New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 660887 | 27 (0.620) | 4 (0.100) | 4/236 | NT | 11.4% | intergenic (+16/‑151) | speA/PP_0568 | biosynthetic arginine decarboxylase/hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 660913 | 37 (0.920) | intergenic (+42/‑125) | speA/PP_0568 | biosynthetic arginine decarboxylase/hypothetical protein |
ACCTGTCGCCGGAAGAGTTGATGACGCATTACCGCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGG > NC_002947/660738‑661032 | aCCTGTCGCCGGAAGAGTTGATGACGCATTACCGCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCC > 1:226064‑M1/1‑150 (MQ=255) gagTTGATGACGCATTACCGCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTCAGAGGCCCCTGAATCTGGATGCCATGATCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCtgtg < 1:356471/150‑1 (MQ=255) cGCATTACCGCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCcacaaaaggcagcacaggcttttg > 1:33221‑M1/1‑126 (MQ=255) gCATTACCGCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCGTTCAAAAGCGTGTGCTGCGTTTtgt > 1:231459/1‑150 (MQ=255) gaTTACCGCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCAATGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTtgtg < 2:181843/149‑1 (MQ=255) cgACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGggagcggc > 2:251290‑M2/1‑142 (MQ=255) aaGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCcacaaaaggcagcacaggcttttgcaggagcggccccg < 2:33221‑M1/150‑39 (MQ=255) aaGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTg > 2:1129502/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCC > 1:457556‑M1/1‑104 (MQ=255) cAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCC < 2:457556‑M1/104‑1 (MQ=255) gcgcCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGata < 2:355330/150‑1 (MQ=255) aGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAggg < 1:1042840/150‑1 (MQ=255) tGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGcc > 2:253905/1‑150 (MQ=255) gcgTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCTTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTc > 1:802427/1‑150 (MQ=255) aCCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCtgt > 1:506713/1‑89 (MQ=255) aCCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCtgt < 2:506713/89‑1 (MQ=255) aCCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGGGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTca > 1:229303/1‑150 (MQ=255) ccAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCcacaaaaggcagcacaggcttttgcagga > 1:613689‑M1/1‑74 (MQ=255) ccAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCcacaaaaggcagcacaggcttttgcagga < 2:613689‑M1/103‑30 (MQ=255) tATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCg < 2:921986/150‑1 (MQ=255) ccTTGCTCCTGGCCTTGACCCCGCCCTCCCAACCGTTGTCATAATTGTCGTGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATCTGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATcc < 2:738051/150‑1 (MQ=255) cTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCg > 2:764047/1‑150 (MQ=255) ttGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCgg > 2:1078667/1‑150 (MQ=255) ttGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATc < 1:344735/150‑1 (MQ=255) gTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGGCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAAt < 1:672898/150‑1 (MQ=255) ttCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGcc < 1:253905/150‑1 (MQ=255) tGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGGGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCtt < 2:229303/150‑1 (MQ=255) tcgtcgTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATCTGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGACCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTg > 2:176203/1‑150 (MQ=255) tcgtcgTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTg > 1:640866/1‑150 (MQ=255) gtcgtAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGaa < 1:164087/150‑1 (MQ=255) aaTTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCaa < 2:226064/150‑1 (MQ=255) aaTTGACGCGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGTGAGCCGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCCGCGTCACAACCCGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCaa < 2:539663/150‑1 (MQ=255) ttGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCTCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATg < 1:1019489/150‑1 (MQ=255) ttGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATg < 1:1129502/150‑1 (MQ=255) cGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGggagcggccccgtcaattacgacgacaggtacgaagaccgggtcaagcccaggcgcaaggcatccagatactgggtccgctcacgcgcagtgatcttggcgctggcaacctt < 2:33221‑M2/150‑113 (MQ=255) gggCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCaaa < 1:969381/150‑1 (MQ=255) gCCGCTCCcacaaaaggcagcacaggcttttgcaggagcggccccgtcaattacgacgacaggtacgaagaccgggtcaagcccaggcgcaaggcatccagatactgggtccgctcacgcgcagtgatcttggcgctggcaaccttgtcg > 2:251290‑M1/1‑8 (MQ=255) gCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAaggagg < 1:764047/150‑1 (MQ=255) tCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGggagcggccccgtcaattacgacgacaggtacgaagaccgggtcaagcccaggcgcaaggcatccagatactgg < 2:613689‑M2/103‑75 (MQ=255) tCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGggagcggccccgtcaattacgacgacaggtacgaagaccgggtcaagcccaggcgcaaggcatccagatactgg > 1:613689‑M2/1‑29 (MQ=255) cTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTg < 1:254032/98‑1 (MQ=255) cTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTg > 2:254032/1‑98 (MQ=255) | ACCTGTCGCCGGAAGAGTTGATGACGCATTACCGCGACAAGGTTGCCAGCGCCAAGATCACTGCGCGTGAGCGGACCCAGTATCTGGATGCCTTGCGCCTGGGCTTGACCCGGTCTTCGTACCTGTCGTCGTAATTGACGGGGCCGCTCCTGCAAAAGCCTGTGCTGCCTTTTGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATATGAGGGCGAAGCCCTCACCAGCGTCACAACCGGTAAATATCCGGCCCTGGTCCATCGCACCAATGCCGCTACCTTTGAATGCAATGTTCAAAGGAGG > NC_002947/660738‑661032 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |