| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2207841 = | 283 (0.980) | 15 (0.060) | 9/142 | NT | 6.0% | intergenic (+202/+62) | rodA/USA300HOU_RS11255 | Peptidoglycan glycosyltransferase RodA/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2207874 = | 221 (0.870) | intergenic (+235/+29) | rodA/USA300HOU_RS11255 | Peptidoglycan glycosyltransferase RodA/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 370 total aligned reads displayed.
CCCTCTTTGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGTGTGTGATTCACAATCACAGTCAATTATTTTAATTCGTGACTTACTTTATTAG > USA300TCH1516_ALE/2207751‑2207931 | ctctTTGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCaaaaaa < 1:1295265/91‑1 (MQ=255) ctctTTGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCaaaaaa < 1:5577429/91‑1 (MQ=255) ctctTTGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTCCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCaaaaaa > 1:4988028/1‑91 (MQ=255) tttagacattattaatactttgccagcatctaataaagtaagtcacgaattaaaataattgactgtgattgtgaatcacacaccgttAAAg > 2:565724‑M1/88‑91 (MQ=255) tttagacattattaatactttgccagcatctaataaagtaagtcacgaattaaaataattgactgtgattgtgaatcacacaccgttAAAg > 1:4359316‑M1/88‑91 (MQ=255) tctTTGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAg > 2:2402618/1‑91 (MQ=255) tctTTGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAg > 2:765019/1‑91 (MQ=255) tctTTGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAg > 1:3736025/1‑91 (MQ=255) tctTTGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAg > 2:4272717/1‑91 (MQ=255) tttGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCt < 2:206230/91‑1 (MQ=255) tttGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCt < 1:199791/91‑1 (MQ=255) tttGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCt < 1:3348201/91‑1 (MQ=255) tttGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCt < 2:4585061/91‑1 (MQ=255) tagacattgttaatactttgccagcatctaataaagtaagtcacgaattaaaataattgactgtgattgtgaatcacacaccgttAAAGCt > 1:2431464‑M1/86‑91 (MQ=255) tagacattattaatactttgccagcatctaataaagtaagtcacgaattaaaataattgactgtgattgtgaatcacacaccgttAAAGCt > 2:934997‑M1/86‑91 (MQ=255) tagacattattaatactttgccagcatctaataaagtaagtcacgaattaaaataattgactgtgattgtgaatcacacaccgttAAAGCt > 1:1441259‑M1/86‑91 (MQ=255) tagacattattaatactttgccagcatctaataaagtaagtcacgaattaaaataattgactgtgattgtgaatcacacaccgttAAAGCt > 2:528564‑M1/86‑91 (MQ=255) ttGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTa > 1:228836/1‑91 (MQ=255) tGAAGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTat > 1:3475128/1‑91 (MQ=255) acattattaatactttgccagcatctaataaagtaagtcacgaattaaaataattgactgtgattgtgaatcacacaccgttAAAGCTatc < 2:314653‑M1/9‑1 (MQ=255) aaGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTatca < 2:112266/91‑1 (MQ=255) aGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTatcat > 1:810312/1‑91 (MQ=255) aGTACACATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTatcat > 2:3379387/1‑91 (MQ=255) acacATTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGa > 1:184049/1‑91 (MQ=255) caTTGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATa < 1:3573813/91‑1 (MQ=255) ttGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGt > 1:3649905/1‑91 (MQ=255) tGTAAAATGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTACTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTc < 2:3335703/91‑1 (MQ=255) actttgccagcatctaataaagtaagtcacgaattaaaataattgactgtgattgtgaatcacacaccgttAAAGCTATCATCGAATAGTc > 2:4135594‑M1/72‑91 (MQ=255) aaaTGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCcgac > 2:4105623/1‑91 (MQ=255) aaTGTACACTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCcgacg > 1:419034/1‑91 (MQ=255) 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cacTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCt < 1:278367/91‑1 (MQ=255) cacTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCt > 1:5405385/1‑91 (MQ=255) acTCTAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTATCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCtt > 1:3997358/1‑91 (MQ=255) tctAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTa < 1:3091645/91‑1 (MQ=255) ctAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTaa > 2:2845424/1‑91 (MQ=255) tAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAAc < 1:19312/91‑1 (MQ=255) tAAAGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAAc < 1:3209020/91‑1 (MQ=255) aaGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACgg < 2:2257757/91‑1 (MQ=255) aaGAGGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACgg < 1:456488/91‑1 (MQ=255) agGGATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgt < 2:1477462/91‑1 (MQ=255) gggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtg < 2:3270270/91‑1 (MQ=255) gggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtg < 2:5302766/91‑1 (MQ=255) ggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtgt > 1:2905545/1‑91 (MQ=255) ggATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGgtgtgt < 2:134210/91‑1 (MQ=255) gATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGtgtgtg < 2:3041302/91‑1 (MQ=255) gATTTTGTTATATAGTACTTGCTTTCATTTTAGTAAATCCAGTCAAAAAAGCTATCATCGAATAGTCCGACGATAGCTTTAACGGtgtgtg > 2:441288/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |