New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 3777891 = | 91 (1.010) | 6 (0.070) | 6/402 | 6.7 | 5.7% | coding (493/1656 nt) | lldP | L‑lactate permease |
? | NC_000913 | 3778056 = | 113 (1.320) | coding (658/1656 nt) | lldP | L‑lactate permease | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
CAGCGGTGTTCGTCTATAAGATCTCGGTGAAAACCGGGCAGTTTGACATCATTCGCTCGTCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTATGGACGGCTGGCGCGGTATCAAAGAGACGTGGCCTGCGGTCGTGGTTGCGGGCGGCTCGTTTGCCATCGCTCAGTACCTTAGCTCT > NC_000913/3777655‑3778124 | cAGCGGTGTTCGTCTATAAGATCTCGGTGAAAACCGGGCAGTTTGACATCATTCGCTCGTCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCTTTGCTGGTCGGCCTGGGGTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAacac > 1:558941/1‑238 (MQ=255) cAGCGGTGTTCGTCTATAAGATCTCGGTGAAAACCGGGCAGTTTGACATCATTCGCTCGTCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAacac > 1:692131/1‑238 (MQ=255) cAGCGGTGTTCGTCTATAAGATCTCGGTGAAAACCGGGCAGTTTGACATCATTCGCTCGTCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACAcc > 1:98306/1‑239 (MQ=255) cGGTGTTCGTCTATAAGATCTCGGTGAAAACCGGGCAGTTTGACATCATTCGCTCGTCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAACCGGCGGTACGCCGCCGGGCCGGGCATGTTTGTTAACACcgg > 1:476056/1‑237 (MQ=255) 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taAGATCTCGGTGAAAACCGGGCAGTTTGACATCATTCGCTCGTCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTg > 1:89406/1‑239 (MQ=255) taAGATCTCGGTGAAAACCGGGCAGTTTGACATCATTCGCTCGTCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTg > 1:428914/1‑239 (MQ=255) tctcGGTGAACACCGGGCCGTTTGACATCATTCGCTCGTCCGTTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCCGGGTTTTAACCCGCCGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCCCGACAGTGGCATTTGGTCCg > 2:150616/1‑239 (MQ=255) 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(MQ=255) ttCGCTCGTCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCgcgc > 1:383721/1‑192 (MQ=255) ttCGCTCGTCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGaccg > 2:1023096/1‑237 (MQ=255) ttCGCTCGTCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGacag > 1:295775/1‑239 (MQ=255) ttCGCTCGTCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGacag > 1:693013/1‑239 (MQ=255) tCTATTCTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTAGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGacaggtaacagg > 1:1008312/1‑239 (MQ=255) cTTTCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGa < 1:515426/239‑1 (MQ=255) tttCGATAACCCCTGACCAGCGTCTGCAAATGCTGATCGTCGGTTTCTGTTTCGGCGCGTTCCTTGAAGGAGCCGCAGGCTTTGGCGCCCCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGAc < 2:407494/239‑1 (MQ=255) 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cGCAGGCTTTGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATg < 1:677537/238‑1 (MQ=255) gCAGGTTTTGGCGAACCGGGAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGTAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGc < 2:784386/239‑1 (MQ=255) tttGGCGCACCGGTAGCAATTACCGCCGCATTGCTGGTCGGCCTGGGTTTTAAACCGCTGTACGCCGCCGGGCTGTGCCTGATTGTTAACACCGCGCCAGTGGCATTTGGTGCGATGGGCATTCCAATCCTGGTTGCCGGACAGGCAACAGGTATCGACAGCTTTGAGATTGGTCAGATGGTGGGGCGGCAGCTACCGTTTATGACCATTATCGTGCTGTTCTGGATCATGGCGATTAt > 1:710021/1‑239 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |