| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1166913 | 254 (0.880) | 17 (0.070) | 9/144 | NT | 6.2% | intergenic (+29/‑230) | USA300HOU_RS05790/fib_2 | hypothetical protein/Fibrinogen‑binding protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1166922 | 283 (1.100) | intergenic (+38/‑221) | USA300HOU_RS05790/fib_2 | hypothetical protein/Fibrinogen‑binding protein | |||||
GTAATTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1166816‑1166913‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agacaccaTTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATGATT < USA300TCH1516_ALE/1166922‑1166833 GTAATTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATCGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCA > 1:5498083/1‑91GTAATTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCA > 1:761705/1‑91GTAATTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCA > 2:4758341/1‑91GTAATTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCA > 2:4944489/1‑91GTAATTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCA > 2:2614484/1‑91 TAATTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAG > 2:4318821/1‑91 AATTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGA > 2:3797861/1‑91 AATTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGA < 1:793125/91‑1 AATTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGAGTATACCTTCAGA > 1:4923530/1‑91 ATTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGAC > 1:1286127/1‑91 ATTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGAC < 1:896445/91‑1 ATTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGAC < 1:897364/91‑1 ATTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGAC < 1:3739372/91‑1 TTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACA > 1:500245/1‑91 TTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACA < 1:3972986/91‑1 TTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACA < 2:1623887/91‑1 TTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACA < 2:3876820/91‑1 TTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACA < 2:4255597/91‑1 TTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACA > 1:3396592/1‑91 TTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACA > 2:3604973/1‑91 TTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACA < 2:4111120/91‑1 TTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACA < 2:2828151/91‑1 TTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAACGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACA > 1:5495657/1‑91 TTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAAAGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACA > 1:5495839/1‑91 TCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACAC > 1:5138654/1‑91 TCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACAC > 1:2617772/1‑91 TCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACAC > 2:3099128/1‑91 TCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACAC > 1:3377809/1‑91 TCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACAC > 2:787318/1‑91 TCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACAC > 2:5432891/1‑91 CTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACC > 1:1127886/1‑91 TACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCA < 1:3739726/91‑1 TACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCATCAGACACCA < 2:4693088/91‑1 TTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCATTTGAATG < 1:4826012/91‑1 TTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCATTTGAATG < 2:1717576/91‑1 TTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCATTTGAATG < 2:199498/91‑1 TAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCATTTGAATGT < 2:900625/91‑1 AATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCATTTGAATGTT < 2:2740370/91‑1 AATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCATTTGAATGTT < 2:4277732/91‑1 ATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATCGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCATTTGAATGTTG < 1:4350247/91‑1 ATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCATTTGAATGTTG < 1:4843865/91‑1 ATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCATTTGAATGTTG < 1:169738/91‑1 ATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCATTTGAATGTTG < 2:2513766/91‑1 ATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCATTTGAATGTTG < 1:5062842/91‑1 ATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCATTTGAATGTTG < 2:5128590/91‑1 CTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCATTTGAATGTTGGTGTCTGA < 1:3793964/91‑1 GGTAACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTAAAAATAAAATCTATGAGGTTATACCTTCAGACACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGG < 2:3751885/91‑1 TTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGTGATTATACCTTCAGACACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCAT < 2:4003889/91‑1 TATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATT < 1:1437541/91‑1 AAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTA < 1:4036852/91‑1 AGACACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCT > 1:4194172/1‑91 AGACACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCT > 1:383126/1‑91 AGACACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCT < 1:3100806/91‑1 AGACACCATTTGAATGTTGGGGTCTGAAGGTATAAACTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTATATAGTTAAATATTGTGACCCAGtt < 2:4721876/91‑3 AGACACCATTTGAACGTTGGTGTCTGAAGGTATGATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTGATTCTATAGTTAGATATTGTGACCCAGCT < 1:5189319/91‑1 GACACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTA < 2:3891842/91‑1 GACACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTA > 1:2922889/1‑91 GACACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTA > 1:3249508/1‑91 CACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAAT < 1:468931/91‑1 CACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAAT < 2:608907/91‑1 CACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAAT > 1:3786965/1‑91 CACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAAT > 1:554904/1‑91 CACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAAT > 1:98741/1‑91 ACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATG > 2:931483/1‑91 ACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATG > 2:922310/1‑91 ACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATG < 2:3967021/91‑1 ACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATG < 2:2819128/91‑1 ACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATG > 1:2883508/1‑91 ACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATG > 1:4781570/1‑91 ACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATG < 1:4687262/91‑1 ACCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATG > 1:4236063/1‑91 CCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATGA > 2:4271157/1‑91 CCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATGA > 2:4271494/1‑91 CCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATGA < 1:1293655/91‑1 CCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATGA < 1:4090080/91‑1 CCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTAGAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATGA < 2:2103177/91‑1 CCATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTATATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATGA > 2:3803724/1‑91 CCATTTGAATGTGGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAATTAAATATTGTGACCCAGCTAATGA > 2:5250769/1‑91 CATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATGAT < 2:4734243/91‑1 CATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATGAT > 1:4200294/1‑91 CATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATGAT > 1:471043/1‑91 CATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATGAT < 1:3896596/91‑1 CATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATGAT > 1:3723139/1‑91 CATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATGAT > 1:3721722/1‑91 CATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATGAT > 1:3720528/1‑91 CATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATGAT < 1:558689/91‑1 ATTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATGATT > 2:4315863/1‑91 GTAATTCTACCAACGTTAATCATTAGCTGGGTCACAATATTTAACTATAGAATGAGAAGTTACAAATAAAATCTATGAGATTATACCTTCAGACACCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/1166816‑1166913‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑agacaccaTTTGAATGTTGGTGTCTGAAGGTATAATCTCATAGATTTTATTTGTAACTTCTCATTCTATAGTTAAATATTGTGACCCAGCTAATGATT < USA300TCH1516_ALE/1166922‑1166833 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |