGGCACGATCGACAGCAGGTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAg > 2:869/1‑150 (MQ=255) aCCCAGATGTCTTCATCCGGCACGATCGACAGCAGGTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCg < 1:250412/150‑1 (MQ=255) ccAGATGTCTTCATCCGGCACGATCGACAGCAGGTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCGGt > 2:110725/1‑150 (MQ=255) cATCCGGCACGATCGACAGCAGGTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCGGTGCGGGCATTgg < 1:391162/150‑1 (MQ=255) gCACGATCGACAGCAGGTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCGGTGCGGGCATTGGCGAttt < 1:547599/150‑1 (MQ=255) agcagGTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCGGTGCGGGCATTGGCGATTTGCGCATCGAgg < 2:523911/150‑1 (MQ=255) gTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCGGTGCGGGCATTGGCGATTTGCGCATCGAGGCGCtt > 2:24972/1‑150 (MQ=255) gTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCGGTGCGGGCATTGGCGATTTGCGCATCGAGGCGCtt < 1:110725/150‑1 (MQ=255) gcCGGCCTGCGCCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGAtggtgcaggccggcgcctacctgctgtcgatcgtgccggatgaagacatctgggtgcaggccaacttcaaggaaacccagatcggccgcatgcaccccggccagcg < 1:171735‑M2/150‑107 (MQ=255) gcCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCGGTGCGGGCATTGGCGATTTGCGCATCGAGGCGCTTGAGTTc > 2:195706/1‑150 (MQ=255) gcCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCGGTGCGGGCATTGGCGATTTGCGCATCGAGGCGCTTGAGTTc > 2:333180/1‑150 (MQ=255) ggCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGAtggtgcaggccggcgcctacctgctgtcgatcgtgccggatgaagacatctgggtgcaggccaacttcaaggaaacccagatcggccgcatgcaccccggccagcgcgc < 2:497999‑M2/150‑110 (MQ=255) cTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTc < 2:3239/76‑1 (MQ=255) cTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTc > 1:3239/1‑76 (MQ=255) caccTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGAtggtgcaggccggcgcctacctgctgtcgatcgtgccggatgaagacatctgggtgcaggccaacttcaaggaaacccagatcggccgcatgcaccccggccagcgcgcggaactgtt > 1:497999‑M2/1‑32 (MQ=255) accTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCGGTGCGGGCATTGGCGATTTGCGCATCGAGGCGCTTGAGTTCGGCGTTCAGGGCg > 1:241343/1‑150 (MQ=255) cTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGAtggtgcaggccggcgcctacctgctgtcgatcgtgccggatgaagacatctgggtgcaggccaacttcaaggaaacccagatcggccgcatgcaccccggccagcgcgcggaactgttgtt > 2:171735‑M2/1‑29 (MQ=255) cTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCGGTGCGGGCATTGGCGAttt > 1:575217/1‑113 (MQ=255) cTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCGGTGCGGGCATTGGCGAttt < 2:575217/113‑1 (MQ=255) tGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCGGTGCGGGCATTGGCGATTTGCGCATCGAGGCGCTTGAGTTCGGCGTTCAGGGCGGTGACCTGCTGGCGCTGGCTTTGc < 1:24972/150‑1 (MQ=255) cGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCGGTGCGGGCATTGGCGATTTGCGCATCGAGGCGCTTGAGTTCGGCGTTCAGGGCGGTGACCTGCTGGCGCTGGCTTTGCAGGt < 2:541156/150‑1 (MQ=255) gATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCGGTGCGGGCATTGGCGATTTGCGCATCGAGGCGCTTGAGTTCGGCGTTCAGGGCGGTGACCTGCTGGCGCTGGCTTTGCAGGt < 1:560772/149‑1 (MQ=255) gATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCGGTGCGGGCATTGGCGATTTGCGCATCGAGGCGCTTGAGTTCGGCGTTCAGGGCGGTGACCTGCTGGCGCTGGCTTTGCAGGt > 2:560772/1‑149 (MQ=255) | CAACAGTTCCGCGCGCTGGCCGGGGTGCATGCGGCCGATCTGGGTTTCCTTGAAGTTGGCCTGCACCCAGATGTCTTCATCCGGCACGATCGACAGCAGGTAGGCGCCGGCCTGCACCACCTGGCCATTGCGCGCATTGCGCTGGCCGATGGTGCCGCTGATCGGGGCATGGATTTCGCAGCGGGTCAGGTTCAGTTCGGCCTGGGCCAGGTCGGTGCGGGCATTGGCGATTTGCGCATCGAGGCGCTTGAGTTCGGCGTTCAGGGCGGTGACCTGCTGGCGCTGGCTTTGCAGGT > NC_002947/2238862‑2239157 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |