New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | NC_000913 | 1620235 = | 6558 (126.060) | intergenic (+28/+3) | marB/eamA | periplasmic mar operon regulator/cysteine and O‑acetyl‑L‑serine efflux system | |||||
Rejected: Frequency below cutoff threshold. |
Only 100 of 549 total aligned reads displayed.
ACTGGCAAGTGCGGCACTATTGTTGGATGAACGCTTAACGGGTCTGCAATTTTTAGGTGCGGTGCTCATTATGACCGGGCTGTATATCAATGTATTTGGCTTGCGGTGGCGTAAAGCGGTAAAGGTGGGAAGTTAATAAGCCCCGAGATGTCGGGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1620373‑1620217 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcggggcTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCCTACTACGGG > NC_000913/1620235‑1620384 ACTGGCAAGTGCGGCACTATTGTTGGATGAACGCTTAACGGGTCTGCAATTTTTAGGTGCGGTGCTCATTATGACCGGGCTGTATATCAATGTATTTGGCTTGCGGTGGCGTAAAGCGGTAAAGGTGGGAAGTTAATAAGCCCCGAGATGT < 1:811620/151‑1 ACTGGCAAGTGCGGCACTATTGTTGGATGAACGCTTAACGGGTCTGCAATTTTTAGGTGCGGTGCTCATTATGACCGGGCTGTATATCAATGTATTTGGCTTGCGGTGGCGTAAAGCGGTAAAGGTGGGAAGTTAATAAGCCCCGAGATGT < 1:409328/151‑1 ACTGGCAAGTGCGGCACTATTGTTGGATGAACGCTTAACGGGTCTGCAATTTTTAGGTGCGGTGCTCATTATGACCGGGCTGTATATCAATGTATTTGGCTTGCGGTGGCGTAAAGCGGTAAAGGTGGGAAGTTAATAAGCCCCGAGATGT < 2:623137/151‑1 ACTGGCAAGTGCGGCACTATTGTTGGATGAACGCTTAACGGGTCTGCAATTTTTAGGTGCGGTGCTCATTATGACCGGGCTGTATATCAATGTATTTGGCTTGCGGTGGCGTAAAGCGGTAAAGGTGGGAAGTTAATAAGCCCCGAGATGT < 2:47112/151‑1 ACTGGCAAGTGCGGCACTATTGTTGGATGAACGCTTAACGGGTCTGCAATTTTTAGGTGCGGTGCTCATTATGACCGGGCTGTATATCAATGTATTTGGCTTGCGGGGGCGTAAAGCGGTAAAGGTGGGAAGTTAATAAGCCCCGAGATGT > 2:733133/1‑151 ACTGGCAAGTGCGGCACTATTGTTGGATGAACGCTTAACGGGTCTGCAATTTATAGGTGCGGTGCTCATTATGACCGGGCTGTATATCAATGTATTTGGCTTGCGGTGGCGTAAAGCGGTAAAGGTGGGAAGTTAATAAGCCCCGAGATGT < 2:648059/151‑1 CTGGCAAGTGCGGCACTATTGTTGGATGAACGCTTAACGGGTCTGCAATTTTTAGGTGCGGTGCTCATTATGACCGGGCTGTATATCAATGTATTTGGCTTGCGGTGGCGTAAAGCGGTAAAGGTGGGAAGTTAATAAGCCCCGAGATGTC < 1:422613/151‑1 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2:273819/1‑151 CTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCCTACTACGGG > 1:853330/1‑151 CTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCCTACTACGGG > 2:82692/1‑151 CTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCCTACTACGGG > 1:347556/1‑151 CTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATAT < 2:491228/57‑1 ACTGGCAAGTGCGGCACTATTGTTGGATGAACGCTTAACGGGTCTGCAATTTTTAGGTGCGGTGCTCATTATGACCGGGCTGTATATCAATGTATTTGGCTTGCGGTGGCGTAAAGCGGTAAAGGTGGGAAGTTAATAAGCCCCGAGATGTCGGGGC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/1620373‑1620217 ‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑tcggggcTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCCTACTACGGG > NC_000913/1620235‑1620384 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |