| Predicted mutation | |||||||
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| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_002947 | 4978190 = | 89 (0.780) | coding (455/696 nt) | flgH | flagellar L‑ring protein | |||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
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tcatcgccGTGCGCGGCGATGATGCCGTTGtcggccacggtgacggtgatcgaaccggtcagcgtgttgccctgggtggccttgctgtcgcccttggtcgcgcgatcgccgctataaccggcctccagcgaaaggtcaccgccaccgaac > 1:572684‑M1/4‑30 (MQ=255) tctcGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGtcggccacggtgacggtgatcgaaccggtcagcgtgttgccctgggtggccttgctgtcgcccttggtcgcgcgatcgccgctataaccggcctccagcgaaaggtcaccgccaccgaacg > 2:2559120‑M1/1‑29 (MQ=255) tcGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCa > 1:1621536/1‑67 (MQ=255) tcGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGcc < 1:1198574/87‑1 (MQ=255) tcGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGcc > 2:1198574/1‑87 (MQ=255) tcGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCa < 2:2457595/150‑1 (MQ=255) gccgcGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCAcc > 2:2180021/1‑150 (MQ=255) cgcACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAAc < 2:2981462/150‑1 (MQ=255) cACGGCGATGATGCCGTTGtcggccacggtgacggtgatcgaaccggtcagcgtgttgccctgggtggccttgctgtcgcccttggtcgcgcgatcgccgctataaccggcctccagcgaaaggtcaccgccaccgaacggattatt < 1:241949‑M1/147‑129 (MQ=255) cACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACgg < 1:476924/150‑1 (MQ=255) cGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGat < 1:3067246/150‑1 (MQ=255) gCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGatta < 1:2258749/150‑1 (MQ=255) gatgatGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCTCCCTTGGt > 1:274218/1‑90 (MQ=255) atgatgCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTg < 2:258661/150‑1 (MQ=255) tgatgCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCtt > 2:823524/1‑85 (MQ=255) tgatgCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCtt < 1:823524/85‑1 (MQ=255) gatgCCGTTGtcggccacggtgacggtgatcgaactggtcagcgtgttgccctgggtggccttgctgtcgcccttggtcgcgcgatcgccgctataaccggcctccagcgaaaggtcaccgccaccgaacggattattggtgttgggcgt < 1:292462‑M1/150‑141 (MQ=255) gatgCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGgt < 1:618951/150‑1 (MQ=255) gCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGtt < 1:475512/150‑1 (MQ=255) ccGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGTTg > 1:2510689/1‑150 (MQ=255) gTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGTTggg > 1:574748/1‑150 (MQ=255) ttGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGGCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGATggga > 2:668627/1‑149 (MQ=255) | TAGGTGATGCGCGCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGTTGGGC > NC_002947/4978031‑4978327 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |