| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2830190 = | 315 (1.100) | 5 (0.020) | 4/138 | NT | 2.1% | intergenic (+18/+429) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2830247 = | 200 (0.810) | intergenic (+75/+372) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 410 total aligned reads displayed.
ATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTT > USA300TCH1516_ALE/2830100‑2830280 | ataaattttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatatta > 2:3282162‑M1/91‑91 (MQ=255)ataaattttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatatta > 1:4850178‑M1/91‑91 (MQ=255)ataaattttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatgtacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatatta > 2:5454716‑M1/91‑91 (MQ=255)atTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTaaa < 1:1146538/91‑1 (MQ=255) ttGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTaaaa < 1:4951874/91‑1 (MQ=255) taaattttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattaa < 1:3241970‑M1/2‑1 (MQ=255) taaattttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattaa < 2:3137042‑M1/2‑1 (MQ=255) tGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTaaaaa > 2:3993752/1‑91 (MQ=255) gCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAac < 1:4164859/91‑1 (MQ=255) gCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAac < 2:3566581/91‑1 (MQ=255) gCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAac < 1:3350179/91‑1 (MQ=255) aattttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAac < 1:2063887‑M1/4‑1 (MQ=255) ttttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgttcaattagaatatatgtataacaatattAAacac > 1:5629389‑M1/86‑91 (MQ=255) ttttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAacac > 2:1764814‑M1/86‑91 (MQ=255) ttttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcattaacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAacac < 2:5210359‑M1/6‑1 (MQ=255) gTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAacac < 1:5534015/91‑1 (MQ=255) gTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAacac < 2:1291050/91‑1 (MQ=255) tttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACAcg > 2:1937602‑M1/85‑91 (MQ=255) tGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAcg < 1:3937968/91‑1 (MQ=255) tgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACAcgcg > 2:4481160‑M1/83‑91 (MQ=255) gcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACACGCgg > 1:3215747‑M1/82‑91 (MQ=255) gcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACACGCgg > 1:2924225‑M1/82‑91 (MQ=255) gcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACACGCgg > 2:27444‑M1/82‑91 (MQ=255) aTTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCgg < 1:668569/91‑1 (MQ=255) tCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTg < 1:5279440/91‑1 (MQ=255) cTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTgg > 2:1666024/1‑91 (MQ=255) cTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTgg > 1:1067530/1‑91 (MQ=255) atatCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGc > 2:134638/1‑91 (MQ=255) atatCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGc > 2:870506/1‑91 (MQ=255) atCGTTAGGTTTAGTATTGGAAATCAACCATATAAATTTAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCgg < 2:188994/91‑2 (MQ=255) ttAGGTTTATTATTGTAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATc < 2:2288283/91‑1 (MQ=255) ttAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATc < 2:3853195/91‑1 (MQ=255) tAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCa > 1:1656598/1‑91 (MQ=255) tttATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGttt < 2:4232287/91‑1 (MQ=255) ttattGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAAt > 2:1470144/1‑91 (MQ=255) ttattGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAAt > 1:4435513/1‑91 (MQ=255) attGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtg > 1:3542485/1‑91 (MQ=255) ttGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtga < 1:2364109/91‑1 (MQ=255) ttGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtga < 1:1353849/91‑1 (MQ=255) tGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgac < 2:3409118/91‑1 (MQ=255) tGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgac > 2:5595665/1‑91 (MQ=255) ggAAAACAACCATATAAATTGAGCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgact > 1:3469434/1‑91 (MQ=255) ggAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgact < 2:65831/91‑1 (MQ=255) gAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgactg < 1:3805857/91‑1 (MQ=255) aaaaCAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgactga < 1:171879/91‑1 (MQ=255) aaaaCAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTATGAATtgactga > 2:3729597/1‑91 (MQ=255) aaaCAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgactgac > 2:4337904/1‑91 (MQ=255) aaaCAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgactgac < 2:2597004/91‑1 (MQ=255) aacaacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTgactgact > 1:1526097/1‑91 (MQ=255) acaacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACtt > 1:4323185/1‑91 (MQ=255) caacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGAGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTc > 1:4387495/1‑91 (MQ=255) aacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCg < 1:2406673/91‑1 (MQ=255) aacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCg > 1:4281463/1‑91 (MQ=255) aacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCg > 1:1248353/1‑91 (MQ=255) aacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCg < 1:299455/91‑1 (MQ=255) ccATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGtt > 2:1014315/1‑91 (MQ=255) ccATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGtt > 1:4803221/1‑91 (MQ=255) ccATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGATATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGtt > 2:3332083/1‑91 (MQ=255) cATATAAATTGATCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGttt > 2:5255391/1‑91 (MQ=255) cATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGttt > 1:269015/1‑91 (MQ=255) cATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGttt > 2:91641/1‑91 (MQ=255) tataAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTa > 1:2566590/1‑91 (MQ=255) ataAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTAc < 1:5167912/91‑1 (MQ=255) taAATTGCACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGATAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTAcc > 1:5427341/1‑91 (MQ=255) aaTTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACcgc > 1:2191839/1‑91 (MQ=255) aTTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACcgcg > 1:614333/1‑91 (MQ=255) ttGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTGTTACCGCgt > 2:3935652/1‑91 (MQ=255) tGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCgtg < 1:3567952/91‑1 (MQ=255) gAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCgtgt > 1:3137042/1‑91 (MQ=255) gAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCgtgt < 1:1812376/91‑1 (MQ=255) aCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGttt < 2:1208217/91‑1 (MQ=255) aCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGttt < 2:5330941/91‑1 (MQ=255) aCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGttt < 2:3032616/91‑1 (MQ=255) aCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGttt < 1:1917933/91‑1 (MQ=255) aCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGttt > 2:2345932/1‑91 (MQ=255) aCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGttt > 1:828737/1‑91 (MQ=255) cATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTa < 2:2233446/91‑1 (MQ=255) aTTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTaa > 1:4028899/1‑91 (MQ=255) aTTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTaa < 1:1883250/91‑1 (MQ=255) aaTGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAatat > 2:4371031/1‑91 (MQ=255) gCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGt > 2:2684100/1‑91 (MQ=255) cTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGtt > 1:464783/1‑91 (MQ=255) cTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGtt < 2:4934389/91‑1 (MQ=255) ttaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATAc < 1:472916/91‑1 (MQ=255) aattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACat > 2:321935/1‑91 (MQ=255) attattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACata < 2:4431451/91‑1 (MQ=255) ttattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatat < 2:1121992/91‑1 (MQ=255) tattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatata > 2:289010/1‑91 (MQ=255) aaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCt > 2:5120088/1‑91 (MQ=255) aaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCt > 2:2425534/1‑91 (MQ=255) aaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCt > 2:2048188/1‑91 (MQ=255) gCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTaa > 1:2834463/1‑91 (MQ=255) gCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTaa > 1:4611129/1‑91 (MQ=255) tATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAAtt > 2:5042669/1‑91 (MQ=255) tGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGc > 2:4675412/1‑91 (MQ=255) ttAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGcac > 2:3677362/1‑91 (MQ=255) AAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTTACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAttt < 2:4804133‑M1/91‑1 (MQ=255) AAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAttt < 1:3646671‑M1/91‑1 (MQ=255) AAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAttt > 1:3989037‑M1/1‑91 (MQ=255) AAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAttt > 2:2496980‑M1/1‑91 (MQ=255) | ATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTT > USA300TCH1516_ALE/2830100‑2830280 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |