| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 854380 = | 268 (0.930) | 16 (0.060) | 15/148 | NT | 5.9% | intergenic (‑275/‑460) | USA300HOU_RS04170/zipA_1 | Epimerase family protein/Cell division protein ZipA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 854405 = | 263 (0.990) | intergenic (‑300/‑435) | USA300HOU_RS04170/zipA_1 | Epimerase family protein/Cell division protein ZipA | |||||
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
CCTTCGATAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAATTTAAAGCATTAATTTTTTAAACAAATTTAA > USA300TCH1516_ALE/854290‑854470 | ccTTCGATAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTgg < 2:2495890/91‑1 (MQ=255)agattgttatattactatgtattcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacg < 1:180413‑M1/1‑1 (MQ=255) cTTCGATAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGCAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGa < 1:5521951/91‑1 (MQ=255) ttCGATAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGAc < 1:5314723/91‑1 (MQ=255) ttCGATAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGAc < 1:2201464/91‑1 (MQ=255) attgttatattactatgtattcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacGAc < 1:2272281‑M1/3‑1 (MQ=255) ttgttatattactatgtattcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacGAcc < 1:1851491‑M1/4‑1 (MQ=255) tCGATAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGAcc > 2:2145008/1‑91 (MQ=255) tgttatattactatgtattcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacGAccc > 1:2765496‑M1/87‑91 (MQ=255) cGATAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGAccc < 1:5356058/91‑1 (MQ=255) gttatattactatgtattcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacGACCCg < 2:1909907‑M1/6‑1 (MQ=255) gttatattactatgtattcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacGACCCg < 2:3684492‑M1/6‑1 (MQ=255) gATAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAGATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCg < 1:2002326/91‑1 (MQ=255) ttatattactatgtattcttaaatttgtttaaataattaatgctttaaatttatgtataatttgaataagaaataattaaaaacgacctgt < 2:3376954‑M1/7‑4 (MQ=255) tAACGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTa > 1:3323766/1‑91 (MQ=255) atattactatgtattcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgaagtttaatgggaataagaaataaataaaaacGAcccgaac < 2:4344885‑M1/9‑4 (MQ=255) aCGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACg < 2:3516176/91‑1 (MQ=255) cGAATAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑t > 2:3475588/1‑91 (MQ=255) ttactatgtattcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacGACCCGTACG‑tt > 2:272392‑M1/80‑91 (MQ=255) aaTAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTa < 2:169886/91‑1 (MQ=255) aaTAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTa < 2:4216185/91‑1 (MQ=255) tAAACATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAAt < 1:2882654/91‑1 (MQ=255) aaaCATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATc < 1:528020/91‑1 (MQ=255) aaCATCTCTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCg > 1:1375501/1‑91 (MQ=255) tctcTTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCg > 1:899349/1‑91 (MQ=255) attcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacGACCCGTACG‑TTAATCGTGCg > 2:3065170‑M1/71‑91 (MQ=255) tcttaaatttgtttaaaaaattaatgctttaaattgatgtataatgggaataagaaataaataaaaacGACCCGTACG‑TTAATCGTGCggg > 1:350538‑M1/69‑91 (MQ=255) tctTAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCggg > 1:4789766/1‑91 (MQ=255) ttAAAAGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTc < 2:4452458/91‑1 (MQ=255) aaaaGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAGGGTAAAAATGTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGt > 2:5435618/1‑91 (MQ=255) aaaaGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGt > 1:2814486/1‑91 (MQ=255) aGTATGTGTAAAACGCTGCATGATACTAACGAAGGTAAAGATTTGTCTCCGTTTAGTAGTGTACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGtttg < 2:4122105/91‑2 (MQ=255) gTATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGttttt < 1:4103321/91‑1 (MQ=255) tATGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTttta < 1:4536856/91‑1 (MQ=255) aTGTGTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTtttat > 2:1780744/1‑91 (MQ=255) tgtgTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTtttatt > 2:2247084/1‑91 (MQ=255) tgtgTAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTtttatt > 1:1430862/1‑91 (MQ=255) gtgtAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTtttattt > 1:3895903/1‑91 (MQ=255) tgtACAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAACTTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTtttattta > 1:3439171/1‑91 (MQ=255) tgtAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTtttatttt > 2:1008509/1‑90 (MQ=255) gtAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTttatttat < 2:1888282/91‑1 (MQ=255) tAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTtatttatt < 2:2953448/91‑1 (MQ=255) tAAAACGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTtatttatt > 1:1103527/1‑91 (MQ=255) aaaCGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTc < 2:3947533/91‑1 (MQ=255) aaaCGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTc < 2:1381578/91‑1 (MQ=255) aaCGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCt > 1:2321376/1‑91 (MQ=255) cGCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTa > 2:2914900/1‑91 (MQ=255) gCTGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTAt < 1:1708936/91‑1 (MQ=255) tGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTc > 1:3639854/1‑91 (MQ=255) tGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTc > 2:1962469/1‑91 (MQ=255) tGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTc < 1:4262854/91‑1 (MQ=255) tGCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTc > 1:661412/1‑91 (MQ=255) gCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTcc > 1:5097459/1‑91 (MQ=255) gCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTcc > 1:5042123/1‑91 (MQ=255) gCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTcc > 1:602957/1‑91 (MQ=255) gCATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTcc > 1:3141677/1‑91 (MQ=255) cATGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTccc > 1:5174461/1‑91 (MQ=255) tGATACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCAt > 2:3772810/1‑91 (MQ=255) aTACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATta < 2:1473770/91‑1 (MQ=255) aTACAAACGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCATGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATta < 1:4002273/91‑1 (MQ=255) tACAAACCAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATtat < 2:5395943/91‑1 (MQ=255) aaCGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACAt > 2:492093/1‑91 (MQ=255) aaCGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACAt < 1:5154503/91‑1 (MQ=255) aaCGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACAt < 1:3515737/91‑1 (MQ=255) aaCGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACAt < 2:2339563/91‑1 (MQ=255) aCGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATc < 1:127598/91‑1 (MQ=255) aCGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATc < 1:3947511/91‑1 (MQ=255) aCGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATc < 1:1022379/91‑1 (MQ=255) cGAAGGTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCa > 1:5198666/1‑91 (MQ=255) ggTAAAAATTTGACTCCCTTTAGTAGTGGACCCGTACG‑TTAATCGTGCGGGTCGTTTTTATTTATTTCTTATTCCCATTATACATCAAttt > 2:5136627/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |