New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5165972 = | 20 (0.860) | 3 (0.140) | 3/240 | NT | 14.0% | coding (1956/3906 nt) | hrpA | ATP‑dependent helicase HrpA |
? | NC_002947 | 5166024 = | 18 (0.820) | coding (1904/3906 nt) | hrpA | ATP‑dependent helicase HrpA |
CACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCAGGTCACGGCAAATCAGCGCCAACTGACGATGAGCATCGCGCCACTCGCGCAGCCGCAAGTAGTTCAGG > NC_002947/5165879‑5166173 | caccaTGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAAt > 1:402669/1‑150 (MQ=255) cgtgaccggcagctgacggtgaacaaggaaccgaccgattaccagaagctgcacaaggcaatcctcagcgggctgctcagccagattggCCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTgg > 2:37‑M1/90‑150 (MQ=255) tgacctgcagctgacggtgaacaaggaaccgaccgattaccagaagctgcacaaggcaatcctcagcgggctgctcagccagattggCCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCt > 2:62089‑M1/88‑150 (MQ=255) ggtggtTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAg < 2:348556/150‑1 (MQ=255) aGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGc < 1:237446/150‑1 (MQ=255) gCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCtttt > 2:471154/1‑140 (MQ=255) gCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAGCCCCTCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCtttt < 1:471154/142‑3 (MQ=255) aGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTg < 2:53993/150‑1 (MQ=255) cACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAAtcggtc < 2:402669/150‑1 (MQ=255) aCTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAAtcggtcg < 1:3084/150‑1 (MQ=255) ggCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGTATGCACCCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCt > 1:388980/1‑150 (MQ=255) ttGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCCGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTc > 1:521584/1‑150 (MQ=255) gcCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCg > 2:498780/1‑150 (MQ=255) cgccAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGt < 2:430612/148‑1 (MQ=255) agccagattggccagaagaccgaagagggcgactaccagggcgcccgtcagcggcgcttctggCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCAGGTCa > 2:62089‑M2/64‑150 (MQ=255) ccagattggccagaagaccgaagagggcgactaccagggcgcccgtcagcggcgcttctggCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCCGGTCACg > 2:37‑M2/62‑150 (MQ=255) aCCCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCAGGTCACGGCAAATc > 2:264646/1‑150 (MQ=255) ccagaagaccgaagagggcgactaccagggcgcccgtcagcggcgcttctggCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCAGGTCACGGCAAATCAg > 2:329515‑M2/53‑150 (MQ=255) CCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCAGGTCACGGCAAATCAg < 1:360098‑M1/150‑1 (MQ=255) CCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCCCACATATGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCAGGTCACGGCAAATCAg < 1:413269‑M1/150‑1 (MQ=255) CAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCAGGTCACGGCAAATCAgc > 1:58058‑M1/1‑150 (MQ=255) gccgcTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCAGGTCACGGCAAATCAGCGCCAACt < 2:429472/150‑1 (MQ=255) tGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCAGGTCACGGCAAATCAGCGCCAACTGACGa < 1:264646/150‑1 (MQ=255) gggCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCAGGTCACGGCAAATCAGCGCCAACTGACGATGAg > 2:246032/1‑150 (MQ=255) gcCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCAGGTCACGGCAAATCAGCGCCAACTGACGATGAGCATc < 1:246032/150‑1 (MQ=255) ccTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCAGGTCACGGCAAATCAGCGCCAACTGACGATGAGCATCGCGCCACTCGCGCa > 2:271501/1‑150 (MQ=255) ccTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCAGGTCACGGCAAATCAGCGCCAACTGACGATGAGCATCGCGCCACTCGCGCa > 2:203385/1‑150 (MQ=255) gTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCAGGTCACGGCAAATCAGCGCCAACTGACGATGAGCATCGCGCCACTCGCGCAGCCGCAag > 1:493598/1‑150 (MQ=255) gTCTTCTGGCAAATCTGGCTGAGCAACCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCGTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCAGGTCACGGCAAATCAGCGCCAACTGACGATGAGCATCGCGCCACTCGCGCAGCCGCAag > 2:288050/1‑150 (MQ=255) ccAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCAGGTCACGGCAAATCAGCGCCAACTGACGATGAGCATCGCGCCACTCGCGCAGCCGCAAGTAGTTCAgg < 1:62089/150‑1 (MQ=255) | CACCATGCGCGCATACAGCTTGGTGGTTTCGACCAGCTCGGCAGCCATGACCCACTGCGGGCGCTTGCGCCCCAGGCCCGAAGATGGATGCACCCAGAAGCGCCGCTGACGGGCGCCCTGGTAGTCGCCCTCTTCGGTCTTCTGGCCAATCTGGCTGAGCAGCCCGCTGAGGATTGCCTTGTGCAGCTTCTGGTAATCGGTCGGTTCCTTGTTCACCGTCAGCTGCAGGTCACGGCAAATCAGCGCCAACTGACGATGAGCATCGCGCCACTCGCGCAGCCGCAAGTAGTTCAGG > NC_002947/5165879‑5166173 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |