| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5350530 | 29 (0.670) | 7 (0.170) | 6/242 | NT | 17.8% | intergenic (+19/+63) | PP_4704/PP_4705 | hypothetical protein/glyoxalase |
| ? | NC_002947 | = 5350559 | 37 (0.900) | intergenic (+48/+34) | PP_4704/PP_4705 | hypothetical protein/glyoxalase | |||||
GCATCAAGGACTATCTGGTCGACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGAAGCTGCGT > NC_002947/5350384‑5350677 | gcaTCAAGGACTATCTGGTCGACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGcccc < 1:326064/150‑1 (MQ=255) tCTGGTCGACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACGGGCC‑Tgcgc > 2:202865/1‑150 (MQ=255) tCTGGTCGACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑Tgcgc > 1:322790/1‑150 (MQ=255) ggTCGACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACt > 1:709816/1‑150 (MQ=255) aCAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGACAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCtg > 1:922641/1‑150 (MQ=255) cAAGTTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAgc > 2:409672‑M2/1‑148 (MQ=255) cAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTgg < 2:959773/146‑1 (MQ=255) cAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTgg > 1:959773/1‑146 (MQ=255) aGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCtcccacaggtagtgcgcaggcctgtgggggcgg < 2:112852‑M1/150‑34 (MQ=255) aGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAgcgg > 1:728645‑M2/1‑146 (MQ=255) aaGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGc < 1:363558/150‑1 (MQ=255) gtgtACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGAAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAgg > 1:134773/1‑150 (MQ=255) ttCATCGATACCAGCCTAGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTCGCAGGCCCACCCCCACAAGCC‑TGCGCACTACCTGTTGGAGCCGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCa > 2:56610/1‑150 (MQ=255) cATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCACGCCCGCtcccacaggtagtgcgcaggcctgtgggggcgg > 2:610649‑M1/1‑92 (MQ=255) cATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCACGCCCGCtcccacaggtagtgcgcaggcctgtgggggcgg < 1:610649‑M1/125‑34 (MQ=255) cGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCGCCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGAG‑GGTGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGc < 1:202865/150‑1 (MQ=39) gATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCTCCCACAGGTAGTGCGCAGG‑CCTGTGGGGgcgggcctgccagaggggattactcg > 2:928907‑M2/1‑117 (MQ=255) gATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCTCCCACAGGTAGTGCGCAGG‑CCTGTGGGGgcgggcctgccagaggggattactcg < 1:928907‑M2/143‑27 (MQ=255) aGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAaac < 1:873472/150‑1 (MQ=255) ccTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGAAGCGGGCGTGCGCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTGCAaacca > 2:850224/1‑150 (MQ=255) gggCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCg > 1:547653/1‑150 (MQ=255) gCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCtcccacaggtagtgcgcaggcctgtgggggc > 2:208915‑M1/1‑74 (MQ=255) gCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCtcccacaggtagtgcgcaggcctgtgggggc < 1:208915‑M1/105‑32 (MQ=255) cTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGCAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGcccc > 1:286280/1‑150 (MQ=255) ccGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGt < 2:86674/150‑1 (MQ=255) tgACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGc > 2:839953/1‑150 (MQ=255) aTGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAAc < 2:990425/150‑1 (MQ=255) cACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCtt < 2:322790/150‑1 (MQ=255) cACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCtt < 1:839953/150‑1 (MQ=255) cTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCAATCCCTGTGGGAGCGGGCGTGGCCGTGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGtt > 1:690085/1‑150 (MQ=255) cGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCccccacaggcctgcgcactacctgtgggagcgggcctgccagaggggattactcggcatccaggtgcatcggtgtcaccacccggccatcgctttgaggctgccccaggctggtatc < 1:928907‑M1/143‑118 (MQ=255) cGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCccccacaggcctgcgcactacctgtgggagcgggcctgccagaggggattactcggcatccaggtgcatcggtgtcaccacccggccatcgctttgaggctgccccaggctggtatc > 2:928907‑M1/1‑26 (MQ=255) tCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCcag > 1:670022/1‑150 (MQ=255) tCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCcag < 2:558408/150‑1 (MQ=255) cccTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAagag < 2:137331/66‑1 (MQ=255) cccTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAagag > 1:137331/1‑66 (MQ=255) ccTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAAc > 1:1020503/1‑126 (MQ=255) ccTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAAc < 2:1020503/126‑1 (MQ=255) ccTCTGGCAGGCCCACCCCCACCGACC‑TGCGCACTACCTGTTGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCcagcag > 2:680984/1‑150 (MQ=255) tctGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGt < 2:547653/150‑1 (MQ=255) gCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑CGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGaa < 2:690085/150‑1 (MQ=255) ccgcccCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAgcgggcgtgccagaggggattactcggcatccaggtgcatcggtgtcaccacccggccatcgctttgaggctgccccaggctggtatcgatg > 2:610649‑M2/1‑33 (MQ=255) ccgcccCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAgcgggcgtgccagaggggattactcggcatccaggtgcatcggtgtcaccacccggccatcgctttgaggctgccccaggctggtatcgatg < 1:610649‑M2/125‑93 (MQ=255) ccgcccCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAgcgggcctgccagaggggattactcggcatccaggtgcatcggtgtcaccacccggccatcgctttgaggctgccccaggctggtatcgatgaagtacacccggtcgtcttccagct < 2:112852‑M2/150‑118 (MQ=255) ccgcccCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGt < 1:708929/140‑1 (MQ=255) ccgcccCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGt > 2:708929/1‑140 (MQ=255) ccGCtcccacaggtagtgcgcaggcctgtgggggcgggcctgccagaggggattactcggcatccaggtgcatcggtgtcaccacccggccatcgctttgaggctgccccaggctggtatcgatgaagtacacccggtcgtcttccagct > 1:728645‑M1/1‑4 (MQ=255) gcccCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAgcgggcctgccagaggggattactcggcatccaggtgcatcggtgtcaccacccggccatcgctttgaggctgc > 2:208915‑M2/1‑31 (MQ=255) gcccCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAgcgggcctgccagaggggattactcggcatccaggtgcatcggtgtcaccacccggccatcgctttgaggctgc < 1:208915‑M2/105‑75 (MQ=255) gCtcccacaggtagtgcgcaggcctgtgggggcgggcctgccagaggggattactcggcatccaggtgcatcggtgtcaccacccggccatcgctttgaggctgccccaggctggtatcgatgaagtacacccggtcgtcttccaacttg > 2:409672‑M1/1‑2 (MQ=255) | GCATCAAGGACTATCTGGTCGACAAGGGCAAGCTGGAAGACGACCGGGTGTACTTCATCGATACCAGCCTGGGGCAGCCTCAAAGCGATGGCCGGGTGGTGACACCGATGCACCTGGATGCCGAGTAATCCCCTCTGGCAGGCCCGCCCCCACAGGCC‑TGCGCACTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCAGCACGGGCTTCAAACCAACCGCTGCCCCGACACCGCCGGGTGATACAGCGGTTGAACCTTGTTCCCGGCCGGGTCCAGCAGGTGGAAGCTGCGT > NC_002947/5350384‑5350677 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |