New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1690686 | 39 (0.900) | 3 (0.070) | 3/238 | NT | 7.5% | coding (187/1146 nt) | ydcS | polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine‑binding protein |
? | NC_002947 | = 1690692 | 38 (0.940) | coding (181/1146 nt) | ydcS | polyamine ABC transporter, periplasmic polyamine‑binding protein |
TGTTGATCGGCTGTACGCGCTTGCCTGCAATCAGCCGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGCCGTCCCCCAGGGCCTTGAGCGTTTCGGCGGCCTGCAGGCTGGCGCCGGCCAGCATG > NC_002947/1690539‑1690834 | tgtTGATCGGCTGTACGCGCTTGCCTGCAATCAGCCGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCt > 2:759931/1‑150 (MQ=255) tGATCGGCTGTACGCGCTTGCCTGCAATCAGCCGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCtttt < 1:1022773/150‑1 (MQ=255) tGATCGGCTGTACGCGCTTGCCTGCAATCAGCCGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCtttt < 2:62973/150‑1 (MQ=255) gATCGGCTGTACGCGCTTGCCTGCAATCAGCCGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTc < 1:750174/150‑1 (MQ=255) gTACGCGCTTGCCTGCAATCAGCCGCAGCGATGCATCCCGCTAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCgaaaccgg > 1:850977‑M2/1‑142 (MQ=255) tACGCGCTTGCCTGCAATCAGCCGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGt > 1:760633/1‑150 (MQ=255) cTGCAATCAGCCGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCCTCAGGC‑G‑CAACCTCCACCCAAATCCCGAGCCTGTGGTCACGCTGCCCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGCAACAGATCACCCAATCGt > 1:252776/1‑150 (MQ=255) cTGCAATCAGCCGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGCAACCGATCACCCAATCGt > 2:960371/1‑150 (MQ=255) cTGCAATCAGCCGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGt > 2:988081/1‑150 (MQ=255) cTGCAATCAGCCGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGt < 1:759931/150‑1 (MQ=255) tGCAATCAGCCGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTa > 2:787529/1‑150 (MQ=255) gCAATCAGCCGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAg < 2:99933/150‑1 (MQ=255) aTCAGCCGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCGAAAAGgaaaccggctgcaaggtcagcgtga > 1:649160‑M2/1‑125 (MQ=255) ccGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTc < 2:1128639/150‑1 (MQ=255) gCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGc > 1:798820/1‑150 (MQ=255) tCGCCCGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGt > 1:168469/1‑150 (MQ=255) ccGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGa < 2:981157/150‑1 (MQ=255) gCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTaa < 2:798820/150‑1 (MQ=255) cAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGCTGTAACCGGGCCa > 1:613734/1‑150 (MQ=255) aGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCAGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAg > 1:839648/1‑150 (MQ=255) gTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGc > 1:783892/1‑150 (MQ=255) ccgccCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGc > 1:26516/1‑104 (MQ=255) ccgccCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGc < 2:26516/104‑1 (MQ=255) gccCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTc < 1:236306/150‑1 (MQ=255) cccTTGGTCATACAGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTcc < 1:499568/150‑1 (MQ=255) tcatcaGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCGGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTTGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑Gcc > 2:1091831/1‑150 (MQ=255) tcaGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTGACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCt > 1:125414/1‑150 (MQ=255) ggCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGc < 1:196619/150‑1 (MQ=255) tGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGCCGt > 1:288315/1‑150 (MQ=255) ccATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGCCGTccc > 1:979315/1‑150 (MQ=255) cATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGCCGTcccc < 1:787529/150‑1 (MQ=255) gTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGCCGt > 1:1017114/1‑140 (MQ=255) gTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGCCGt < 2:1017114/140‑1 (MQ=255) gTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGCCGTCCCCCAGGGc > 1:306276/1‑150 (MQ=255) tCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGCCGTCCCCCAGGGcc > 1:453909/1‑150 (MQ=255) gAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACACAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCCAGCCCAGACGTGCAGGC‑GGCCCTCGCCGTCCCCCAGGGCCTTg > 2:365952/1‑150 (MQ=255) gcg‑gcC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGCCGTCCCCCAGGGCCTTGAGCGtt > 1:402209/1‑150 (MQ=255) cc‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCgaaaaggaaaccggc < 2:736501‑M1/46‑16 (MQ=255) cc‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCgaaaaggaaaccggc > 1:736501‑M1/1‑31 (MQ=255) cc‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTCGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGCCGTCCCCCAGGGCCTTGAGCGTTTcgg < 2:564311/150‑1 (MQ=255) tCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCcttttcgaaaccggctgcaaggtcagcgtgaaaacggccgccacctcggacgagatggtcagcctgatgaccaagggcggctatgacctggtcaccgcctcgggcgatgcatcgctgcggctgat > 1:649160‑M1/1‑25 (MQ=255) gCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTAGACTGATTTGGGCCAGGCGACGATGAACAGACAGAGCCT‑GCCGGCCCCCATGGCCTTGAGCGTTTCGGCGGCCTGCAg > 1:1097139/1‑150 (MQ=255) tGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGTCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGCCGTCCCCCAGGGCCTTGAGCGTTTCGGCGGCCTGCAGGc > 2:378974/1‑150 (MQ=255) gACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGCCGTCCCCCAGGGCCTTGAGCGTTTCGGCGGCCTGCAGGCt < 1:964543/150‑1 (MQ=255) aCCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGCCGTCCCCCAGGGCCTTGAGCGTTTCGGCGGCCTGCAGGCTg < 2:252776/150‑1 (MQ=255) ccTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGCCGTCCCCCAGGGCCTTGAGCGTTTCGGCGGCCTGCAGGCTgg > 1:315064/1‑150 (MQ=255) gCCGGTTTCCTTTTCgaaaccggctgcaaggtcagcgtgaaaacgg < 2:736501‑M2/46‑32 (MQ=255) gCCGGTTTCCTTTTCgaaaccggctgcaaggtcagcgtgaaaacgg > 1:736501‑M2/1‑15 (MQ=255) ccGGTTTCgaaaaggaaaccggctgcaaggtcagcgtgaaaacggccgccacctcggacgagatggtcagcctgatgaccaagggcggctatgacctggtcaccgcctagcgggatgcatcgctgcggctgattgcaggcaagcgcgtac > 1:850977‑M1/1‑8 (MQ=255) ccGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGCCGTCCCCCAGGGCCTTGAGCGTTTCGGCGGCCTGCAGGCTGGCGCCGGcc > 1:883555/1‑150 (MQ=255) tCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTGACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGCCGTCCCCCAGGGCCTTGAGCGTTTCGGCGGCCTGCAGGCTGGCGCCGGCCAGCATg < 2:125414/150‑1 (MQ=255) | TGTTGATCGGCTGTACGCGCTTGCCTGCAATCAGCCGCAGCGATGCATCGCCCGAGGCGGTGACCAGGTCATAGCCGCCCTTGGTCATCAGGCTGACCATCTCGTCCGAGGTGGCG‑GCC‑GTTTTCACGCTGACCTTGCAGCCGGTTTCCTTTTCGAAACCGGTCACCCAATCGTAGGCCTTGTCGCTTTCACCGCGTTCGATGTAACCGGGCCAGGCGACGATGTCCAGGC‑GCCCCTCGCCGTCCCCCAGGGCCTTGAGCGTTTCGGCGGCCTGCAGGCTGGCGCCGGCCAGCATG > NC_002947/1690539‑1690834 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |