New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1096700 | 52 (1.060) | 4 (0.080) | 4/240 | NT | 7.3% | coding (267/726 nt) | lptB | ABC transporter ATP‑binding protein |
? | NC_002947 | = 1096707 | 51 (1.080) | coding (260/726 nt) | lptB | ABC transporter ATP‑binding protein |
CCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGT > NC_002947/1096563‑1096854 | ccGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGcttcc < 1:676640‑M2/150‑6 (MQ=255) cGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCt > 1:770908/1‑150 (MQ=255) aGGTTGTCCCGGCTGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTGGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGc > 2:422175/1‑150 (MQ=255) tCCTGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGAGGTCTTCCCGATCGAGGTCGTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAgg > 1:158005/1‑150 (MQ=255) ccGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTa > 2:751581/1‑150 (MQ=255) gCTGATGTGTAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTcc > 2:97420/1‑150 (MQ=255) gCTGATGTGTAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTcc > 2:97426/1‑150 (MQ=255) tgGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACgg > 1:778075/1‑150 (MQ=255) gAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGCCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTTCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGgc < 2:505374/150‑1 (MQ=255) tCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCAGTAGG‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCgg > 1:402874/1‑150 (MQ=255) tGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCg > 2:413106/1‑150 (MQ=255) ggCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATgg > 2:29744/1‑150 (MQ=255) tttCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGTCGATTCCGGGAAGTGCGCGGCCGTGCAGGGGCt > 1:283328/1‑150 (MQ=255) tttCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGGGCGGCCGTGCATGGGcg > 1:472063/1‑149 (MQ=255) tttCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCt > 1:497376/1‑150 (MQ=255) ccAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCtggt < 1:413106/150‑1 (MQ=255) ccAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCtggt < 2:676640/150‑1 (MQ=255) gCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGc > 2:1085561/1‑150 (MQ=255) tttGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGAc > 1:242117/1‑150 (MQ=255) tttGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGAc > 2:829775/1‑150 (MQ=255) gcggcCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAg < 1:29744/150‑1 (MQ=255) cggcCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAgg < 2:497376/150‑1 (MQ=255) gcCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGc < 2:568849/137‑1 (MQ=255) gcCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGc > 1:568849/1‑137 (MQ=255) cGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGt < 1:422175/150‑1 (MQ=255) gATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCa > 1:172872/1‑150 (MQ=255) gAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCtggt < 1:1017451/122‑1 (MQ=255) gAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCtggt > 2:1017451/1‑122 (MQ=255) gAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTAc < 1:1202368/150‑1 (MQ=255) gAGGTCCTTGAGGGTCTCAAGTATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCCGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTAc > 2:955369/1‑150 (MQ=255) aGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGCCTCGATttccgcaagctgtcg > 2:510044‑M2/1‑68 (MQ=255) aGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGCCTCGATttccgcaagctgtcg < 1:510044‑M2/83‑16 (MQ=255) gTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGa < 1:1272044/125‑1 (MQ=255) gTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGa > 2:1272044/1‑125 (MQ=255) tGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCt > 1:1140058/1‑150 (MQ=255) gTCGCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCg < 1:313184/150‑1 (MQ=255) gAGGATGCCCGTGAGGTTGGCGGCGACTGGCAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGCCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGTATGTGCTGTTGGCTGACAGCGAGGTTGTGGCTCAATACCCGGCCCTGTTCGGCCTg < 2:468608/150‑1 (MQ=255) gCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGc < 1:1262178/150‑1 (MQ=255) ccATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGcc < 2:1217549/150‑1 (MQ=255) ccATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGcc > 2:1172343/1‑150 (MQ=255) ccATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGcc > 1:341662/1‑150 (MQ=255) gatgTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGAc < 1:97420/150‑1 (MQ=255) gatgTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGAc < 1:97426/150‑1 (MQ=255) tgtCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCa < 1:1193545/150‑1 (MQ=255) gtCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCa > 2:278335/1‑61 (MQ=255) gtCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCa < 1:278335/61‑1 (MQ=255) gtCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCAt < 2:770908/150‑1 (MQ=255) tCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATg < 2:242117/150‑1 (MQ=255) tCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATg < 1:1085561/150‑1 (MQ=255) gaccgacAGGTTGCGGAAGA‑TCGAGGCGTCCTGCGGCAGGTAGGCGATTCCGGCACGGGTGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGaa < 2:348271/150‑1 (MQ=255) cgacAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCt < 1:976020/81‑1 (MQ=255) cgacAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCt > 2:976020/1‑81 (MQ=255) aGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTg < 1:168753/150‑1 (MQ=255) ttGCGGAAGA‑TCGAGGcttccgcaagctgtcggtcgccgacaacatcatggccatcctcgagacccgcaaggacctc > 2:242552‑M2/1‑16 (MQ=255) ttGCGGAAGA‑TCGAGGcttccgcaagctgtcggtcgccgacaacatcatggccatcctcgagacccgcaaggacctc < 1:242552‑M2/77‑62 (MQ=255) ggAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGc > 1:1001194/1‑150 (MQ=255) gAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCtgg > 2:114495/1‑64 (MQ=255) gAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCtgg < 1:114495/64‑1 (MQ=255) aGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGt > 2:679754/1‑150 (MQ=255) | CCGAGGTTGTCCCGGATGTGGCTGATGTGGAACTCCTGCAGCAGGCTTTCCAGCTCTTTGCGGCGGCCGTCCCGATCGAGGTCCTTGCGGGTCTCGAGGATGGCCATGATGTTGTCGGCGACCGACAGCTTGCGGAAGA‑TCGAGGCTTCCTGCGGCAGGTAGCCGATTCCGGCACGGGCGCGGCCGTGCATGGGCTGGTGGCTGACATCGAGGTTGTCGATCAGTACCCGGCCCTGTTCGGCCTGGACCAGCCCGACAATCATGTAGAAGCAAGTGGTCTTGCCGGCGCCGT > NC_002947/1096563‑1096854 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |