| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1780109 = | 32 (0.580) | 23 (0.490) | 18/234 | 2.0 | 48.7% | intergenic (+26/+80) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase |
| ? | NC_002947 | 1780171 = | 21 (0.440) | intergenic (+88/+18) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase | |||||
CCTGAGGGCGCAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGC > NC_002947/1779960‑1780246 | ggtcgtacctgtcgcgtgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcac > 2:172848‑M1/150‑150 (MQ=255)ggtcgtacctgtcgcgtgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcac > 1:1258412‑M1/150‑150 (MQ=255) tcgtacctgtcgcgtgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGc < 2:821993‑M1/3‑1 (MQ=255) cgcAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTc < 1:1155172/150‑1 (MQ=255) aGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCca > 1:1260190/1‑150 (MQ=255) gcgtgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCcaca < 1:423611‑M1/14‑1 (MQ=255) gcgggaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCcaca > 1:179201‑M1/137‑150 (MQ=255) gTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAgg > 1:481554/1‑150 (MQ=255) gTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAgg < 1:329416/150‑1 (MQ=255) tgaagtggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGt > 2:128245‑M1/134‑150 (MQ=255) tggatggggtgaacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCtcccacagatcggaa < 1:951600‑M1/22‑8 (MQ=255) cTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTAcagcgctgatttca > 1:846418/1‑144 (MQ=255) aacccgggtgccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGa < 1:101366‑M1/33‑1 (MQ=255) tCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGcgaag < 2:138576/121‑5 (MQ=255) tCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGcgaag > 1:138576/1‑117 (MQ=255) tCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAgc > 2:155891/1‑150 (MQ=255) gccgggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAgcgc > 2:1048909‑M1/109‑150 (MQ=255) ggcgcgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCATCTCTGTa > 2:101366‑M1/105‑150 (MQ=255) cgtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtg > 2:263434‑M1/101‑150 (MQ=255) gtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcgCGCCCGCTCCCACAg < 2:310461‑M1/15‑1 (MQ=255) gtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcgCGCCCGCTCCCACAg > 1:310461‑M1/100‑114 (MQ=255) gtgcgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcgCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgt > 1:855619‑M1/100‑150 (MQ=255) cgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcgCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgt < 2:574285‑M1/51‑1 (MQ=255) cgcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcgCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgt > 1:574285‑M1/97‑147 (MQ=255) gcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgtagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtg > 2:914139‑M1/96‑145 (MQ=255) gcatggcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtg < 1:914139‑M1/50‑1 (MQ=255) gcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGaaa > 1:721041‑M1/91‑125 (MQ=255) gcactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGaaa < 2:721041‑M1/35‑1 (MQ=255) cactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgtg < 1:271653‑M1/52‑1 (MQ=255) cactggttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgtg > 2:271653‑M1/90‑141 (MQ=255) tggtgCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGt < 1:155891/150‑1 (MQ=255) gttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcgCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTAc > 1:459883‑M1/85‑131 (MQ=255) gttgcaccgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcgCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTAc < 2:459883‑M1/47‑1 (MQ=255) cGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCGCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcg > 1:370879/1‑150 (MQ=255) cAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGa > 1:242138/1‑150 (MQ=255) accgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgt < 2:87343‑M1/51‑1 (MQ=255) accgctggccgaatgcatcgaagcggcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCtgt > 1:87343‑M1/80‑130 (MQ=255) aCTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAgggg > 1:485020/1‑150 (MQ=255) tGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGtt > 1:1215776/1‑150 (MQ=255) tGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGtt < 2:485020/150‑1 (MQ=255) gggTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAca > 1:159226/1‑90 (MQ=255) gggTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAca < 2:159226/91‑2 (MQ=255) gAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGTTTTCAGCCAAGTGGGCCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGGTGCGCTGGAAATCAGCGCTGTGCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCa < 2:1215776/150‑1 (MQ=38) gAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCa < 1:1126848/150‑1 (MQ=255) gtgagGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTgg < 1:804945/107‑1 (MQ=255) gtgagGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTgg > 2:804945/1‑107 (MQ=255) gcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTAc < 2:983844‑M1/47‑1 (MQ=255) gcggagcgcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTAc > 1:983844‑M1/55‑101 (MQ=255) gcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTgg > 1:855872‑M1/48‑100 (MQ=255) gcattcgcgccttcctgcaaaaccgctgatcaaccccttcgcgggcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTgg < 2:855872‑M1/53‑1 (MQ=255) gggTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCgg < 2:1244023/100‑1 (MQ=255) gggTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCgg > 1:1244023/1‑100 (MQ=255) gTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGGTCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGGGAATGCGCTccgc > 1:330169/1‑150 (MQ=255) tCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCt > 1:547622/1‑82 (MQ=255) tCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCt < 2:547622/82‑1 (MQ=255) aaGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGAACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGTGGATGCGCTGcgccgc > 1:655383/1‑150 (MQ=255) gTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑Ca < 2:467655/123‑1 (MQ=255) gTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑Ca > 1:467655/1‑123 (MQ=255) ccTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCgg < 1:32359/82‑1 (MQ=255) ccTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCgg > 2:32359/1‑82 (MQ=255) ggCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGAAATCAAGGC‑TGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGcc > 2:1312485/1‑150 (MQ=37) ccTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGc > 2:423611/1‑150 (MQ=255) gcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAgcgc < 2:1190621‑M1/42‑1 (MQ=255) gcaCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAgcgc > 1:1190621‑M1/4‑45 (MQ=255) | CCTGAGGGCGCAGCGGTTGGAGCTGTACAACCTGCATCGTCAGCACCTGGTGGGGGATGAGGTGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGC > NC_002947/1779960‑1780246 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |