| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1419553 = | 23 (0.250) | 11 (0.160) | 8/186 | NT | 46.7% | intergenic (‑36/+101) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | 1419647 = | 8 (0.120) | intergenic (‑130/+7) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
GTCCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCC > NC_002947/1419404‑1419635 | gTCCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTG < 1:1682735‑M1/150‑1 (MQ=255) tcaaacccaccgcccacagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaagtggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacaaagtctcacaccttgcattagcaggtcaGGc > 1:437495‑M1/148‑150 (MQ=255) tcaaacccaccgcccacagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGc > 2:494518‑M1/148‑150 (MQ=255) tcaaacccaccgcccacagctcgatcgtgatgcagagtcggatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGc > 1:1947025‑M1/148‑150 (MQ=255) tGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCT > 2:778605‑M1/1‑150 (MQ=255) acccaccgcccacagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGcctg > 1:555068‑M1/144‑148 (MQ=255) acccaccgcccacagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGcctg < 2:555068‑M1/6‑2 (MQ=255) aGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTC < 2:2135130‑M1/150‑1 (MQ=255) cccaccgcccacagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCtt > 1:487926‑M1/143‑150 (MQ=255) cccaccgcccacagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtccaatttaaccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCtt > 1:554579‑M1/143‑150 (MQ=255) gggATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGC < 2:49682‑M1/150‑1 (MQ=255) gggATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGC < 1:1080543‑M1/150‑1 (MQ=255) ggacgccggGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCG < 1:1682016‑M1/146‑1 (MQ=255) ggATGCCGGGTTCGATGTGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCG < 1:1312174‑M1/150‑1 (MQ=255) ggACGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCG < 2:641974‑M1/150‑1 (MQ=255) gATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGG > 2:144664‑M1/1‑150 (MQ=255) gATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGG < 1:1857199‑M1/150‑1 (MQ=255) gATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGG < 2:528059‑M1/150‑1 (MQ=255) gATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTATCGGTGGTTTTGGTTTGGTTTCCCTTGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGG < 1:1864652‑M1/150‑1 (MQ=255) aTGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGG < 1:2013497‑M1/150‑1 (MQ=255) cgcccacagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcgggtcaGGCCTCTTCGCgg > 2:2318353‑M1/138‑150 (MQ=255) gCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCA < 2:1655005‑M1/150‑1 (MQ=255) cagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGc > 2:1559464‑M1/132‑150 (MQ=255) tcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGc < 2:78369‑M1/23‑1 (MQ=255) gatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTc < 1:2385038‑M1/25‑1 (MQ=255) atcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattcgcaggtcaGGCATCCTCGTCAgcacgccctcgcc < 2:1240527‑M1/26‑6 (MQ=255) tcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTccc < 2:1112524‑M1/27‑1 (MQ=255) gAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAG < 2:1802037‑M1/150‑1 (MQ=255) gAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAG < 1:1209463‑M1/150‑1 (MQ=255) 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ttCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAc > 1:56989/1‑109 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGAc < 2:56989/109‑1 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAc < 1:1923162/121‑1 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAc > 2:1923162/1‑121 (MQ=255) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCa < 1:1430320/97‑1 (MQ=255) tgttgtgttgTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCa > 2:1430320/1‑97 (MQ=255) tCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgt < 2:1956637‑M2/125‑18 (MQ=255) tCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagcgggcgt > 1:1956637‑M2/1‑108 (MQ=255) ggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg > 1:1307002‑M1/46‑120 (MQ=255) ggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGGGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCgg < 2:1307002‑M1/75‑1 (MQ=255) gCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGgtcaccacagccgtcacgcactgcacagtacctgtgggagcgggcgtgccc > 2:1320361‑M1/1‑71 (MQ=255) gCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGgtcaccacagccgtcacgcactgcacagtacctgtgggagcgggcgtgccc < 1:1320361‑M1/122‑52 (MQ=255) ttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg > 1:1847739‑M1/38‑106 (MQ=255) ttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTgg < 2:1847739‑M1/69‑1 (MQ=255) ttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagcgg < 1:516069‑M2/106‑14 (MQ=255) ttgtttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgggagcgg > 2:516069‑M2/1‑93 (MQ=255) cTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGgtcaccacagccgtcacgcactgcacagta < 2:1711059‑M1/85‑31 (MQ=255) cTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGgtcaccacagccgtcacgcactgcacagta > 1:1711059‑M1/1‑55 (MQ=255) cTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgg > 2:320044‑M2/1‑69 (MQ=255) cTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACcctgtgg < 1:320044‑M2/76‑8 (MQ=255) cTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACc < 2:287052‑M2/70‑2 (MQ=255) cTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACc > 1:287052‑M2/1‑69 (MQ=255) | GTCCTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTG‑‑GGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCC > NC_002947/1419404‑1419635 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |