| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 646656 = | 325 (1.130) | 14 (0.060) | 10/140 | NT | 5.1% | intergenic (+10/‑577) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 646692 = | 237 (0.940) | intergenic (+46/‑541) | lipL/galK | Octanoyl‑[GcvH]:protein N‑octanoyltransferase/Galactokinase | |||||
Only 100 of 387 total aligned reads displayed.
CAAGAAGAATGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTATTTTTGAAAGTATCCATAAAAAGCATAAATATGTTATTGACCTAATATTTAAATT > USA300TCH1516_ALE/646566‑646746 | tccatcatatcattacttttaatttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaat < 2:1145997‑M1/1‑1 (MQ=255)tccatcatatcattacttataatttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaat > 2:1333246‑M1/91‑91 (MQ=255)cAAGAAGAATGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATAttt > 1:2393151/1‑91 (MQ=255) atcatatcattacttttaatttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAAc > 1:3924964‑M1/88‑91 (MQ=255) atcatatcattacttttaatttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAAc < 1:2081894‑M1/4‑1 (MQ=255) atcatatcattacttttaatttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAAc > 1:5157705‑M1/88‑91 (MQ=255) tcatatcattacttttaatttaatgatgttcaatttaactattaggtcaagaacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACa > 1:4694793‑M1/87‑91 (MQ=255) tcatatcattacttttaatttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACa < 1:3870391‑M1/5‑1 (MQ=255) aagaaTGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACa < 2:1699753/91‑1 (MQ=255) agaaTGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAg < 2:1876090/91‑1 (MQ=255) agaaTGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAg < 1:1147460/91‑1 (MQ=255) gaaTGGCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGc < 1:572924/91‑1 (MQ=255) atatcattacttttaatttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGc > 1:2844245‑M1/85‑91 (MQ=255) tatcattacttttaatttaatgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGcc < 2:4979363‑M1/8‑1 (MQ=255) 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gCAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCtt > 1:1344409/1‑91 (MQ=255) cAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCttt < 1:3145191/91‑1 (MQ=255) cAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCttt < 2:1417719/91‑1 (MQ=255) cAAAGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCttt > 2:4082439/1‑91 (MQ=255) aaGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCa < 2:102527/91‑1 (MQ=255) aGATACGATACGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCaa > 2:4654274/1‑91 (MQ=255) gatacgatacGTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTGAAg > 1:5242572/1‑91 (MQ=255) atacgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGt < 2:3195823/91‑1 (MQ=255) atacgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGt < 2:1299793/91‑1 (MQ=255) acgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTa > 2:4597050/1‑91 (MQ=255) cgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTAt < 2:5494903/91‑1 (MQ=255) cgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTAt < 2:2321514/91‑1 (MQ=255) cgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTAt < 2:3675900/91‑1 (MQ=255) cgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTAt > 2:4227278/1‑91 (MQ=255) cgatacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTAt > 2:2146487/1‑91 (MQ=255) atacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCg > 1:3509784/1‑91 (MQ=255) atacgTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCg > 1:2705377/1‑91 (MQ=255) gTATTTTGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTg > 1:2968733/1‑91 (MQ=255) tgatgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTgg > 1:4258662‑M1/64‑91 (MQ=255) ttttGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTgggg < 1:4885627/91‑1 (MQ=255) ttttGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTgggg < 1:3275635/91‑1 (MQ=255) tttGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGc > 1:4791855/1‑91 (MQ=255) tttGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGc < 2:2688903/91‑1 (MQ=255) tgttcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGc > 2:2771642‑M1/61‑91 (MQ=255) ttGATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCt > 1:5015871/1‑91 (MQ=255) tcaatttaaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGt > 1:888554‑M1/58‑91 (MQ=255) gATAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGt < 2:3767491/91‑1 (MQ=255) tAAAATGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTa < 1:4210740/91‑1 (MQ=255) taaatattaggtcaataacatatttatgctttttatggatactttcaaaaaTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAtttt > 1:1740868‑M1/52‑91 (MQ=255) aTGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAtttt < 2:1368904/91‑1 (MQ=255) aTGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAtttt > 1:4034476/1‑91 (MQ=255) tGATTGAAAGAAACAAGAAAATGATAGATCAAATGCAATAGTTAAATATTTAACAGCCCCTTTCAAGTTATCGTTTGGGGCTGTTAttttt > 2:5329253/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |