| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 1780109 = | 32 (0.580) | 23 (0.490) | 18/234 | 2.0 | 48.7% | intergenic (+26/+80) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase |
| ? | NC_002947 | 1780171 = | 21 (0.440) | intergenic (+88/+18) | PP_1587/dapC | NhaP‑type Na+(K+)/H+ antiporter/N‑succinyl‑L,L‑diaminopimelate aminotransferase | |||||
TGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCCCATCCACTTCACGCGACAGGTACGACC > NC_002947/1780022‑1780319 | tggtgCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGt < 1:155891/150‑1 (MQ=255) cGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCGCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCcg > 1:370879/1‑150 (MQ=255) cAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGa > 1:242138/1‑150 (MQ=255) aCTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAgggg > 1:485020/1‑150 (MQ=255) tGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGtt < 2:485020/150‑1 (MQ=255) tGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGtt > 1:1215776/1‑150 (MQ=255) gAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGTTTTCAGCCAAGTGGGCCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGGTGCGCTGGAAATCAGCGCTGTGCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCa < 2:1215776/150‑1 (MQ=38) gAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCa < 1:1126848/150‑1 (MQ=255) gTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGGTCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGGGAATGCGCTccgc > 1:330169/1‑150 (MQ=255) aaGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGAACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGTGGATGCGCTGcgccgc > 1:655383/1‑150 (MQ=255) gTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑Ca < 2:467655/123‑1 (MQ=255) gTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑Ca > 1:467655/1‑123 (MQ=255) ggCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTGAAATCAAGGC‑TGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGcc > 2:1312485/1‑150 (MQ=37) ccTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGc > 2:423611/1‑150 (MQ=255) GCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTg < 2:823222‑M1/150‑1 (MQ=255) tgACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCGAGCGGTGCAACCACTGCCATgcgc < 1:1046503‑M1/148‑1 (MQ=255) ccacaggtacagcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATgc > 1:855872‑M2/54‑100 (MQ=255) ccacaggtacagcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATgc < 2:855872‑M2/47‑1 (MQ=255) cacaggtacagcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTg < 1:271653‑M2/89‑1 (MQ=255) cacaggtacagcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTg > 2:271653‑M2/53‑141 (MQ=255) CACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCgg < 2:1308405‑M1/77‑1 (MQ=255) CACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCgg > 1:1308405‑M1/1‑77 (MQ=255) acaggtacagcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGt > 1:87343‑M2/52‑130 (MQ=255) acaggtacagcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGt < 2:87343‑M2/79‑1 (MQ=255) acaggtacagcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgCGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATgcg > 1:574285‑M2/52‑147 (MQ=255) acaggtacagcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgCGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATgcg < 2:574285‑M2/96‑1 (MQ=255) acaggtacagcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgCGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCAc > 1:855619‑M2/52‑150 (MQ=255) ACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCAc < 1:1054295‑M1/150‑1 (MQ=255) ACAGGTACTGCGCGTCGCTTGAAATCAGCGCTGTACTTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGGATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCAc > 2:655383‑M1/1‑150 (MQ=255) caggtacagcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATgc < 1:914139‑M2/95‑1 (MQ=255) caggtacagcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCAcg > 2:263434‑M2/51‑150 (MQ=255) caggtacagcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTACGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATgc > 2:914139‑M2/51‑145 (MQ=255) gtacagcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTccgc < 2:983844‑M2/54‑1 (MQ=255) gtacagcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTccgc > 1:983844‑M2/48‑101 (MQ=255) gtacagcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgCGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAAc > 1:459883‑M2/48‑131 (MQ=255) gtacagcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgCGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAAc < 2:459883‑M2/84‑1 (MQ=255) GTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACgcgc < 2:660417‑M1/150‑1 (MQ=255) tacagagatgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGcc > 2:101366‑M2/47‑150 (MQ=255) ACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTg > 2:766294‑M1/1‑134 (MQ=255) ACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTg < 1:766294‑M1/134‑1 (MQ=255) gcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGc < 2:1190621‑M2/3‑1 (MQ=255) gcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGc > 1:1190621‑M2/43‑45 (MQ=255) gcgctgatttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGc > 2:1048909‑M2/43‑150 (MQ=255) gctgcgctTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTg < 1:176207/129‑1 (MQ=255) gctgcgctTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTg > 2:176207/1‑129 (MQ=255) tttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGc < 2:721041‑M2/90‑1 (MQ=255) tttcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGc > 1:721041‑M2/36‑125 (MQ=255) ttGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGtt > 1:821993/1‑150 (MQ=255) tcaagcgcagcgcagtacctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGtt < 1:101366‑M2/117‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGAt < 1:295746/90‑1 (MQ=255) tCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGAt > 2:295746/1‑90 (MQ=255) ttccgatctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCCCATCCa < 1:951600‑M2/128‑1 (MQ=255) tGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATgc > 2:530232/1‑115 (MQ=255) tGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATgc < 1:530232/115‑1 (MQ=255) acctgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCCCATCCACTTCa > 2:128245‑M2/18‑150 (MQ=255) ctgtgggagcgggcgCGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCAc > 1:310461‑M2/16‑114 (MQ=255) ctgtgggagcgggcgCGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCAc < 2:310461‑M2/99‑1 (MQ=255) tgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCCCATCCACTTCCcgc > 1:179201‑M2/15‑150 (MQ=255) tgtgggagcgggcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCCCATCCACTTCAcgc < 1:423611‑M2/136‑1 (MQ=255) gcgTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCCCATCCACTTCACGCGACAGGTACGa < 2:821993‑M2/147‑1 (MQ=255) gTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCCCATCCACTTCACGCGACAGGTACGAcc > 2:172848‑M2/2‑150 (MQ=255) gTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCCCATCCACTTCACGCGACAGGTACGAcc > 1:1258412‑M2/2‑150 (MQ=255) | TGGTGCGGCAAGTACTGGGTGAGCTGGATATGAGTGAGGCGAACCTGGGTTCAGTCAAGTAGACCCTATCAAGGCCCTTCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGGTACTGCGCTGCGCTTGAAATCAGCGCTGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGGGGTTGATCAGCGGTTTTG‑CAGGAAGGCGCGAATGCGCTCCGCCGCTTCGATGCATTCGGCCAGCGGTGCAACCAGTGCCATGCGCACGCGCCCGGCACCCGGGTTCACCCCATCCACTTCACGCGACAGGTACGACC > NC_002947/1780022‑1780319 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |