New junction evidence | |||||||||||
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seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_LN832404 | 3927683 = | 73 (0.920) | 4 (0.050) | 4/526 | NT | 5.0% | intergenic (‑78/‑145) | ravA/EK12AG100_RS19490 | ATPase RavA/low affinity potassium transporter Kup |
? | NZ_LN832404 | = 4499989 | 78 (0.980) | intergenic (‑84/‑543) | EK12AG100_RS22240/EK12AG100_RS22245 | IS4‑like element IS4 family transposase/MFS transporter |
GAGGTTCTTTACGCTCAAGCGCCATGCCAACAATACACCAGACCATCATTTCGAGGGGAAGACGGCGCTTGCGTAGCGTTACAGTACCTGATTCGGCAAGGCAACGAGAGATGAGTTCGGGGTCGAGGTAATCCCCCAGAGAAGTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAATTTGTGACATCAGTAACAAAACGCGTTTTGTTATGTGGATTGCTTGTTTTTTGATCTGGTATAACAGGTATAAAGGTATACAGAAAAGCAAAGAAATACTGCAAAGGAAAACAGCTATAACGTAAGCTAAAGTAATAACCTCTCAGTCTTTCCTCATTTGACGAAGGGAGTTTTATTCAACCTGAACGGACTACGAAAATGAGCACAATGAATAAGTCAATTTTTGAAGC > NZ_LN832404/4499701‑4500270 | gagGTTCTTTACGCTCAAGCGCCATGCCAACAATACACCAGACCATCATTTCGAGGGGAAGACGGCGCTTGCGTAGCGTTACAGTACCTGATTCGGCAAGGCAACGAGAGATGAGTTCGGGGTCGAGGTAATCCCCCAGAGAAGTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATc > 1:123783/1‑292 (MQ=255) tttACGCTCAAGCGCCATGCCAACAATACACCAGACCATCATTTCGAGGGGAAGACGGCGCTTGCGTAGCGTTACAGTACCTGATTCGGCAAGGCAACGAGAGATGAGTTCGGGGTCGAGGTAATCCCCCAGAGAAGTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTc < 1:583927/292‑1 (MQ=255) cGCTCAAGCGCCATGCCAACAATACACCAGACCATCATTTCGAGGGGAAGACGGCGCTTGCGTAGCGTTACAGTACCTGATTCGGCAAGGCAACGAGAGATGAGTTCGGGGTCGAGGTAATCCCCCAGAGAAGTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGgt > 1:64536/1‑292 (MQ=255) gCTCAAGCGCCATGCCAACAATACACCAGACCATCATTTCGAGGGGAAGACGGCGCTTGCGTAGCGTTACAGTACCTGATTCGGCAAGGCAACGAGAGATGAGTTCGGGGTCGAGGTAATCCCCCAGAGAAGTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGgtg > 2:785413/1‑292 (MQ=255) tCAAGCGCAATGACAACAATACACCAGAACATCATTTCGAGGGGAAGACGGCGCTTGCGTAGCGTTACAGTACCTGATTCGGCAAGGAAACGAGAGATGAGTGCGGGGTCGAGGTAATCCCCCAGAGAAGTAAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGATACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGtt < 1:340713/292‑1 (MQ=255) cAGGCGCCATTCCAACAATACACCAGACCATCATTTCGAGGGGAAGACGGCGCTTGCGTAGCGTTAAAGTACCTGATGCGGCAAGGCAACGAGAGATGAGTTCGTTGTAGAGGTAATCCCCCAGAGAAGTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTActcaaagggggggtattt > 1:444829‑M2/1‑274 (MQ=255) cAAGCGCCATGCCAAAAACACACCAAACCATCATTTCGAGGGAAAGACGGCGGTTGCGTAACGTTACAGTACCTGATTCGGCAAGGCAACGAGAGATGAGTTCGGGGTCGAGGTAATCCCCCAGAGAAGTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGttt < 2:64536/292‑1 (MQ=255) 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ccATCATTTCGAGGGGAAGACGGCGCTTGCGTAGCGTTACAGTACCTGATTCGGCAAGGCAACGAGAGATGAGTTCGGGGTCGAGGTAATCCCCCAGAGAAGTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAatat < 1:785413/292‑1 (MQ=255) ttCGAGGGGAAGACGGCGCTTGCGTAGCGTTACAGTACCTGATTCGGCAAGGCAACGAGAGATGAGTTCGGGGTCGAAGTAATCCCCCAGAGAAGTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAATCTTGGTTCTGGTGTTTGTAACAAACTATCAGCTACAAAAATATGCTCAAt < 1:697280/292‑1 (MQ=255) ggggAAGACGGCGCTTGCGTAGCGTTACAGTACCTGATTCGGCAAGGCAACGAGAGATGAGTTCGGGGTCGAGGTAATCCCCCAGAGAAGTCAGTGGGTTACGCAGAGAATCGTAACGGGATACCAGATCAAGAGCCTGTCCAATGTGCATAAAAAAATCCGGAAACAAGTGAGCGTTTCCGGATTCTTACACAGCCACTGGATCGGTCAACTGATCCTTAACTGATCGGCATTAAt > 2:206569/1‑237 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |