| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 337784 = | 21 (0.360) | 18 (0.390) | 17/208 | 1.9 | 56.7% | intergenic (‑31/+98) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease |
| ? | NC_002947 | 337868 = | 11 (0.240) | intergenic (‑115/+14) | PP_0279/PP_0280 | hypothetical protein/amino acid ABC transporter permease | |||||
GCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGA > NC_002947/337750‑338015 | gCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggcaggc > 1:1176191/1‑150 (MQ=255) GCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCtt < 2:890235‑M1/138‑1 (MQ=255) GCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCtt > 1:890235‑M1/1‑138 (MQ=255) CCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATGT‑GGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCAcgc > 2:877025‑M1/1‑104 (MQ=255) CCACAGGTGTAGCGCCAACCTTGAATGT‑GGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCAcgc < 1:877025‑M1/104‑1 (MQ=255) CCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCGCCAGCAGGAACga < 2:770152‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACga < 1:1365943‑M1/150‑1 (MQ=255) CACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag < 2:964259‑M1/150‑1 (MQ=255) CACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTGGGGAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgag < 2:1083448‑M1/150‑1 (MQ=255) cacaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAACATGAACgag > 2:1445989‑M2/64‑150 (MQ=255) acaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCtt < 2:826437‑M2/25‑1 (MQ=255) acaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCtt > 1:826437‑M2/63‑87 (MQ=255) acaggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACgaga > 1:481122‑M2/63‑150 (MQ=255) aggtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATc > 2:152416‑M2/61‑150 (MQ=255) GTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGtctc < 1:1037398‑M1/74‑1 (MQ=255) GTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGtctc > 2:1037398‑M1/1‑74 (MQ=255) GTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGc > 2:445341‑M1/1‑130 (MQ=255) GTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGc < 1:445341‑M1/130‑1 (MQ=255) gtgtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCAc > 2:1138092‑M2/59‑150 (MQ=255) ataGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTATACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCa > 2:1260555/1‑150 (MQ=255) taGCGCCA‑CATTCAAGGTTTGCGCGACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAg > 1:1356826/1‑150 (MQ=255) gtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGc < 2:53253‑M2/19‑1 (MQ=255) gtagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGc > 1:53253‑M2/57‑75 (MQ=255) tagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCt > 2:337893‑M2/56‑124 (MQ=255) tagcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCt < 1:337893‑M2/69‑1 (MQ=255) gcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCa < 2:123298‑M2/94‑1 (MQ=255) gcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCa > 1:123298‑M2/54‑147 (MQ=255) gcgccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGAACCAGCATGAACGAGATCACCAGGt > 2:669275‑M2/54‑150 (MQ=255) ccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAAc < 1:42103‑M2/45‑1 (MQ=255) ccaaccttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAAc > 2:42103‑M2/51‑95 (MQ=255) ccaaccttgaatgtggcgctacacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGa > 2:215250‑M2/51‑150 (MQ=255) a‑caTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggca > 1:1283024/1‑77 (MQ=255) a‑caTTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTggca < 2:1283024/77‑1 (MQ=255) ttgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGc < 1:152416‑M2/106‑1 (MQ=255) tCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGc > 2:253163/1‑150 (MQ=255) tgaatgtggcgctatacctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGcc < 1:1138092‑M2/107‑1 (MQ=255) ttGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTg > 2:896792/1‑64 (MQ=255) ttGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTg < 1:896792/64‑1 (MQ=255) ttGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCAGCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTgcgg < 1:253163/150‑1 (MQ=255) gcgcTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCga > 1:919696/1‑150 (MQ=255) cgcTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCgaa < 2:1365943/150‑1 (MQ=255) acctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGAt > 1:1444363‑M2/29‑150 (MQ=255) ctgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGAttt > 2:905739‑M2/27‑150 (MQ=255) tgtgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTc > 1:1330463‑M2/26‑150 (MQ=255) tgggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCa < 2:1330463‑M2/127‑1 (MQ=255) ggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCa > 2:729175‑M2/22‑115 (MQ=255) ggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCa < 1:729175‑M2/94‑1 (MQ=255) ggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGaa > 1:298351‑M2/22‑122 (MQ=255) ggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGaa < 2:298351‑M2/101‑1 (MQ=255) ggagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCAcc > 2:862635‑M2/22‑150 (MQ=255) gagcgggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCg < 2:1356826‑M2/130‑1 (MQ=255) ggcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGTagg < 1:862635‑M2/135‑1 (MQ=255) gcgtgcccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCaggt > 2:1060633‑M2/15‑150 (MQ=255) ccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCgaa > 2:644140‑M2/9‑124 (MQ=255) ccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCgaa < 1:644140‑M2/116‑1 (MQ=255) ccgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCACCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGc > 1:773299‑M2/9‑150 (MQ=255) cgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAgg > 2:1011769‑M2/8‑103 (MQ=255) cgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAgg < 1:957073‑M2/96‑1 (MQ=255) cgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAgg > 2:957073‑M2/8‑103 (MQ=255) cgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAgg < 1:1011769‑M2/96‑1 (MQ=255) cgcgaagCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAACATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCg < 1:1445989‑M2/143‑1 (MQ=255) agCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGa < 2:1176191‑M2/148‑1 (MQ=255) | GCATGGCAAGGATGTGTGGTGGTTTTGAGGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTATAGCGCCA‑CATTCAAGGTTGGCGCTACACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGTCAGTGAGGTCTCAGCGGCCTTGGCAGGCATCCACGCGCAACCAGCGCTCCAGCAGCTTGAAGCCTTGCACCAGCATGAACGAGATCACCAGGTAGAACACGCCTGCGGCGAAGAAGATTTCCACCGGCAGGTAGGTGCGGGCGA > NC_002947/337750‑338015 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |