New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1225139 = | 82 (0.880) | 5 (0.060) | 4/240 | NT | 6.1% | coding (292/747 nt) | gltJ | glutamate/aspartate ABC transporter permease |
? | NC_002947 | 1225162 = | 74 (0.830) | coding (269/747 nt) | gltJ | glutamate/aspartate ABC transporter permease |
GGCGCGGGCGGCAGCTTCCTGGCCTTTGGGCAGCGCCTGGATACCGGTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTCCACGTAGGCGGTGGCGATACCCGATACCAGGCGGTTCGGTACGGTACGCATGACACCGAGGAG > NC_002947/1224990‑1225286 | atcatcgcgctgctgctggggtcgctcctcggtgtcatgcgtaccgtaccgaaccgcctggtatcgggtatcgccaccgcctacgtggaactgttccgcaacgtgccactgctggtgcaactgttcatctggtacttcctggtaccggac > 1:51020‑M1/150‑150 (MQ=255) atcatcgcgctgctgctggggtcgctcctcggtgtcatgcgtaccgtaccgaaccgcctggtatcgggtatcgccaccgcctacgtggaactgttccgcaacgtgccactgctggtgcaactgttcatctggtacttcctggtaccggac > 2:1016914‑M1/150‑150 (MQ=255) atcatcgcgctgctgctggggtcgctcctcggtgtcatgcgtaccgtaccgaaccgcctggtatcgggtatcgccaccgcctacgtggaactgttccgcaacgtgccactgctggtgcaactgttcatctggtacttcctggtaccggac > 1:1384825‑M1/150‑150 (MQ=255) tcatcgcgctgctgctggggtcgctcctcggtgtcatgcgtaccgtaccgaaccgcctggtatcgggtatcgccaccgcctacgtggaactgttccgcaaagtgccactgctggtgcaactgttcatctggtacttcctggtaccggacc > 1:551091‑M1/149‑150 (MQ=255) cgcgGGTGGCAGCTTCCTGGCCTTTGGGCAGCGCCTGGATACCGGTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCt < 1:1811235/150‑1 (MQ=255) tcgcgctgctgctggggtcgctcctcggtgtcatgcgtaccgtaccgaaccgcctggtatcgggtatcgccaccgcctacgtggaactgttccgcaacgtgccactgctggtgcaactgttcatctggtacttcctggtaccggaCCTGc < 1:998656‑M1/5‑1 (MQ=255) gccggcAGATTCCTGGCCTTTGGGCAGCGCCTGGATACCGGTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCaa < 1:1282747/148‑1 (MQ=255) gcggcAGCTTCCTGGCCTTTGGGCAGCGCCTGGATACCGGTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAg < 1:2331433/150‑1 (MQ=255) gCTTCCTGGCCTTTGGGCAGCGCCTGGATACCGGTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCt > 1:2424599/1‑150 (MQ=255) tCCTTGCCTTTGGGCAGCGCCTGGATACCGGTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGgc < 1:2335389/150‑1 (MQ=255) cTGGCCTTTGGGCAGCGCCTGGATACCGGTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGGTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGgcag > 2:482361/1‑150 (MQ=255) tGGCCTTTGGGCAGCGCCTGGATACCGGTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGgcagc < 2:52499/150‑1 (MQ=255) gtcgctcctcggtgtcatgcgtaccgtaccgaaccgcctggtatcgggtatcgccaccgcctacgtggaactgttccgcaacgtgccactgctggtgcaactgttcatctggtacttcctggtaccggaCCTGCAAGCCTTCTGgcagca < 1:2449405‑M1/21‑1 (MQ=255) ggCCTTTGGGCAGCGCCTGGATACCGGTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGgcagca > 1:1724399/1‑150 (MQ=255) gCCTTTGGGCAGCGCCTGGATACCGGTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGcagcag < 1:921642/150‑1 (MQ=255) ccTTTGGGCAGCGCCTGGATACCGGTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAgg > 1:2038047/1‑150 (MQ=255) ttGGGCAGCGCCTGGATACCGGTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTcc < 1:767316/150‑1 (MQ=255) tcctcggtgtcatgcgtaccgtaccgaaccgcctggtatcgggtatcgccaccgcctacgtggaactgttccgcaacgtgccactgctggtgcaactgttcatctggtacttcctggtaccggaCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTcc > 2:2449405‑M1/125‑150 (MQ=255) 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cgggATACCGGTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGaa < 2:458366/148‑1 (MQ=255) atgcgtaccgtaccggcccgcctggtatcgggtatcgccaccgcctacgtggaactgttccgcaacgtgccactgctggtgcaactgttcatctggtacttcctggtaccggaCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGaa > 2:2274467‑M1/114‑150 (MQ=255) aTACCGGTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTAc < 1:1072389/150‑1 (MQ=255) tACCGGTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTAcc < 1:1601019/150‑1 (MQ=255) aCCGGTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCa < 2:1530730/150‑1 (MQ=255) gTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCa < 1:1268201/136‑1 (MQ=255) gTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCa > 2:1268201/1‑136 (MQ=255) gCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGCTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGACTGCTGGCACCAGGGCCGTGATCAGGAGGTACCAGATGAACa > 2:1204083/1‑150 (MQ=255) aCTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGt > 1:384331/1‑150 (MQ=255) cTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGtt < 2:151765/150‑1 (MQ=255) 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acaGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCaa < 1:2113322/96‑1 (MQ=255) acaGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCaa > 2:2113322/1‑96 (MQ=255) acaGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCaa < 2:2048853/96‑1 (MQ=255) acaGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACcag < 2:2016243/150‑1 (MQ=255) acaGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACcag > 1:2016243/1‑150 (MQ=255) aaGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACcagc < 1:932127/149‑1 (MQ=255) aGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCaa < 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gAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTCCACGTAg > 1:1230273/1‑112 (MQ=255) gAGGTCCTGCTAGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTCCACGTAg < 2:1230273/112‑1 (MQ=255) gTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTCCACGTAGGCGGTGGCGATACCCGATACCAGGCGGTTCGgtacggtacg > 2:1755791/1‑150 (MQ=255) cTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTCCACGTAGGCGGTGGCGATACCCGATACCAGGCGGTTCGGTACGGTACGCAt < 1:2264205/150‑1 (MQ=255) cTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTCCACGTAGGCGGTGGCGATACCCGATACCAGGCGGTTCGGTACGGTACGCAt > 2:696020/1‑150 (MQ=255) tGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTCCACGTAGGCgg < 2:1542467/109‑1 (MQ=255) tGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTCCACGTAGGCgg > 1:1542467/1‑109 (MQ=255) gCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTCCACGTAGGCGGTGGCGATACCCGATACCAGGCGGTTCGGTACGGTACGCATGa < 1:250341/150‑1 (MQ=255) cTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTACACGTAGGCGGTGGAGATACCCGATACCAGGCGGTTCGGTACGGTAAGCATgcc > 1:272107/1‑148 (MQ=255) ttGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACa < 1:511957/91‑1 (MQ=255) ttGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACa > 2:511957/1‑91 (MQ=255) aaCCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTCCACGTAGGCGGTGGCGATACCCGATACCAGGCGGTTCGGTACGGTACGCATGACACCg > 2:1545332/1‑150 (MQ=255) aCCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTCCACGTAGGCGGTGGCGATACCCGATACCAGGCGGTTCGGTACGGTACGCATGACACCga > 1:1707713/1‑150 (MQ=255) ccATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACCCTTGCACCAGCCGGAAGAGCGTAG‑TGAACAGTTCCACGTAGGCGGTGGCGATACCCGATACCAGGCGGTTCGGTACGGTACGCATGACACCgag > 2:1901329/1‑150 (MQ=255) ccATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTCCACGTAGGCGGTGGCGATACCCGATACCAGGCGGTTCGGTACGGTACGCATGACACCgag < 1:1755791/150‑1 (MQ=255) ccATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTCCACGTAGGCGGTGGCGATACCCGATACCAGGCGGTTCGGTACGGTACGCATGACACCgag > 1:2261919/1‑150 (MQ=255) ttCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTCCACGTAGGCGGTGGCGATACCCGATACCAGGCGGTTCGGTACGGTACGCATGACACCgaggag > 2:1492270/1‑150 (MQ=255) ttCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTCCACGTAGGCGGTGGCGATACCCGATACCAGGCGGTTCGGTACGGTACGCATGACACCgaggag > 2:1780063/1‑150 (MQ=255) ttCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTCCACGTAGGCGGTGGCGATACCCGATACCAGGCGGTTCGGTACGGTACGCATGACACCgaggag > 1:2289015/1‑150 (MQ=255) | GGCGCGGGCGGCAGCTTCCTGGCCTTTGGGCAGCGCCTGGATACCGGTACGCACTTGCTCACAGACGCGCGCGGCGGTGAACAGGCCCAGGCAGATGACCACGCTGATCAGCGCCGAAGTGGTCGGGTTGAGGTCCTGCTTGAACCATTCCTGCAAGCCTTCTGGCAGCAGGTCCGGTACCAGGAAGTACCAGATGAACAGTTGCACCAGCA‑GTGGCACGTTGCGGAACAGTTCCACGTAGGCGGTGGCGATACCCGATACCAGGCGGTTCGGTACGGTACGCATGACACCGAGGAG > NC_002947/1224990‑1225286 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |