| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_002947 | = 1722478 | 88 (0.940) | 6 (0.070) | 6/242 | NT | 6.6% | coding (1069/3066 nt) | PP_1517 | RND family transporter |
| ? | NC_002947 | = 1722503 | 85 (0.940) | coding (1094/3066 nt) | PP_1517 | RND family transporter | |||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
AGCGCCTGGCACATAACCTGCCTGCCGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCACTACTTCGGCATCGGCCTGCACAAGATTTCCCTTGGCGCGCTGGTGCTGGCCCTGGGCTTGCTGGTGGACGACGCGATCATT > NC_002947/1722329‑1722627 | aGCGCCTGGCACATAACCTGCCTGCCGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCC > 1:2442977‑M1/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGGCACATAACCTGCCTGCCGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCt > 1:264690/1‑150 (MQ=255) cgcCTGGCACATAACCTGCCTGCCGGCATGGCGCTGCCCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTg < 2:1114879/150‑1 (MQ=255) cTGGCACATAACCTGCCTGCCGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCt > 2:53079/1‑146 (MQ=255) gCACATAACCTGCCTGCCGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACt > 2:639875/1‑150 (MQ=255) cacaTAACCTGCCTGCCGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTg < 2:264690/150‑1 (MQ=255) caTAACCTGCCTGCCGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGc > 1:2047144/1‑150 (MQ=255) aCCTGCCTGCCGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGAGCACTGGCCttg > 2:768800/1‑148 (MQ=255) cctgcctgCCGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCAc < 2:290988/141‑1 (MQ=255) cctgcctgCCGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCAc > 1:290988/1‑141 (MQ=255) cctgcctgCCGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCtggt < 2:1805159/150‑1 (MQ=255) ctgcctgcCGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGTGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGTTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCtggtg > 1:1720788/1‑150 (MQ=255) cctgccGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCtggtggtg < 2:208911/150‑1 (MQ=255) tgccGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGgc > 2:338901/1‑150 (MQ=255) tgccGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGgc > 2:2176175/1‑150 (MQ=255) ccGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTGCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGgcgc < 2:264682/150‑1 (MQ=255) cGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCt < 1:2176175/150‑1 (MQ=255) cGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCt < 1:1704260/150‑1 (MQ=255) ggCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCagcgccaccaccaggccagtgcgcag > 1:1636773‑M1/1‑124 (MQ=255) ggCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGTGCTg < 2:617012‑M2/150‑2 (MQ=255) gCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTgg > 1:2036367‑M2/1‑148 (MQ=255) gCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTgg < 2:263878‑M2/150‑3 (MQ=255) gcTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTcc > 2:1858844/1‑150 (MQ=255) gcTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTcc > 1:538358/1‑150 (MQ=255) tGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGCGTACGTACAGGACCTGGTCGAGGCGTTGGTCATGTTGCCGCTGGGGAGCTGCTTCTCGCGGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGc < 2:2101158/150‑1 (MQ=255) aaGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGgtg > 1:1149166/1‑150 (MQ=255) ggTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCagcgccaccaccaggccagtgcgcaggcccagcgagaagaagc < 2:1636773‑M1/150‑44 (MQ=255) ggTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGtt < 2:2147093/150‑1 (MQ=255) gTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTGCAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGATCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCagcgccaccaccaggccagtgcgcag > 2:1231364‑M1/1‑106 (MQ=255) gTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCagcgccaccaccaggccagtgcgcag < 1:1231364‑M1/132‑27 (MQ=255) aTCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCTAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGa < 1:184857/150‑1 (MQ=255) aTCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGATTTGCCTGCCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGa < 2:665688/150‑1 (MQ=255) aGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCATCTCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCt < 1:768800/150‑1 (MQ=255) ccggcggTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGGTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTgcc > 2:1912672/2‑150 (MQ=255) ggcggTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTgccgc > 1:1123013/1‑150 (MQ=255) gAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCtgg < 1:869203/98‑1 (MQ=255) gAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCtgg > 2:869203/1‑98 (MQ=255) ggCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCacta > 2:2225455/1‑150 (MQ=255) cGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCACTACTTCgg < 2:2047144/150‑1 (MQ=255) 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cttcttCTCGCTGGGCCGGCGCGCTGGCCTGGTGTTGTCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCACTACTTCGGCATCGGCCTGCACAAGATTTCCCTTGGCGCGCTGGTGCTGGCCCTGGGCTTGCtggt < 2:1720788/150‑1 (MQ=255) ttcttcTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCACTACTTCGGCATCGGCCTGCACAAGATTTCCCTTGGCGCGCTGGTGCTGGCCCTGGGCTTGCtggtg > 1:1268760/1‑150 (MQ=255) ttcttcTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCACTACTTCGGCATCGGCCTGCACAAGATTTCCCTTGGCGCGCTGGTGCTGGCCCTGGGCTTGCtggtg < 2:1149166/150‑1 (MQ=255) tcttctCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCACTACTTCGGCATCGGCCTGCACAAGATTTCCCTTGGCGCGCTGGTGCTGGCCCTgg < 1:1021912/138‑1 (MQ=255) tcttctCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCACTACTTCGGCATCGGCCTGCACAAGATTTCCCTTGGCGCGCTGGTGCTGGCCCTgg > 2:1021912/1‑138 (MQ=255) cttctCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCACTACTTCGGCATCGGCCTGCACAAGATTTCCCTTGGCGCGCTGGTGCTGGCCCTGGGCTTGCTGGTGga > 1:2208814/1‑150 (MQ=255) tgctcGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCACTACTTCGGCATCGGCCTGCACAAGATTTCCCTTGGCGCGCTGGTGCTGGCCCTGGGCTTGCTGGTGgac < 1:150207/148‑1 (MQ=255) ctcGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCACTACTTCGGCATCGGCCTGCACAAGATTTCCCTTGGCGCGCTGGTGCTGGCCCTGGGCTTGCTGGTGgacga > 1:1078376/1‑150 (MQ=255) tcGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCACTACTTCGGCATCGGCCTGCACAAGATTTCCCTTGGCGCGCTGGTGCTGGCCCTGGGCTTGCTGGTGgacgac > 2:483307/1‑150 (MQ=255) gCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGTGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCACTACTTCGGCATCGGCCTGCACAAGATTTCCCTTGGCGCGCTGGTGCTGGCCCTGGGCTTGCTGGTGGACGAcgc < 1:617012/150‑1 (MQ=255) tGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCGCTACGTCGGCATCGGCCTGCACAAGATTTCCCTTGGCGCGCTGGTGCTGGCCCTGGGCTTGCTGGTGGACGACGCGa > 2:1662412/1‑150 (MQ=255) ccagcgccaccaccaggccagtgcgcaggcccagcgagaagaagctcaccagcagcacaatgaccaacgcctcgaccagcacctgtacgaactcgcccacgccggccttcaccgccgccggctgatccgaaaccttgcgcagcgccatgc > 1:2036367‑M1/1‑2 (MQ=255) ccagcgccaccaccaggccagtgcgcaggcccagcgagaagaagctcaccagcagcacaatgaccaacgcctcgaccagcacctgtacgaactcgcccacgccggccttcaccgccgccggctgatccgaaaccttgcgcagcgccatgc < 2:263878‑M1/150‑149 (MQ=255) ccTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCACTACTTCGGCATCGGCCTGCACAAGATTTCCCTTGGCGCGCTGGTGCTg < 1:468825/118‑1 (MQ=255) ccTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCACTACTTCGGCATCGGCCTGCACAAGATTTCCCTTGGCGCGCTGGTGCTg > 2:468825/1‑118 (MQ=255) cagcaccaccaccaggccagtgcgcaggcccagcgagaagaagctcaccagcagcacaatgaccaacgcctcgaccagcacctgtacgaactcgcccacgccggccttcaccgccgccggctgatccgaaaccttgcgcagcgccatgcc < 2:617012‑M1/150‑150 (MQ=255) cTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTggcccagcgagaagaagctcaccagcagcacaatgatcaacgcctcgaccagcacctgcacgaactcgcccacgccggccttcaccgccgccggctgatccgaaac > 2:1231364‑M2/1‑26 (MQ=255) cTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTggcccagcgagaagaagctcaccagcagcacaatgaccaacgcctcgaccagcacctgtacgaactcgcccacgccggccttcaccgccgccggctgatccgaaaccttgcgcagcgccatgcc > 1:1636773‑M2/1‑26 (MQ=255) cTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTggcccagcgagaagaagctcaccagcagcacaatgaccaacgcctcgaccagcacctgtacgaactcgcccacgccggccttcaccgccgccggctgatccgaaac < 1:1231364‑M2/132‑107 (MQ=255) cTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCACTACTTCGGCATCGGCCTGCACAAGATTTCCCTTGGCGCGCTGGTGCTGGCCCTGGGCTTGCTGGTGGACGACGCGATCAtt > 1:1915268/1‑150 (MQ=255) | AGCGCCTGGCACATAACCTGCCTGCCGGCATGGCGCTGCGCAAGGTTTCGGATCAGCCGGCGGCGGTGAAGGCCGGCGTGGGCGAGTTCGTACAGGTGCTGGTCGAGGCGTTGGTCATTGTGCTGCTGGTGAGCTTCTTCTCGCTGGGCCTGCGCACTGGCCTGGTGGTGGCGCTGGCCATTCCGCTGGTGTTGGCCATGACCTTTGCCGCCATGCACTACTTCGGCATCGGCCTGCACAAGATTTCCCTTGGCGCGCTGGTGCTGGCCCTGGGCTTGCTGGTGGACGACGCGATCATT > NC_002947/1722329‑1722627 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |