New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 4291194 | 68 (0.730) | 9 (0.100) | 7/234 | NT | 12.5% | coding (1437/3468 nt) | PP_3761 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
? | NC_002947 | = 4291207 | 62 (0.710) | coding (1424/3468 nt) | PP_3761 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GGCGAACTTGACCTGCTCCTCGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGCCTGCAGCTCCAGCTGCGCCTGGCTCAGCTCATCGTTCTTGCGGTCCAGCGCTTCGGTGCGTTCCGACAACTGCTCGTTGGTCTGCTCGAGTTCGGCCTGCTGGGTTTCCAGATGGGCCTGCGACTCCTTGAG > NC_002947/4291047‑4291340 | ggCGAACTTGACCTGCTCCTCGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGg‑tc > 1:1444874/1‑150 (MQ=255) ggCGAACTTGACCTGCTCCTCGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGg‑tc > 2:1705367/1‑150 (MQ=255) cGAACTTGACCTGCTCCTCGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCATAGCGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGg‑tcgt < 1:145516/150‑1 (MQ=255) gAACTTGACCTGCTCCTCGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGg‑tcgtc < 1:1026823/150‑1 (MQ=255) aaCTTGACCTGCTCCTCGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑tcgtcg > 1:841987/1‑150 (MQ=255) cTTGACCTGCTCCTCGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGAGTACGCACACGCAT‑TCTGTTACTGCGGATGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGc > 1:1475081/1‑150 (MQ=255) ttGACCTGCTCCTCGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCa > 1:1260073/1‑150 (MQ=255) ttGACCTGCTCCTCGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCa > 2:2130737/1‑150 (MQ=255) tGACCTGCTCCACGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCAc < 1:2333035/150‑1 (MQ=255) aCCTGCTCCTCGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACgg < 1:1661067/150‑1 (MQ=255) gCTCCTCGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGcct < 1:129422‑M2/150‑4 (MQ=255) ctccgcGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGcctg > 2:2431221‑M2/1‑146 (MQ=255) tcctcGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGTCATGATCATGTGTTTGTTAAGGGGCGTGCGCAG‑GTCAGGTGACATGTTGGCTAGTAATTCGGAGTTATCCTTGCTGTATCGCTGGAGG‑TCGTCGGCACGAGCCTGc < 2:1034575/150‑1 (MQ=255) cctcGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGGcccgtgccgacgacctgca < 1:1412399‑M1/150‑20 (MQ=255) ctcGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGcctgcag < 2:2244421‑M2/150‑8 (MQ=255) ctcGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGcctgcag < 1:2213903‑M2/150‑8 (MQ=255) ctcGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGcctgcag < 2:1848271‑M2/150‑8 (MQ=255) ctcGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGcctgcag < 2:1310601‑M2/150‑8 (MQ=255) 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2:1389466‑M1/135‑21 (MQ=255) cGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGGCGGCACGGGCCTGCAGCTCCAGCTGCGCCTGgctca < 2:1697627/150‑1 (MQ=255) gTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGGCCCGTGCCGACGActgcagcgatcgagcaagtataagtcc > 2:1029474‑M2/1‑123 (MQ=255) ttttCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGCCTGCAGCTCCAGCTGCGCCTGgctcagc < 2:1917207/150‑1 (MQ=255) ttttCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGCCTGCAGCTCCAGCTGCGCCTGgctcagc < 1:2244421/150‑1 (MQ=255) tGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGCCTGCAGCTCCAGCTGCGCCTGGCTCAGCTCATc < 1:2390777/150‑1 (MQ=255) 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ggACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGCCTGCATCTCCAGCTGCGCCTGGCTCAGCTCATCGTTCTTGCGGTCCAGCGCTTCGGTGAGTTCCGACAACTGCTCGTTGGTCTGCTCGAGTTCGGCCTGCTGGGTTTc > 2:1226564/1‑150 (MQ=255) aCTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGcctgcagcgatcgagcaagtataagtccgaattcctcgccaacatgtcccatgagctgcgcacgccgctcaacagctcgctgatcctggccaagctgttggcagaaaacgctgaagg > 1:1029474‑M2/1‑33 (MQ=255) cTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGCCTGCAGCTCCAGCTGCGCCTGGCTCAGCTCATCGTTCTTGCGGTCCAGCGCTTCGGTGCGTTCCGACAACTGCTCGTTGGTCTGCTCGAGTTCGGCCTGCTGGGTTTCCAGATGGGc > 2:337409/1‑150 (MQ=255) gCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGCCTGCAGCTCCAGCTGCGCCTGGCTCAGCTCATCGTTCTTGCGGTCCAGCGCTTCGGTGCGTTCCGACAACTGCTCGTTGGTCTGCTCGAGTTCGGCCTGCTGGGTTTCCAGATGGGCCTg < 2:841987/150‑1 (MQ=255) gCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGCCTGCAGCTCCAGCTGCGCCTGGCTCAGCTCATCGTTCTTGCGGTCCAGCGCTTCGGTGCGTTCCGACAACTGCTCGTTGGTCTGCTCGAGTTCGGCCTGCTGGGTTTCCAGATGGGCCTg > 1:2433106/1‑150 (MQ=255) cTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGCCTGCAGCTCCAGCTGCGCCTGGCTCAGCTCATCGTTCTTGCGGTCCAGCGCTTCGGTGCGTTCCGACAACTGCTCGTTGGTCTGCTCGAGTTCGGCCTGCTGGGTTTCCAGATGGGCCTGc < 2:2433106/150‑1 (MQ=255) gATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGCCTGCAGCTCCAGCTGCGCCTGGCTCAGCTCATCGTTCTTGCGGTCCAGCGCTTCGGTGCGTTCCGACAACTGCTCGTTGGTCTGCTCGAGTTCGGCCTGCTGGGTTTCCAGATGGGCCTGCGAc > 1:2193835/1‑150 (MQ=255) tCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGCCTGCAGCTCCAGCTGCGCCTGGCTCAGCTCATCGTTCTTGCGGTCCAGCGCTTCGGTGCGTTCCGACAACTGCTCGTTGGTCTGCTCGAGTTCGGCCTGCTGGGTTTCCAGATGGGCCTGCGACTc > 2:1342699/1‑150 (MQ=255) cTGCAGGcccgtgccgacgacctgcagcgatcgagcaagtataagtccgaattcctcgccaacatgtcccatgagctgcgcacgccgctcaacagctcgctgatcctggccaagctgttggcagaaaacgctgaaggcaacctcagcgag < 2:2244421‑M1/150‑144 (MQ=255) cTGCAGGcccgtgccgacgacctgcagcgatcgagcaagtataagtccgaattcctcgccaacatgtcccatgagctgcgcacgccgctcaacagctcgctgatcctggccaagctgttggcagaaaacgctgaaggcaacctcagcgag < 1:2213903‑M1/150‑144 (MQ=255) cTGCAGGcccgtgccgacgacctgcagcgatcgagcaagtataagtccgaattcctcgccaacatgtcccatgagctgcgcacgccgctcaacagctcgctgatcctggccaagctgttggcagaaaacgctgaaggcaacctcagcgag < 2:1848271‑M1/150‑144 (MQ=255) cTGCAGGcccgtgccgacgacctgcagcgatcgagcaagtataagtccgaattcctcgccaacatgtcccatgagctgcgcacgccgctcaacagctcgctgatcctggccaagctgttggcagaaaacgctgaaggcaacctcagcgag < 2:1310601‑M1/150‑144 (MQ=255) cTGCAGG‑TTGTCGGCACGGGcctgcagcgatcgagcaagtataagtccgaattcctcgccaacatgtcccatgagctgcgcacgccgctcaacagctcgctgatcctggccaagctgttggcagaaaacgctgaa < 2:1389466‑M2/135‑116 (MQ=255) cTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGcctgcagcgatcgagcaagtataagtccgaattcctcgccaacatgtcccat > 1:1332786‑M2/1‑20 (MQ=255) cTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGcctgcagcgatcgagcaagtataagtccgaattcctcgccaacatgtcccat < 2:1332786‑M2/72‑53 (MQ=255) cTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGCCTGCAGCTCCAGCTGCGCCTGGCTCAGCTCATCGTTCTTGCGGTCCAGCGCTTCGGTGCGTTCCGACAACTGCTCGTTGGTCTGCTCGAGTTCGGCCTGCTGGGTTTCCAGATGGGCCTGCGACTCCtt > 2:1917601/1‑150 (MQ=255) tGCAGG‑TCGTCGGCACGGGcctgcagcgatcgagcaagtataagtccgaattcctcgccaacatgtcccatgagctgcgcacgccgctcaacagctcgctgatcctggccaagctgttggcagaaaacgctgaaggcaacctcagcgagg < 1:1412399‑M2/150‑132 (MQ=255) tGCAGG‑TCGTCGGCACGGGcctgcagcgatcgagcaagtataagtccgaattcctcgccaacatgtcccatgagctgcgcacgccgctcaaca < 1:1205595‑M2/93‑75 (MQ=255) gCAGGcccgtgccgacgacctgcagcgatcgagcaagtataagtccgaattcctcgccaacatgtcccatgagctgcgcacgccgctcaacagctcgctgatcctggccaagctgttggcagaaaacgctgaaggcaacctcagcgagga > 1:400820‑M1/1‑5 (MQ=255) gCAGG‑TCGTCGTCACGGGCCTGCAGCTCCAGCTGCGCCTGGCTCAGCTCATCGTTCTTGCGGTCCAGCGCTTCGGTGCGTTCCGACAACTGCTTGTTGGTCTGCTCGAGTTCGGCCTGCTGGGTTTCCAGATGGGCCTGCGACTCCTTGa < 2:1260073/150‑1 (MQ=255) cAGGcccgtgccgacgacctgcagcgatcgagcaagtataagtccgaattcctcgccaacatgtcccatgagctgcgcacgccgctcaacagctcgctgatcctggccaagctgttggcagaaaacgctgaaggcaacctcagcgcggag > 2:2431221‑M1/1‑4 (MQ=255) aGGcccgtgccgacgacctgcagcgatcgagcaagtataagtccgaattcctcgccaacatgtcccatgagctgcgcacgccgctcaacagctcgctgatcctggccaagctgttggcagaaaacgctgaaggcaacctcagcgaggagc < 1:129422‑M1/150‑148 (MQ=255) | GGCGAACTTGACCTGCTCCTCGCTGAGGTTGCCTTCAGCGTTTTCTGCCAACAGCTTGGCCAGGATCAGCGAGCTGTTGAGCGGCGTGCGCAG‑CTCATGGGACATGTTGGCGAGGAATTCGGACTTATACTTGCTCGATCGCTGCAGG‑TCGTCGGCACGGGCCTGCAGCTCCAGCTGCGCCTGGCTCAGCTCATCGTTCTTGCGGTCCAGCGCTTCGGTGCGTTCCGACAACTGCTCGTTGGTCTGCTCGAGTTCGGCCTGCTGGGTTTCCAGATGGGCCTGCGACTCCTTGAG > NC_002947/4291047‑4291340 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |