| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 2056021 | 19 (0.820) | 3 (0.150) | 3/222 | NT | 14.8% | intergenic (+27/‑116) | aroC/PP_1831 | chorismate synthase/membrane protein |
| ? | NC_002947 | = 2056095 | 18 (0.880) | intergenic (+101/‑42) | aroC/PP_1831 | chorismate synthase/membrane protein | |||||
CACGCCGATTGCCGAGGCGATGATGGCCATTGCGTTGATGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAACCCATCCCCTACTGGCGCCTGTCCAGCT > NC_002947/2055883‑2056170 | cACGCCGATTGCCGAGGCGATGATGGCCATTGCGTTGATGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTcc < 1:479013/150‑1 (MQ=255) aTGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAg > 2:248926/1‑150 (MQ=255) tGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCAGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAgg > 1:186857/1‑150 (MQ=255) ccaccTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGa > 1:360604/1‑150 (MQ=255) ctgctgCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAAcc > 2:387870/1‑98 (MQ=255) ctgctgCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAAcc < 1:387870/98‑1 (MQ=255) ctgctgCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATc > 1:390602/1‑150 (MQ=255) cACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGa > 2:51283/1‑150 (MQ=255) cGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTgaacccgctcctacgcggatttcaccctgtcactgcacctgagggcagtgatatcccaatgtaggagcg < 1:123135‑M1/150‑70 (MQ=255) gTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCTGTGCTGGGCCAGCGCTGCTCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAGCCCCGCTGCTACATTGGGATACCACTGCCGTCAGGTCCCGTGACAGGTTCAAATCCGCGTGGGAGCgg < 2:497445/150‑1 (MQ=255) cAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTgaacccgctcctacgcggatttcaccctgtcactgcacctgagggcagtgatatcccaatgtaggagcgggttta > 2:440401‑M1/1‑75 (MQ=255) cAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCa > 2:360604‑M2/1‑149 (MQ=255) cAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATAACCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGTTGCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTCAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACAGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGGAATCCACGTAGGAGCGGGTTCa > 1:229330/1‑150 (MQ=255) aaTGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCAATTGTGCATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCaccc < 1:497174‑M2/150‑5 (MQ=255) cGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaa > 2:158694‑M2/1‑141 (MQ=255) gATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaag < 1:245236‑M2/150‑11 (MQ=255) tgtgCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaagag > 1:51283‑M2/1‑138 (MQ=255) gCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaagaggcc > 1:33615‑M2/1‑135 (MQ=255) gTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCTGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAggccggcc > 1:76497/1‑150 (MQ=255) gTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTgaacccgctcctacgcggatttcaccctgtcactgcacctgagggcagtgatatcccaatgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccgttg < 1:440401‑M1/150‑94 (MQ=255) ggCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCa < 2:390602/150‑1 (MQ=255) cAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCAccc < 1:248926/150‑1 (MQ=255) gcgcTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCAGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCa < 2:186857/150‑1 (MQ=255) tGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTGAACCcgctcc > 1:113302/1‑110 (MQ=255) tGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTGAACCcgctcc < 2:113302/113‑4 (MQ=255) cAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAACCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAACCCa < 2:497174/150‑1 (MQ=255) aaCTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAAc < 2:59783/146‑1 (MQ=255) aaCTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAAc > 1:59783/1‑146 (MQ=255) tGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAACCCGTccc < 1:53746/150‑1 (MQ=255) cAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaagaggccgttgcagttggatcagcgctggcccagcaccggggtattcac < 1:440401‑M2/150‑58 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGTgaacccgctcctacgcggatttcaccctgtcactgcacctgagggcagtgatatcccaatgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccgttgcagttggatcagcgctggcccagcaccggggtattcacttgc > 1:33615‑M1/1‑15 (MQ=255) ctctTCGCGGGTgaacccgctcctacgcggatttcaccctgtcactgcacctgagggcagtgatatcccaatgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccgttgcagttggatcagcgctggcccagcaccggggtattcacttgcaca > 1:51283‑M1/1‑12 (MQ=255) ctTCGCGGGTgaacccgctcctacgcggatttcaccctgtcactgcacctgagggcagtgatatcccaatgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccgttgcagttggatcagcgctggcccagcaccggggtattcacttgcacatc < 1:245236‑M1/150‑141 (MQ=255) ttCGCGGGTgaacccgctcctacgcggatttcaccctgtcactgcacctgagggcagtgatatcccaatgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccgttgcagttggatcagcgctggcccagcaccggggtattcacttgcacatcg > 2:158694‑M1/1‑9 (MQ=255) ttCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAACCCATCCCCTACTGGCGCCt > 1:562733/1‑150 (MQ=255) gggTgaacccgctcctacgcggatttcaccctgtcactgcacctgagggcagtgatatcccaatgcacaattgggtttacccgcgaagaggccgttgcagttggatcagcgctggcccagcaccggggtattcacttgcacatcggcatt < 1:497174‑M1/150‑147 (MQ=255) tgaacccgctcctacgcggatttcaccctgtcactgcacctgagggcagtgatatcccaatgtaggagcgggtttacccgcgaagaggccgttgcagttggatcagcgctggcccagcaccggggtattcacttgcacatcggcattctg > 2:360604‑M1/1‑1 (MQ=255) tAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCacccgcgaagaggccgttgcagttggatcagcgctggcccagcaccggggtattcacttgcacatcggcattctg > 2:440401‑M2/1‑75 (MQ=255) | CACGCCGATTGCCGAGGCGATGATGGCCATTGCGTTGATGGACCACCTGCTGCGCCACCGTGCGCAGAATGCCGATGTGCAAGTGAATACCCCGGTGCTGGGCCAGCGCTGATCCAACTGCAACGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACATTGGGATATCACTGCCCTCAGGTGCAGTGACAGGGTGAAATCCGCGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTCCCCACAAGGCCACCCCATGCAACCCATCCCCTACTGGCGCCTGTCCAGCT > NC_002947/2055883‑2056170 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |