| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_002947 | = 1792285 | 76 (0.860) | coding (893/1359 nt) | rseP | regulatory intramembrane protein RIP | |||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GCTGCGGGCCTGAAAACCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA > NC_002947/1792107‑1792404 | gCTGCGGGCCTGAAAACCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGAGCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCg > 2:1284300/1‑150 (MQ=255)gCTGCGGGCCTGAAAACCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCg < 1:922666/150‑1 (MQ=255)gCTGCGGGCCTGAAAACCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATCGTGACTTGGAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGCTGCTAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCg < 1:2387463/150‑1 (MQ=255) gCGGGCCTGAAAACCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTg < 2:1805875/150‑1 (MQ=255) gCGGGCCTGAAAACCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTg < 1:1687702/150‑1 (MQ=255) cGGGCCTGAAAACCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTGa < 1:286531/150‑1 (MQ=255) cTGAAAACCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTGACCTTg > 2:454282/1‑150 (MQ=255) aaaaCCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTGACCTTGGcc > 2:1523864/1‑150 (MQ=255) aaCCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTGACCGTGGCCCg > 1:1165694/1‑150 (MQ=255) gACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTGACCTTGGCCCGCAAgggg < 2:1788627/150‑1 (MQ=255) gACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGAAGTCAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTGACCTTGGCCCGCAAgggg < 1:145639/150‑1 (MQ=255) aaGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAg > 1:1786397/1‑150 (MQ=255) aaGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAg < 2:757885/150‑1 (MQ=255) 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cTGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAggtcaccggcagttccagggcagcgccgtcgcgctccactcgcaccacgaccttggcatccgggcgggcgcgcacgcggtcgactacctgctgccattcggtcactgcc < 2:1256214‑M2/150‑110 (MQ=255) cTGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTcg > 2:1859394/1‑150 (MQ=255) tGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTcgc > 1:1229907/1‑150 (MQ=255) tGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTcgc > 2:1851237/1‑150 (MQ=255) gAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGt > 2:2387532/1‑150 (MQ=255) aCTG‑‑‑‑‑‑‑CCttgccctcccccttgcgggccaaggtcaccggcagttccagggcagcgccgtcgcgctccactcgcaccacgaccttggcatccgggcgggcgcgcacgcggtcgactacctgctgccattcggtcactgccaaatcatccaga < 2:838133‑M1/150‑145 (MQ=255) aCTG‑‑‑‑‑‑‑CCttgccctcccccttgcgggccaaggtcaccggcagttccagggcagagacctcgcgcaccactaaaagcaccaccgtttcatccgggcgggcgcgcacgcggtcgactacctgctgccattcggtcactgccaaatcatccaga > 1:1485102‑M1/1‑6 (MQ=255) aCTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCCGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTAc < 1:25372/150‑1 (MQ=255) g‑‑‑‑‑‑‑CCttgccctcccccttgcgggccaaggtcaccggcagttccagggcagcgccgtcgcgctccactcgcaccacgaccttggcatccgggcgggcgcgcacgcggtcgactacctgctgccattcggtcactgccaaatcatccagagcc > 1:572606‑M1/1‑3 (MQ=255) ccttgccctcccccttgcgggccaaggtcaccggcagttccagggcagcgccgtcgcgctccactcgcaccacgaccttggcatccgggcgggcgcgcacgcggtcgactacctgctgccattcggtcactgccaaatcatccagagcca > 1:50457‑M1/1‑2 (MQ=255) ccGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAggcagttccagggcagcgccgtcgcgctccactcgcaccacgaccttggcatccgggcgggcgcgcacgcggtcga > 1:1854177‑M2/1‑32 (MQ=255) cttgccctcccccttgcgggccaaggtcaccggcagttccagggcagcgccgtcgcgctccactcgcaccacgaccttggcatccgggcgggcgcgcacgcggtcgactacctgctgccattcggtcactgccaaatcatccagagccag > 1:384767‑M1/1‑1 (MQ=255) cttgccctcccccttgcgggccaaggtcaccggcagttccagggcagcgccgtcgcgctccactcgcaccacgaccttggcatccgggcgggcgcgcacgcggtcgactacctgctgccattcggtcactgccaaatcatccagagccag > 1:1303803‑M1/1‑1 (MQ=255) cttgccctcccccttgcgggccaaggtcaccggcagttccagggcagcgccgtcgcgctccactcgcaccacgaccttggcatccgggcgggcgcgcacgcggtcgactacctgctgccattcggtcactgccaaatcatccaga < 1:237502‑M1/145‑145 (MQ=255) cttgccctcccccttgcgggccaaggtcaccggcagttccagggcagcgccgtcgcgctccactcgcaccacgaccttggcatccgggcgggcgcgcacgcggtcgactacctgctgccattcggtcactgccaaatcatccaga > 2:237502‑M1/1‑1 (MQ=255) cttgccctcccccttgcgggccaaggtcaccggcagttccagggcagcgccgtcgcgctccactcgcaccacgaccttggcatccgggcgggcgcgcacgcggtcgactacctgctgccattcggtcactgccaaat < 2:712909‑M1/137‑137 (MQ=255) cttgccctcccccttgcgggccaaggtcaccggcagttccagggcagcgccgtcgcgctccactcgcaccacgaccttggcatccgggcgggcgcgcacgcggtcgactacctgctgccattcggtcactgccaaat > 1:712909‑M1/1‑1 (MQ=255) cttgccctcccccttgcgggccaaggtcaccggcagttccagggcagcgccgtcgcgctccactcgcaccacgaccttggcatccgggcgggcgcgcacgcggtcgactacctgctgccattcgggcactgccaaatcatccagagccag > 2:452224‑M1/1‑1 (MQ=255) | GCTGCGGGCCTGAAAACCGGTGACAAGCTGCTGGCTCTGGATGATTTGGCAGTGACCGAATGGCAGCAGGTAGTCGACCGCGTGCGCGCCCGCCCGGATGCCAAGGTCGTGGTGCGAGTGGAGCGCGACGGCGCTGCCCTGGAACTG‑‑‑‑‑‑‑CCGGTGACCTTGGCCCGCAAGGGGGAGGGCAAGGCAGTCGGTGGCTATCTTGGCGCTGGTGTCAAAGGTGGCGAATGGCCTGCCAACATGCTCCGCGAAATCAGCTACGGCCCGCTGGATGCGGTGGGTGAGAGCTTGTCGCGTACCTGGA > NC_002947/1792107‑1792404 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |