New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4189306 = | 98 (1.050) | 9 (0.100) | 9/234 | NT | 9.1% | coding (525/819 nt) | PP_5611 | transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 4189330 = | 89 (1.020) | coding (549/819 nt) | PP_5611 | transcriptional regulator |
CTGCATCTCACCGTCAACCATGCCATAGTCGTCCTCGATCAATCGTCGTTGTGCTGCGGTAAGCTCAGGGTGAGGGATAAAGACCACGCTAACCATCCGCTCCCAAGCTTTGTCCAAACCGCTCCGATCAAGGTCGGGCCGCAG‑ATGCT‑CGGCCCGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/4189462‑4189306 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cggcccgaCCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGATGCAGTTGAAGTGTCGTC > NC_002947/4189330‑4189475 CTGCATCTCACCGTCAACCATGCCATAGTCGTCCTCGATCAATCGTCGTTGTGCTGCGGTAAGCTCAGGGTGAGGGATAAAGACCACGCTAACCATCCGCTCCCAAGCTTTGTCCAAACCGCTCCGATCAAGGTCGGGCCGCAG‑ATGCT‑C < 1:1404198/150‑1 CTGCATCTCACCGTCAACCATGCCATAGTCGTCCTCGATCAATCGTCGTTGTGCTGCGGTAAGCTCAGGGTGAGGGATAAAGACCACGCTAACCATCCGCTCCCAAGCTTTGTCCAAACCGCTCCGATCAAGGTCGGGCCGCAG‑ATGCT‑C > 2:2372937/1‑150 GCATCTCACCGTCAACCATGCCATAGTCGTCCTCGATCAATCGTCGTTGTGCTGCGGTAAGCTCAGGGTGAGGGATAAAGACCACGCTAACCATCCGCTCCCAAGCTTTGTCCAAACCGCTCCGATCAAGGTCGGGCCGCAG‑ATGCT‑CGG < 2:2245532/150‑1 TCACCGTCAACCATGCCATAGCCGTCCTCGATCAATCGTCGTCGTGCTGCGGTAAGCTCAGGGTGAGGGATAAAGACCACGCTAACCATCCGCTCCCAAGCTTTGTCCAAACCGCTCCGATCGAGGGCGGGCCCCAG‑ATGCT‑CGCCCCGA > 2:444073/1‑150 GGATAAAGACCACGCTAACCATCCGCTCCCAAGCTTTGTCCAAACCGCTCCGATCAAGGTCGGGCCG‑AGCAT‑CTGCGGCCCGACCTTGATC > 2:2169536/1‑91 GGATAAAGACCACGCTAACCATCCGCTCCCAAGCTTTGTCCAAACCGCTCCGATCAAGGTCGGGCCG‑AGCAT‑CTGCGGCCCGACCTTGATC < 1:2169536/91‑1 GTCGGGCCGCAG‑ATGCT‑CGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCT < 1:426385/92‑1 GTCGGGCCGCAG‑ATGCT‑CGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCT > 2:426385/1‑92 TCGGGCCGCAG‑ATGCT‑CGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGAT < 1:464650/63‑1 TCGGGCCGCAG‑ATGCT‑CGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGAT > 2:464650/1‑63 GGGCCGCAG‑ATGCT‑CGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGA > 2:897368/1‑150 AG‑ATGCT‑CGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCCGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCAT < 1:2409053/129‑1 AG‑ATGCT‑CGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCCGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCAT > 2:2409053/1‑129 GCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGATGCAGTTGAAGTGTCG > 1:1231147/1‑150 GCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGA > 2:2125958/1‑134 GCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGA < 1:2125958/134‑1 CCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGATGCAGTTGAAGTGTCGTC > 1:616275/1‑150 CCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGATGCAGTTGAAGTGTCGTC < 2:2211663/150‑1 CCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGATGCAGTTGAAGTGTCGTC < 2:730959/150‑1 CTGCATCTCACCGTCAACCATGCCATAGTCGTCCTCGATCAATCGTCGTTGTGCTGCGGTAAGCTCAGGGTGAGGGATAAAGACCACGCTAACCATCCGCTCCCAAGCTTTGTCCAAACCGCTCCGATCAAGGTCGGGCCGCAG‑ATGCT‑CGGCCCGA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_002947/4189462‑4189306 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑cggcccgaCCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGATGCAGTTGAAGTGTCGTC > NC_002947/4189330‑4189475 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |