| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1578527 | 22 (0.510) | 3 (0.070) | 3/244 | NT | 12.0% | coding (2912/3153 nt) | ttgB | efflux pump membrane protein TtgB |
| ? | NC_002947 | = 1578551 | 23 (0.550) | coding (2888/3153 nt) | ttgB | efflux pump membrane protein TtgB | |||||
GATCATGCCGCCGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTCGCCGCAAGACCGATGGTGGTCAACAGGCCAACCAGGAAGTACACGTCGTTGGACA > NC_002947/1578412‑1578683 | gATCATGCCGCCGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGc > 2:266904/1‑150 (MQ=255) aTCATGCCGCCGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGTTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTCCCACTGTCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGcg > 1:88747/1‑150 (MQ=255) gccgccGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTa > 2:216629/1‑150 (MQ=255) ccgATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAgg > 2:964569/1‑150 (MQ=255) gCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCCTACAGGCTGCGGcc > 2:236124/1‑150 (MQ=255) gTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGt < 1:964569/150‑1 (MQ=255) tACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACAGTACCCCGCACAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGAAGCATGCGGCACGCCTCCATCGCTGCATCGTAGCGGCTGCGGCCTTGtt > 1:446249/1‑150 (MQ=255) tGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCa > 1:683903/1‑150 (MQ=255) tggctgCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTg < 2:683903/150‑1 (MQ=255) gccggcgccgCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCAc < 1:626952/150‑1 (MQ=255) cggcgccgCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGa < 2:39596/150‑1 (MQ=255) tCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGACAGGATGATCGGGCGCAGACGCAGGCGGCACGCCTCGATCGCTGGGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTcg > 2:489945/1‑150 (MQ=255) gATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTCGCCGCAAGACCGATggtggt < 1:266904/150‑1 (MQ=255) gAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGc > 2:955943/1‑91 (MQ=255) gAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGc < 1:955943/91‑1 (MQ=255) aGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGAAGCATGCGGCACGCCTCGAGCGCAGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTCGCCGCAAGACCGATGGTGGTCAACAGGCCa > 2:291185/1‑150 (MQ=255) cATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGCCACCGATCTGTTGCTTGGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTCGCCGCAAGACCGATGGTGGTCAACAGGCCAACCAGGaa < 2:88747/150‑1 (MQ=255) gatgatCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTcgatcatcatgacctcgctggcgttcatcctgggcgtggtaccgttgaccatcgccagcggcgccggcgccggcagccagcacgccatcggtactggcgtgatcggcggcatgatcag < 1:661038‑M2/150‑119 (MQ=255) cGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTCGCCGCAAGACCGATGGTGGTCAACAGGCCAACCAGGAAGTACAcgtc < 1:216629/150‑1 (MQ=255) gcgcAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTCGCCGCAAGACCGATGGTGGTCAACAGGCCAACCAGGAAGTACACGTCGtt > 1:489536/1‑150 (MQ=255) aGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCG‑TTTTCGCCGCAAGACCGATGGTGGTCAACAGGCCAACCAGGAAGTACACGTCGTTGGACa > 1:115398/1‑150 (MQ=255) aTGCGGCACGCCTcgatcatcatgacctcgctggcgttcatcctgggcgtggtaccgt > 2:1000471‑M2/1‑13 (MQ=255) aTGCGGCACGCCTcgatcatcatgacctcgctggcgttcatcctgggcgtggtaccgt < 1:1000471‑M2/58‑46 (MQ=255) aTGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTCGCCGCAAGACCGATGGTGGTCAACAGGCCaa < 2:469251/121‑1 (MQ=255) aTGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTCGCCGCAAGACCGATGGTGGTCAACAGGCCaa > 1:469251/1‑121 (MQ=255) ggCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTcgcc < 2:1071654/89‑1 (MQ=255) ggCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTcgcc > 1:1071654/1‑89 (MQ=255) | GATCATGCCGCCGATCACGCCAGTACCGATGGCGTGCTGGCTGCCGGCGCCGGCGCCGCTGGCGATGGTCAACGGTACCACGCCCAGGATGAACGCCAGCGAGGTCATGATGATCGGGCGCAGACGCATGCGGCACGCCTCGATCGCTGCGTCGTACAGGCTGCGGCCTTGTTCGTGCAGCTCCTTGGCGAATTCCACGATCAGAATGGCGTTTTTCGCCGCAAGACCGATGGTGGTCAACAGGCCAACCAGGAAGTACACGTCGTTGGACA > NC_002947/1578412‑1578683 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |