| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2850817 = | 282 (0.980) | 8 (0.030) | 7/132 | NT | 3.6% | intergenic (+16/+103) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2850866 = | 195 (0.820) | intergenic (+65/+54) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein | |||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
AACAATGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTG‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2850920‑2850817‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ttagggtgcttttgGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTCCTAAAATTTACAAA > USA300TCH1516_ALE/2850866‑2850955 AACAATGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAAT < 1:846826/91‑1 ATGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGG > 2:4631417/1‑91 ATGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGG < 1:4080511/91‑1 TGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG < 1:5566172/91‑1 TGTCGTTTAGCTAAAATACATCATTATAGTAAAACTGTATACCAATCATCCAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG < 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USA300TCH1516_ALE/2850866‑2850955 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |