New junction evidence | |||||||||||
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? | NC_002947 | 4189330 = | 89 (1.020) | coding (549/819 nt) | PP_5611 | transcriptional regulator |
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
CCCCGAGGGTGATGAGATTGAGGTTACACCTCATTCGCTCACTCAAGATGGCACTCGATGGCTTGTCAGGTGTTGGTGCTGTACTCGAGGCAACTTTGAAACCTATGATCTCTCGCGCATCGTTCGGGCCG‑AGCAT‑CTGCGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGATGCAGTTGAAGTGTCGTC > NC_002947/4189183‑4189475 | ccccGAGGGTGATGAGATTGAGGTTACACCTCATTCGCTCACTCAAGATGGCACTCGATGGCTTGTCAGGTGTTGGTGCTGTACTCGAGGCAACTTTGAAACCTATGATCTCTCGCGCATCGTTCGGGCCG‑AGCAT‑CTGCGGCCCGACCt > 1:219572/1‑150 (MQ=255) cccGAGGGTGATGAGATTGAGGTTACACCTCATTCGCTCACTCAAGATGGCACTCGATGGCTTGTCAGGTGTTGGTGCTGTACTCGAGGCAACTTTGAAACCTATGATCTCTCGCGCATCGTTCGGGCCG‑AGCAT‑CTGCGGCCCGACCtt > 2:1115444/1‑150 (MQ=255) ccGAGGGTGATGAGATTGAGGTTACACCTCATTCGCTCACTCAAGATGGCACTCGATGGCTTGTCAGGTGTTGGTGCTGTACTCGAGGCAACTTTGAAACCTATGATCTCTCGCGCATCGTTCGGGCCG‑AGCAT‑CTGCGGCCCGACCTTg > 1:1941282/1‑150 (MQ=255) tgaGATTGAGGTTACACCTCATTCGCTCACTCAAGATGGCACTCGATGGCTTGTCAGGTGTTGGTGCTGTACTCGAGGCAACTTTGAAACCTATGATCTCTCGCGCATCGTTCGGGCCG‑AGCAT‑CTGCGGGCCGACCTTGATCGGa > 1:2401889/1‑146 (MQ=255) tgaGATTGAGGTTACACCTCATTCGCTCACTCAAGATGGCACTCGATGGCTTGTCAGGTGTTGGTGCTGTACTCGAGGCAACTTTGAAACCTATGATCTCTCGCGCATCGTTCGGGCCG‑AGCAT‑CTGCGGGCCGACCTTGATCGGa < 2:2401889/146‑1 (MQ=255) gagaTTGAGGTTACACCTCATTCGCTCACTCAAGATGGCACTCGATGGCTTGTCAGGTGTTGGTGCTGTACTCGAGGCAACTTTGAAACCTATGATCTCTCGCGCATCGTTCGGGCCG‑AGCAT‑CTGCGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGt < 1:359965/150‑1 (MQ=255) ttGAGGTTACACCTCATTCGCTCACTCAAGATGGCACTCGATGGCTTGTCAGGTGTTGGTGCTGTACTCGAGGCAACTTTGAAACCTATGATCTCTCGCGCATCGTTCGGGCCG‑AGCAT‑CTGCGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTgg > 1:996495/1‑150 (MQ=255) tGAGGTTACACCTCATTCGCTCACTCAAGATGGCACTCGATGGCTTGTCAGGTGTTGGTGCTGTACTCGAGGCAACTTTGAAACCTATGATCTCTCGCGCATCGTTCGGGCCG‑AGCAT‑CTGCGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGa < 1:1564987/150‑1 (MQ=255) 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ttCGGGCCG‑AGCAT‑CTGCGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTg > 1:2110346/1‑150 (MQ=255) TCGGGGCG‑AGCAT‑CTGGGGCCCGCCCTCGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACGACGACGATTGATCGAGGACGGCTATGGCATGGTTGACGGTga > 2:444073‑M1/1‑150 (MQ=255) gtcgggccgcagatgctcggcccgaCCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCt > 2:426385‑M2/26‑92 (MQ=255) gtcgggccgcagatgctcggcccgaCCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCt < 1:426385‑M2/67‑1 (MQ=255) tcgggccgcagatgctcggcccgaCCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGAt > 2:464650‑M2/25‑63 (MQ=255) tcgggccgcagatgctcggcccgaCCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGAt < 1:464650‑M2/39‑1 (MQ=255) gggccgcagatgctcggcccgaCCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTgaga > 2:897368‑M2/23‑150 (MQ=255) CCG‑AGCAT‑CTGCGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGATGc < 2:2245532‑M1/150‑1 (MQ=255) G‑AGCAT‑CTGCGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGATGCAg > 2:2372937‑M1/1‑150 (MQ=255) G‑AGCAT‑CTGCGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGATGCAg < 1:1404198‑M1/150‑1 (MQ=255) aGCAT‑CTGCGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCg > 1:2363814/1‑114 (MQ=255) aGCAT‑CTGCGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCg < 2:2363814/114‑1 (MQ=255) agatgctcggcccgaCCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCCGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCAt > 2:2409053‑M2/16‑129 (MQ=255) agatgctcggcccgaCCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCCGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCAt < 1:2409053‑M2/114‑1 (MQ=255) t‑CTGCGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGATGCAGTTGaa < 2:122706/150‑1 (MQ=255) tGCGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGATGCAGTTGAAgt < 1:2058298/150‑1 (MQ=255) gCGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGATGCAGTTGAAgtg < 1:330270/150‑1 (MQ=255) gcccgaCCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTgaga < 1:2125958‑M2/128‑1 (MQ=255) ccgaCCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGATGCAGTTGAAGTgtcgtc > 1:616275‑M2/5‑150 (MQ=255) ccgaCCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGATGCAGTTGAAGTgtcgtc < 2:2211663‑M2/146‑1 (MQ=255) ccgaCCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGATGCAGTTGAAGTgtcgtc < 2:730959‑M2/146‑1 (MQ=255) | CCCCGAGGGTGATGAGATTGAGGTTACACCTCATTCGCTCACTCAAGATGGCACTCGATGGCTTGTCAGGTGTTGGTGCTGTACTCGAGGCAACTTTGAAACCTATGATCTCTCGCGCATCGTTCGGGCCG‑AGCAT‑CTGCGGCCCGACCTTGATCGGAGCGGTTTGGACAAAGCTTGGGAGCGGATGGTTAGCGTGGTCTTTATCCCTCACCCTGAGCTTACCGCAGCACAACGACGATTGATCGAGGACGACTATGGCATGGTTGACGGTGAGATGCAGTTGAAGTGTCGTC > NC_002947/4189183‑4189475 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |