| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2830190 = | 315 (1.100) | 5 (0.020) | 4/138 | NT | 2.1% | intergenic (+18/+429) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2830247 = | 200 (0.810) | intergenic (+75/+372) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TACGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2830290‑2830190‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑accgcgtgtttAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT > USA300TCH1516_ALE/2830247‑2830336 TACGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCA > 1:5264404/1‑91 ACGAAGTTTATATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCAC > 2:4709538/1‑91 ACGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCAC < 2:1302372/91‑1 ACGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCAC < 1:197134/91‑1 ACGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCAC < 2:4213090/91‑1 CGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACC < 2:4761848/91‑1 CGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACC > 2:4669043/1‑91 GAAGTTTAAATTTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTTAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCG < 2:5641029/91‑1 GAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCG < 2:2211311/91‑1 GAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCG < 1:3685816/91‑1 AAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGC > 1:4747976/1‑91 AAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGC < 2:3657202/91‑1 AAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGC < 1:1693248/91‑1 AAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGC < 1:1693213/91‑1 AAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGC > 2:2711599/1‑91 AAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGC > 2:2711361/1‑91 AAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGC > 2:1942332/1‑91 AAGTTTAAATGTGCAATTAGAATAGATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGC < 2:3657837/91‑1 AGTTTAAGTGTGCAATCAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCTATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG < 2:5384923/91‑1 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG < 1:5081333/91‑1 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG > 2:1485966/1‑91 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG < 1:4643164/91‑1 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG < 1:3429423/91‑1 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG < 2:2566082/91‑1 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG > 2:307811/1‑91 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG < 1:2553776/91‑1 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG > 2:3761590/1‑91 GTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGT > 2:2434608/1‑91 GTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGT > 2:2854175/1‑91 GTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGT > 2:1085993/1‑91 GTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGT > 1:4793187/1‑91 GTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGCTAAAACGGAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGT < 2:3230010/91‑1 TTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGT < 1:1485515/91‑1 TTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGT < 1:3103569/91‑1 TAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTT > 1:1399134/1‑91 TAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTT > 1:411758/1‑91 TAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTT < 2:3699620/91‑1 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTT < 1:3646671/91‑1 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTT > 1:3278678/1‑91 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTT > 2:2496980/1‑91 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTT > 1:3989037/1‑91 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTAAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTT < 2:4804133/91‑1 ACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAAC > 2:3232401/1‑91 ACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAAC > 2:1389443/1‑91 CGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTC > 2:3665872/1‑91 GTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGT > 1:1922853/1‑91 TAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTA > 2:1998873/1‑91 ACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAGCTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCG < 1:4395329/91‑1 CCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGC > 1:2924225/1‑91 CCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGC > 1:3215747/1‑91 CCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGC > 2:27444/1‑91 CCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGC < 2:5104529/91‑1 CCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGC > 1:4311709/1‑91 CCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGC > 1:430007/1‑91 CCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGC > 1:3737477/1‑91 CCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGC > 1:4034971/1‑91 CGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCA < 1:1666024/91‑1 CGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCA > 2:4481160/1‑91 CGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCA < 1:2300468/91‑1 CGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCA < 1:2551702/91‑1 CGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAA > 2:1937602/1‑91 CGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAA > 1:1905748/1‑91 CGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAA > 2:4209148/1‑91 CGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAA < 2:2859697/91‑1 GTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTTAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAA < 2:5210359/91‑1 GTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAA > 2:1764814/1‑91 GTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAA > 1:5625125/1‑91 GTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAA > 2:508055/1‑91 GTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAA < 2:4340547/91‑1 GTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGAACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAA > 1:5629389/1‑91 TGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAAT > 1:721100/1‑91 TGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAAT > 1:3650796/1‑91 TGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAAT > 1:4881012/1‑91 GTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGTACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATT < 1:5255391/91‑1 GTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATT < 2:1504911/91‑1 GTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATT < 1:195744/91‑1 GTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATT > 2:1288803/1‑91 GTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATT < 1:2063887/91‑1 TTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTT > 2:63506/1‑91 TTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTT < 1:2916097/91‑1 TTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTA > 1:3560266/1‑91 TTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTA < 1:3241970/91‑1 TTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTA < 1:3224741/91‑1 TTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTA < 2:4775395/91‑1 TTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTA < 2:3137042/91‑1 TAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCGCATTCAAACTTGGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATGTAT > 2:5219046/1‑91 TAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTACATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT > 2:5454716/1‑91 TAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT > 1:828770/1‑91 TAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT > 1:4850178/1‑91 TAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT < 2:1982877/91‑1 TAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT > 2:3282162/1‑91 TAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT < 1:295871/91‑1 TAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT < 1:4415668/91‑1 TACGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2830290‑2830190‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑accgcgtgtttAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT > USA300TCH1516_ALE/2830247‑2830336 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |