New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 219916 = | 55 (1.120) | 3 (0.060) | 3/242 | NT | 5.1% | coding (25422/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
? | NC_002947 | 219947 = | 58 (1.220) | coding (25453/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
GCCGGCAAGCCACAGACCAATATCGACCCGTCCGATTTGGCCAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAAT > NC_002947/219767‑220060 | gCCGGCAAGCCACAGACCAATATCGACCCGTCCGATTTGGCCAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTgtc < 1:1092035/150‑1 (MQ=255) ccACAGACCAATATCGACCCGTCCGATTTGGCCAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAg < 1:148067/150‑1 (MQ=255) gACCAATATCGACCCGTCCGATTTGGCCAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTa > 1:401045/1‑150 (MQ=255) cAATATCGACCCGTCCGATTTGGCCAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCa > 2:55028/1‑150 (MQ=255) aaTATCGACCCGTCCGATTTGGCCAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAgg < 1:53757/142‑1 (MQ=255) aaTATCGAACCGTCCGATTTGGCCAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAgg > 2:53757/1‑142 (MQ=255) gACCCGTCCGATTTGGCCAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTg > 1:861711/1‑150 (MQ=255) ccGTCCGATTTGGCCAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAg > 1:1151047/1‑150 (MQ=255) cGTCCGATTTGGCCAAGGCGATTCTCGGTCCCTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGa < 2:734927/150‑1 (MQ=255) gATTTGGCCAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGacgtac < 1:71329/150‑1 (MQ=255) ttgccgtccttggcaccggagatatcgaactcggtgtagtgctcggtgatgtactggtgaacattgctggtagtgacagcaccgacttcaacaccgctcttctgtgcaacgtaCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGtt > 2:1044065‑M1/114‑150 (MQ=255) ccAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCAAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGCACGTCGcac > 1:36066/1‑150 (MQ=255) aaGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCa < 1:1269439/125‑1 (MQ=255) aaGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCa > 2:1269439/1‑125 (MQ=255) aTTCTCGGCCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAATGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACagaa > 2:539981/1‑146 (MQ=255) aTTCTCGGCCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAATGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACagaa < 1:539981/146‑1 (MQ=255) tcGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGgtg < 1:772969/150‑1 (MQ=255) tCCGACGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTc < 1:55028/150‑1 (MQ=255) tCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTc > 1:954745/1‑150 (MQ=255) tCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTc > 2:798566/1‑150 (MQ=255) tCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTc > 1:768148/1‑150 (MQ=255) aaGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTg < 1:798566/150‑1 (MQ=255) tcggtgtagtgctcggtgatgtactggtgaacattgctggtagtgacagcaccgacttcaacaccgctcttctgtgcaacgtaCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGacgtac > 1:811126‑M1/84‑117 (MQ=255) tcggtgtagtgctcggtgatgtactggtgaacattgctggtagtgacagcaccgacttcaacaccgctcttctgtgcaacgtaCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGacgtac < 2:811126‑M1/34‑1 (MQ=255) cAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTAAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCTGTGCTg > 1:93966/1‑150 (MQ=255) aaCGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGCGCGgtg > 2:1037583/1‑134 (MQ=255) aaCGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGgtg < 1:1037583/134‑1 (MQ=255) cAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCa < 1:573019/150‑1 (MQ=255) gACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGTGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGtt < 1:475922/150‑1 (MQ=255) acCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGc < 1:515735/128‑1 (MQ=255) acCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGc > 2:515735/1‑128 (MQ=255) cATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCa < 1:550731/150‑1 (MQ=255) aTTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCa > 2:261025/1‑149 (MQ=255) aTTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCa < 1:261025/149‑1 (MQ=255) gtgaacattgctggtagtgacagcaccgacttcaacaccgctcttctgtgcaacgtac > 1:59190‑M1/58‑58 (MQ=255) gtgaacattgctggtagtgacagcaccgacttcaacaccgctcttctgtgcaacgtac < 2:59190‑M1/1‑1 (MQ=255) gTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGaa > 2:865385/1‑110 (MQ=255) gTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGaa < 1:865385/110‑1 (MQ=255) tGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCAc > 1:1233454/1‑150 (MQ=255) gTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCa > 2:1154327/1‑120 (MQ=255) gTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCa < 1:1154327/120‑1 (MQ=255) tAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGcc > 1:1132941/1‑70 (MQ=255) tAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGcc < 2:1132941/70‑1 (MQ=255) aaCGACGTCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAAGGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTac > 2:392304/1‑150 (MQ=255) atcatcTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGGCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAg > 1:1040491/1‑150 (MQ=255) catcTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGtt > 2:694735/1‑150 (MQ=255) tCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGata > 2:576250/1‑150 (MQ=255) cTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGt > 1:133310/1‑150 (MQ=255) aTCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCAc < 1:284669/105‑1 (MQ=255) aTCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCAc > 2:284669/1‑105 (MQ=255) cACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGtt < 1:1088637/52‑1 (MQ=255) cACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGtt > 2:1088637/1‑52 (MQ=255) cccTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAgg > 2:1005844/1‑150 (MQ=255) ccTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGa > 2:1271660/1‑150 (MQ=255) ccTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGa < 1:1140096/150‑1 (MQ=255) ccTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGa < 1:576250/150‑1 (MQ=255) ccTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGa < 1:1271660/150‑1 (MQ=255) cTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGAc > 2:135383/1‑150 (MQ=255) cTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGAc > 2:208490/1‑150 (MQ=255) tCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACg < 2:36066/150‑1 (MQ=255) cAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACgg < 1:142420/150‑1 (MQ=255) ggTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAAt < 2:861711/150‑1 (MQ=255) | GCCGGCAAGCCACAGACCAATATCGACCCGTCCGATTTGGCCAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAAT > NC_002947/219767‑220060 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |