| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_002947 | 337784 = | 21 (0.360) | 18 (0.390) | 17/208 | 1.9 | 56.7% | intergenic (‑31/+98) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| ? | NC_002947 | 337868 = | 11 (0.240) | intergenic (‑115/+14) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease | |||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
AGGCCAGCTGCAGGCTGGTGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGC > NC_002947/337636‑337899 | aGGCCAGCTGCAGGCTGGTGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCT > 1:164206‑M1/1‑150 (MQ=255) gCCAGCTGCAGGCTGGTGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTC > 1:337717‑M1/1‑150 (MQ=255) gCCAGCTGCAGGCTGGTGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTC < 1:1105257‑M1/150‑1 (MQ=255) cAGCTGCAGGCTGGTGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGC < 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2:567741‑M1/1‑85 (MQ=255) gTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgt < 1:567741‑M1/119‑35 (MQ=255) gTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAG > 1:744835‑M1/1‑83 (MQ=255) tgtgGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCAACAGGTGTAGCGCCAACCTTTAATGT‑GGCGCTATacctgt > 2:724470‑M2/1‑105 (MQ=255) gttgcgcgtggatgcctgccaaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTgg < 1:42103‑M1/50‑1 (MQ=255) ggtTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACacctgtgggagc > 2:579511‑M2/1‑96 (MQ=255) gggCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATGT‑GGCGCTATacctgtgggagcgg > 2:1102877‑M2/1‑92 (MQ=255) gggCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATGT‑GGCGCTATacctgtgggagcgg < 1:1102877‑M2/106‑15 (MQ=255) gCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGt > 2:1205581/1‑81 (MQ=255) gCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcaggc > 1:1176191/1‑150 (MQ=255) aaGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatac < 2:915791‑M1/85‑31 (MQ=255) aaGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatac > 1:915791‑M1/1‑55 (MQ=255) aaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt > 1:826437‑M1/26‑87 (MQ=255) aaggccgctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCtgt < 2:826437‑M1/62‑1 (MQ=255) tgtgtgGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACac < 2:682248‑M2/80‑3 (MQ=255) tgtgtgGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACac > 1:682248‑M2/1‑78 (MQ=255) gctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTac < 2:53253‑M1/56‑1 (MQ=255) gctgagacctcactgactgCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTac > 1:53253‑M1/20‑75 (MQ=255) ggtggtTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatac < 2:804555‑M1/75‑31 (MQ=255) ggcggttttGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatac > 1:804555‑M1/4‑45 (MQ=255) | AGGCCAGCTGCAGGCTGGTGAAGGGGCGCGGTTTCCACAGCTGCTGGTGCTCGATCAGGAACTGGTCGAGGGCCTGGAAGCGGGTGCTTAGGTGGGGGCTGTGGAGGTGGTTGGGCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGC > NC_002947/337636‑337899 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |