| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1799104 | 80 (0.860) | 6 (0.070) | 4/236 | NT | 6.9% | coding (985/1128 nt) | lpxB | lipid‑A‑disaccharide synthase |
| ? | NC_002947 | = 1799128 | 86 (0.980) | coding (1009/1128 nt) | lpxB | lipid‑A‑disaccharide synthase | |||||
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
CCGCCTGGCGCCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATTGGACTGGACTTCAACTTGG > NC_002947/1798980‑1799276 | ccGCCTGGCGCCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTCCCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCc < 2:943626‑M2/150‑2 (MQ=255) cGCCTGGCGCCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTAAGGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCcg < 1:1452740‑M2/150‑3 (MQ=255) cTGGCGCCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCcgctg > 1:1070503‑M2/1‑145 (MQ=255) gcgcCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTg < 1:1414116/150‑1 (MQ=255) gcCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTgcg > 2:640942/1‑150 (MQ=255) gcCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTgcg > 1:1544257/1‑150 (MQ=255) cccTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTgcgc < 1:515394/150‑1 (MQ=255) cTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGa < 1:640942/150‑1 (MQ=255) cTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGa < 1:641423/150‑1 (MQ=255) ccTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCGATACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGaa < 1:1330367/150‑1 (MQ=255) ccTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGaa < 2:995155/150‑1 (MQ=255) ccTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGaa < 2:753838/150‑1 (MQ=255) ttCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGc > 2:233898/1‑150 (MQ=255) ttCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGc < 1:235784/150‑1 (MQ=255) ttCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTACCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGc > 1:388747/1‑150 (MQ=255) tGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCcag > 1:1749603/1‑150 (MQ=255) ggATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCcagc < 2:1164169/150‑1 (MQ=255) gATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCcagca < 1:1795058/150‑1 (MQ=255) ttCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGAAGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGa > 1:2444439/1‑150 (MQ=255) aaGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGaa > 1:335289/1‑150 (MQ=255) aaGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGaa > 2:1404131/1‑150 (MQ=255) gCGTTTGGTGAAAAGCCCTTACGTGACATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGGGATGGAAGCCAGCAGACCGAACg < 2:1189833/150‑1 (MQ=255) tCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCCGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGttt < 1:1099253/150‑1 (MQ=255) 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cccTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCa > 2:359114/1‑150 (MQ=255) ccTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCAc < 1:463001/150‑1 (MQ=255) ccTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCAc < 1:996246/150‑1 (MQ=255) cGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCAc < 1:359114/150‑1 (MQ=255) tgtCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCAccc > 2:252142/1‑150 (MQ=255) 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1:796836/150‑1 (MQ=255) tGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATtgga < 2:823507/150‑1 (MQ=255) tGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATtgga < 1:953447/150‑1 (MQ=255) tGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATtgga > 1:1060860/1‑150 (MQ=255) tGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATtgga < 2:1749603/150‑1 (MQ=255) tGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTAGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATtgga > 1:1440188/1‑150 (MQ=255) gCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATtggact < 2:2444439/150‑1 (MQ=255) cAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCaaa > 2:2071087/1‑141 (MQ=255) cAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCaaa < 1:2071087/141‑1 (MQ=255) aaCACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATc < 2:576148/91‑1 (MQ=255) aaCACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATtggactgga > 1:1050262/1‑150 (MQ=255) aaCACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCCCCAATc > 1:576148/1‑91 (MQ=255) ccTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATTGGACTGGACTTCa > 2:173667/1‑150 (MQ=255) cTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATTCAAATtgga > 1:2239824/1‑139 (MQ=255) cTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATTCAAATtgga < 2:2239824/139‑1 (MQ=255) cTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATTGGACTGGACTTCaa < 1:2170020/150‑1 (MQ=255) tGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATTGGACTGGACTTCAAc > 1:2192131/1‑150 (MQ=255) gcgcCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATtggac > 1:926019/1‑137 (MQ=255) gcgcCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATtggac < 2:926019/137‑1 (MQ=255) gcgcCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATTGGACTGGACTTCAACtt > 2:341464/1‑150 (MQ=255) cgccgcTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATTGGACTGGACTTCAACTTg < 1:418994/150‑1 (MQ=255) gccgcTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATTGGACTGGACTTCAACTTgg > 1:383961/1‑150 (MQ=255) gccgcTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATTGGACTGGACTTCAACTTgg < 2:383961/150‑1 (MQ=255) gccgcTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCT‑‑AATCAACTTCAAACGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCCAGGACCGCTGACATGCAAATTGGACTGGACTTCAACTTgg > 1:1615088/1‑150 (MQ=255) | CCGCCTGGCGCCCTTGACCTTCTGGATTCTCAAGCGTCTGGTGAAAAGCCCTTACGTGTCATTGCCGAACCTGCTGGCCCAGCGAGAGCTGGTGCCCGAGTTGCTGCAGGACGACGCTACCAGCGAAGCGCTGGCCAACACCCTGGCGCCGCTGGTGCGCGATGGAAGCCAGCAGACCGAACGTTTCGACGAAATTCACCGCACCCTGCGCCGTGACGCCTCCAATCA‑‑GGCGGCCGAGGCGGTACTGGCCCTGCTCAAGGACCGCTGACATGCAAATTGGACTGGACTTCAACTTGG > NC_002947/1798980‑1799276 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |