Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
JC JC | NC_000913 | 1,293,036 | IS2 (+) +5 bp | intergenic (‑114/‑487) | hns ← / → tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | NC_000913 | 1293036 = | 0 (0.000) | 222 (1.300) | 102/364 | 0.2 | 100% | intergenic (‑114/‑491) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
? | NC_000913 | = 1651548 | NA (NA) | noncoding (706/706 nt) | IS2 | repeat region | |||||
* | ? | NC_000913 | = 1293040 | 0 (0.000) | 173 (1.010) | 95/364 | 0.2 | 100% | intergenic (‑118/‑487) | hns/tdk | global DNA‑binding transcriptional dual regulator H‑NS/thymidine kinase/deoxyuridine kinase |
? | NC_000913 | = 1469240 | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
Only 100 of 394 total aligned reads displayed.
TTCGTTAACAACAACTTCTAATTTTTCCAGCATTTCTTCCAGCGTTTCAAGTGTACATTCTCTTGCCTGCGCACGAAGAGTACGGATGTTGTTCAGAATTTTAAGTGCTTCGCTCATTGTAGTAATCTCAAACTTATATTGGGGTGGTTTGTTGAGGTAATAATAGAGCCTTAAATTCAGTTGTGCAATAGCCAGGAATGTAAGGAATTCAAAATTGTTCTTTATTTTGTGCCGCCAATAAATATCTTTTCATAAAATTAGCCAGAAAAGACGCGGCATATAGCCCTATTTACACCGATGATTTCGCAGCACGTGAGGTTAAAACTTCCTGATTCATGTCACATTTTATGGGGAGATTATCGTAGGCTGACGACCTTTCAGTCTTCTGTATTAGTTGTGTTTACGAGAATTCCCTATTAAGCGAATGATGAAAAGTAGAACAGTCGCAATAAGAGCATGGACTTAGTAT > NC_000913/1292806‑1293274 | aacggaatagcagagagcttcgtgaaaacgataaagcgtgactacatcagtatcatgcccaacccggacgggtaaacggcagcaaagaaccttgcagaggcgttcgggcattataacgaatggcatccgcatagggcgcggggttatcgctcgccacgggaatatctgcggcagcgggcttgtaatgggttaagtgataacagatgtctggaaatatgggggcaaatccagccgc > 2:2228715‑M1/231‑235 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |