| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_002947 | = 6019356 | 59 (1.470) | intergenic (‑101/+44) | dadX/dadA‑II | alanine racemase/D‑amino acid:quinone oxidoreductase | |||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
CGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAG > NC_002947/6019184‑6019474 | cGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGAGGGCTTGCCCGCTCCCCCAGGTCGTGct < 2:660202/150‑2 (MQ=255) gTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCt < 1:1122441/150‑1 (MQ=255) ggCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCaaaa < 1:401955/150‑1 (MQ=255) 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1:39464‑M2/125‑83 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACgg > 1:818522/1‑150 (MQ=255) gCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGga > 2:409594/1‑150 (MQ=255) cTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTGAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGAGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGgag < 2:73374/150‑1 (MQ=255) tCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGgaga < 1:1008342/150‑1 (MQ=255) ccccaCAGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatcgacctccaggccctgc < 1:211497‑M1/149‑142 (MQ=255) cccACAGGTCGGGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGGGGGAGCGGGCATGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGat < 2:65093/150‑1 (MQ=255) ccACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgat < 1:1256771‑M2/131‑95 (MQ=255) ccACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTa < 1:1148638/83‑1 (MQ=255) ccACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTa > 2:1148638/1‑83 (MQ=255) cacaGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacacgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctcatccacacccaggccctgcgcc > 2:163008‑M1/1‑6 (MQ=255) cacaGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacct < 2:106630‑M1/39‑34 (MQ=255) cacaGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacct > 1:106630‑M1/1‑6 (MQ=255) acaGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatcgacctccaggccctgcgcca > 2:541278‑M1/1‑5 (MQ=255) acaGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatcgacctccaggccctgcgcca > 2:1269201‑M1/1‑5 (MQ=255) acaGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatc < 2:824960‑M1/130‑126 (MQ=255) acaGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatc > 1:824960‑M1/1‑5 (MQ=255) acaGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCACGAAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTAGTGCTGGTGAGCCGGCGCGATTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGgagtgatg > 1:10803/1‑145 (MQ=255) aGGaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagcctctatgcgtcccgcccgcgccctgatcgacctccaggccctgcgccaca > 2:1076839‑M1/1‑3 (MQ=255) aGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtg < 2:106630‑M2/39‑7 (MQ=255) aGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTcctgtg > 1:106630‑M2/1‑33 (MQ=255) ggaacaccaccgcttttgaaagctgtgcacgacctgtgggagcgggcaagcccgcgaataatccaccaccgatttcaacccgaaccaccataaggcagccgctatgcgtcccgcccgcgccctgatcgacctccaggccctgcgccacaa < 1:541278‑M1/150‑149 (MQ=255) ggTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAg < 1:215792/150‑1 (MQ=255) gTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAAt > 2:477155/1‑58 (MQ=255) gTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAAt < 1:477155/58‑1 (MQ=255) | CGTCAGTTCACGGGCCAGACGGTAGTTGTGGCGCAGGGCCTGGAGGTCGATCAGGGCGCGGGCGGGACGCATAGCGGCTGCCTTATGGTGGTTCGGGTTGAAATCGGTGGTGGATTATTCGCGGGCTTGCCCGCTCCCACAGGTCGTGCACAGCTTTCAAAAGCGGTGGTGTTCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCAAATGGGCCGGCACAGGCTGTTACTGCTGGTGAGCCGGCGCGCTTTGCCCGTGCTTGGCCACTTCCCGGCTATTGCCATAACGGGAGATATCCAG > NC_002947/6019184‑6019474 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |