New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3052758 = | 23 (1.000) | 4 (0.180) | 4/234 | NT | 14.4% | coding (1415/1899 nt) | PP_2664 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
? | NC_002947 | 3052825 = | 26 (1.200) | coding (1482/1899 nt) | PP_2664 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
GGACCGTGGGCTGGGTCTGGGCCTGGCAATCGTGGAGAAGATCGCCGGCATCCTCGGCCACCGGATCCGCGTGCGTTCATGGCTGGGCAAAGGCTCGGTGTTCGCTGTCGAGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCTGGAAGGTTGGGGCTGCCGTGTGGTGACTGCGCTGTCGGA > NC_002947/3052678‑3052965 | ggACCGTGGGCTGGGTCTGGGCCTGGCAATCGTGGAGAAGATCGCCGGCATCCTCGGCCACCGGATCCGCGTGCGTTCATGGCTGGGCAAAGGCTCGGTGTTCGCTGTCGAGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAg > 1:466443/1‑150 (MQ=255) ccGTGGGCTGGGTCTGGGCCTGGCAATCGTGGAGAAGATCGCCGGCATCCTCGGCCACCGGATCCGCGTGCGTTCATGGCTGGGCAAAGGCTCGGTGTTCGCTGTCGAGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGcgg > 2:285997/1‑148 (MQ=255) cGTGGGCTGGGTCTGGGCCTGGCAATCGTGGAGAAGATCGCCGGCATCCTCGGCCACCGGATCCGCGTGCGTTCATGGCTGGGCAAAGGCTCGGTGTGCGCTGTCGAGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAg > 1:55944/1‑150 (MQ=255) tCTGGGCCTGGCAATCGTGGAGAAGATCGCCGGCATCCTCGGCCACCGGATCCGCGTGCGTTCATGGCTGGGCAAAGGCTCGGTGTTCGCTGTCGAGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGa > 1:269177/1‑150 (MQ=255) cGGCATCCTCGGCCACCGGATCCGCGTGCGTTCATGGCTGGGCAAAGGCTCGGTGTTCGCTGTCGAGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAg > 2:532903/1‑150 (MQ=255) cTCGGCCACCGGATCCGCGTGCGTTGATGGCTGTGCAAAGGCTCGGTGTTCGCTGTCGAGGGGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAGGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTgg < 2:539790/150‑1 (MQ=255) gCCACCGGATTCGCGTGCGTTCATGGCTGGGCAAAGGCTCGGTGTTCACTGTCGAGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAATCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGc < 2:411165/150‑1 (MQ=255) aCCGGATCCGCGTGCGTTCATGGCTGGGCAAAGGCTCGGTGTTCGCTGTCGAGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAAc < 2:311455/120‑1 (MQ=255) aCCGGATCCGCGTGCGTTCATGGCTGGGCAAAGGCTCGGTGTTCGCTGTCGAGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAAc > 1:311455/1‑120 (MQ=255) ccGGATCCGCGTGCGTTCATGGCTGGGCAAAGGCTCGGTGTTCGCTGTCGAGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGa > 1:302266/1‑150 (MQ=255) cgtgcgtTCATGGCTGGGCAAAGGCTCGGTGTTCGCTGTCGAGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATgc < 2:200234/150‑1 (MQ=255) ttCATGGCTGGGCAAAGGCTCGGTGTTCGCTGTCGAGATGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCGCGAACCATTGCGCGGGGCGAGGGTGGGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGAt > 1:497467/1‑150 (MQ=255) gctgggctttgggagcagtggtgctcagcggcacctcgacagcgaacaccgagcctttgcccagccGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTgcgc > 2:440671‑M2/67‑150 (MQ=255) CAAAGGCTCGGTGTTCGCTGTCGAGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCAt > 2:187162‑M1/1‑150 (MQ=255) tttgggagcagtggtgctcagcggcacctcgacagcgaacaccgagcctttgcccagccGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAgg < 2:430797‑M2/49‑1 (MQ=255) tttgggagcagtggtgctcagcggcacctcgacagcgaacaccgagcctttgcccagccGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAgg > 1:430797‑M2/60‑108 (MQ=255) cTCGGTGTTCGCTGTCGAGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCAc < 2:302266/150‑1 (MQ=255) gCTGTCGAGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCTGGaa > 2:237114/1‑150 (MQ=255) ctcagcggcacctcgacagcgaacaccgagcctttgcccagccGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCTGGAAg < 1:440671‑M2/107‑1 (MQ=255) cGAGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCTGGAAGGTTg < 2:466443/150‑1 (MQ=255) gAGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCTGGAAGGTTgg < 1:237114/150‑1 (MQ=255) aGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCTGGAAGGTTggg < 2:68476/150‑1 (MQ=255) ggTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCt < 2:263743/138‑1 (MQ=255) ggTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCACAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCt > 1:263743/1‑138 (MQ=255) ccGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCTGGAAGGTTGGGGCTGc > 2:392955/1‑150 (MQ=255) aGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCTGGAAGGTTGGGGCTGCCGtgtg < 2:55944/150‑1 (MQ=255) caccacTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCTGGAAGGTTGGGGCTGCCGTgtggt < 1:532903/150‑1 (MQ=255) accacTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCTGGAAGGTTGGGGCTGCCGTgtggtg > 2:188227/1‑150 (MQ=255) ccacTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCTGGAAGGTTGGGGCTGCCGTGTGGTGa < 1:285997/150‑1 (MQ=255) cacTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGc < 2:449608/41‑1 (MQ=255) cacTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGc > 1:449608/1‑41 (MQ=255) tGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCTGGAAGGTTGGGGCTGCCGTGTGGTGACTgc < 2:269177/150‑1 (MQ=255) cTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCTGGAAGGTTGGGGCTGCCGTGTGGTGACTgcgc < 2:542800/150‑1 (MQ=255) ccAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCTGGAAGGTTGGGGCTGCCGTGTGGTGACTGCGCTGt > 1:380323/1‑150 (MQ=255) ccAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCTGGAAGGTTGGGGCTGCCGTGTGGTGACTGCGCTGt < 2:534509/150‑1 (MQ=255) aacccgaccGGGCCAGGTTATTTGCGATCCTTTTTTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCTGGAAGGTTGGGGCTGCCGTGTGGTGACTGCGCTGTCgga < 2:497467‑M2/141‑1 (MQ=255) | GGACCGTGGGCTGGGTCTGGGCCTGGCAATCGTGGAGAAGATCGCCGGCATCCTCGGCCACCGGATCCGCGTGCGTTCATGGCTGGGCAAAGGCTCGGTGTTCGCTGTCGAGGTGCCGCTGAGCACCACTGCTCCCAAAGCCCAGCCGAGCCAGGTTATCTGCGAGCCGATGCTCGAACGCTTGCGCGGGGCGAGGGTGTGGGTGCTGGATAACGATGCGGCGATTTGCGCGGGCATGCGCACTTTGCTGGAAGGTTGGGGCTGCCGTGTGGTGACTGCGCTGTCGGA > NC_002947/3052678‑3052965 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |