| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| JC | NC_002947 | 4,978,181 | Δ9 bp | 25.0% | coding (456‑464/696 nt) | flgH ← | flagellar L‑ring protein |
| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_002947 | 4978190 = | 89 (0.780) | coding (455/696 nt) | flgH | flagellar L‑ring protein | |||||
Only 100 of 123 total aligned reads displayed.
GCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGTTGGGCGTGCTACCAAAC > NC_002947/4978043‑4978339 | gcgTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCg > 2:750835/1‑150 (MQ=255) gCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCacg > 1:1294880/1‑150 (MQ=255) gCCACACGGATGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCacg < 2:2487403/150‑1 (MQ=255) actcGGGTGGACGGCACGGTGCTGTCTGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCCCCATACGTGGGCCGGTGTTCAGGGGCAGCCACTTCTCCGCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCacggtg < 1:980617/147‑1 (MQ=255) acacGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCacggtg > 1:1471744/1‑150 (MQ=255) acGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCacggtgac < 1:1461610/150‑1 (MQ=255) cggccacacgggtggacggcacggtgttgtcggtggcgatatcgtcagcgcgaaccatgccggcaatgcgcaccagctcttcgccggtgttcagggtcagccacttctcgccgcgcacggcgatgatgccgttgTCGGCCacggtgacgg < 1:2511914‑M2/16‑1 (MQ=255) gccagacgggtggacggcacggtgttgtcggtggcgatatcgtcagcgcgaaccatgccggcaatgcgcaccagctcttcgccggtgttcagggtcagccacttctcgccgcgcacggcgatgatgccgttgTCGGCCacggtgacggtg < 2:564577‑M2/18‑1 (MQ=255) gACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATc < 1:2825182/150‑1 (MQ=255) gCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGTGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAAc < 2:144274/150‑1 (MQ=255) cACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAAcc < 2:2390754/150‑1 (MQ=255) aCGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCg > 2:1767112/1‑150 (MQ=255) gtgtTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTc > 2:357464/1‑150 (MQ=255) 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cacggcgatgatgccgttgTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGattatt < 1:241949‑M2/128‑1 (MQ=255) gCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGtt < 1:475512/150‑1 (MQ=255) ccGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGTTg > 1:2510689/1‑150 (MQ=255) gTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGTTggg > 1:574748/1‑150 (MQ=255) ttGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGGCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGATggga > 2:668627/1‑149 (MQ=255) gatgccgttgTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACTGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGTTGGGCGt < 1:292462‑M2/140‑1 (MQ=255) gCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAgg > 1:1522866/1‑113 (MQ=255) gCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAgg < 2:1522866/113‑1 (MQ=255) cAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGTTGGGCGTGCt > 1:427735/1‑150 (MQ=255) gTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGTTGGGCGTGCTAc < 2:1959235/150‑1 (MQ=255) cTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAAcc < 1:1081627/90‑1 (MQ=255) tCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGTTGGGCGTGCTACCAAAc > 1:741526/1‑150 (MQ=255) | GCGTCGGCCACACGGGTGGACGGCACGGTGTTGTCGGTGGCGATATCGTCAGCGCGAACCATGCCGGCAATGCGCACCAGCTCTTCGCCGGTGTTCAGGGTCAGCCACTTCTCGCCGCGCACGGCGATGATGCCGTTGGGCAGTACCTCGGCCACGGTGACGGTGATCGAACCGGTCAGCGTGTT‑GCCCTGGGTGGCCTTGCTGTCGCCCTTGGTCGCGCGATCGCCGCTATAACCGGCCTCCAGCGAAAGGTCACCGCCACCGAACGGATTATTGGTGTTGGGCGTGCTACCAAAC > NC_002947/4978043‑4978339 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |