New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 2478355 | 34 (0.820) | 5 (0.130) | 5/260 | 3.7 | 12.9% | coding (509/1338 nt) | dsdX | D‑serine transporter |
? | NC_000913 | = 2478636 | 36 (0.940) | coding (790/1338 nt) | dsdX | D‑serine transporter | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCAGCATATGAGCATGGGGACGATGCTCACACATACGGAAAATGGCTTCGGTTCTATTGCTAATATTTTGCTGATTATCGGGGCCGGAGGCGCATTCAACGCCATTTTAAAAAGCAGCAGTCTCGCTGATACGC > NC_000913/2478402‑2478837 | gggCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTAt > 3:95321/1‑239 (MQ=255) aCTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCa < 4:95321/239‑1 (MQ=255) ccTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCgtgt > 1:27359/1‑239 (MQ=255) ttAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGttt < 2:27359/239‑1 (MQ=255) tAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCgtg > 3:84029/1‑235 (MQ=255) aaaTTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGt < 1:62302/239‑1 (MQ=255) cGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGtt < 4:155016/239‑1 (MQ=255) tGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGt > 3:351101/1‑239 (MQ=255) ttAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCtat < 2:118356/221‑1 (MQ=255) ttAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCtat > 1:118356/1‑221 (MQ=255) taaaaCCTAGACCCAGAACGTTTACTGTTCTCAAAGTTCGCGATTAAATAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTTTTCAGCATACTGCTACCGGTGGCGTCGATGTTGGTTAAAACGTTTGCGGAATTGAATATGGCGCGTGGGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGATTTTATTGGAATCCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGc < 2:195229/237‑1 (MQ=255) gTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGGGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATAGGCCAGCatat > 3:226948/1‑239 (MQ=255) cgcgATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCAGCATATGAGCATGGGGACGATGCTCACACATACGGa > 1:95744/1‑239 (MQ=255) aaaaaCACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCAGCATATGAGCATGGGGACGATGCTCACACATACGGAAAATGGc < 3:411053/238‑1 (MQ=255) cTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCAGCATATGAGCATGGGGACGATGCTCACACATACGGAAAATGGCTTCGGTTc < 2:95744/239‑1 (MQ=255) tACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCAGCATATGAGCATGGGGACGATGCTCACACATACGGAAAATGGCTTCGGTTCt < 4:84029/239‑1 (MQ=255) aTTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCtat < 4:492367/160‑1 (MQ=255) aTTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCtat > 3:492367/1‑160 (MQ=255) cgcAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCAGCATATGAGCATGGGGACGATGCTCACACATACGGAAAATGGCTTCGGTTCTATTGCTAATAttt > 3:310737/1‑239 (MQ=255) aaCGTTCTTCACCATACTGCTTCCCATTGCGCTGATTTTGGTTAAAACGATTGCCTAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGATTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGtt < 2:167236/159‑1 (MQ=255) aCCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGc > 1:167236/1‑159 (MQ=255) cATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTAtgtg > 3:477303/1‑145 (MQ=255) cATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTAtgtg < 4:477303/145‑1 (MQ=255) gtttGCCAAATTGAATATGGCCCGTGAGATTGGTTTGTATATCTTGGTTGATTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCAGCATATGAGCATGGGGACGATGCTCACACATACGGAAAATGGCTTCGGTTCTATTGCTAATATTTTGCTGATTATCGGGGCCGGAGGCGCATTCAACGCCATTTTAAAAAgcagca < 4:226948/237‑1 (MQ=255) tGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTAt > 4:320629/1‑66 (MQ=255) tGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTAt < 3:320629/66‑1 (MQ=255) tatGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCAGCATATGAGCATGGGGACGATGCTCACACATACGGAAAATGGCTTCGGTTCTATTGCTAATATTTTGCTGATTATCGGGGCCGGAGGCGCATTCAACGCCATTTTAAAAAGCAGCAGTCTCGCTGATAAGc > 1:131282/1‑239 (MQ=255) ggCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCa > 4:434242/1‑105 (MQ=255) ggCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCa < 3:434242/105‑1 (MQ=255) gTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGta < 4:260082/93‑1 (MQ=255) gTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGta > 3:260082/1‑93 (MQ=255) gTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCAGCATATGAGCATGGGGACGATGCTCACACATACGGAAAATGGCTTCGGTTCTAt < 3:61707/154‑1 (MQ=255) gTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCAGCATATGAGCATGGGGACGATGCTCACACATACGGAAAATGGCTTCGGTTCTAt > 4:61707/1‑154 (MQ=255) cTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGtt > 4:146995/1‑69 (MQ=255) cTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGtt < 3:146995/69‑1 (MQ=255) ggTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCAGCATATGAGCATGGGGACg < 1:182582/97‑1 (MQ=255) ggTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCAGCATATGAGCATGGGGACg > 2:182582/1‑97 (MQ=255) | GGGCTGATGGCATCACTGATCGGTGGCCCACTTTTCCTTAAATTTCTGGGTCAACGACTGCCCTTTAAACCTGTACCCACAGAGTTTGCAGATCTCAAAGTTCGCGATGAAAAAACACTACCGTCATTAGGCGCAACGTTATTCACCATACTGCTACCCATTGCGCTGATGTTGGTTAAAACGATTGCCGAATTGAATATGGCGCGTGAGAGTGGTTTGTATATCTTGGTTGAGTTTATTGGCAACCCTATCACTGCCATGTTTATCGCCGTGTTTGTCGCCTATTATGTGTTGGGTATACGCCAGCATATGAGCATGGGGACGATGCTCACACATACGGAAAATGGCTTCGGTTCTATTGCTAATATTTTGCTGATTATCGGGGCCGGAGGCGCATTCAACGCCATTTTAAAAAGCAGCAGTCTCGCTGATACGC > NC_000913/2478402‑2478837 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |