| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2256396 = | 283 (0.980) | 13 (0.050) | 6/132 | NT | 6.0% | intergenic (+49/+72) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2256443 = | 172 (0.730) | intergenic (+96/+25) | deoD1/dps | Purine nucleoside phosphorylase DeoD‑type 1/General stress protein 20U | |||||
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
TTTACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCTTTTATTTATATTATTACTTATCTGTAGATTAGCTTAAGTAAGATTTA > USA300TCH1516_ALE/2256306‑2256486 | tttACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCaa > 2:3293292/1‑91 (MQ=255)tttACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCaa > 2:2996434/1‑91 (MQ=255)tttACACAAATGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCaa > 1:1416204/1‑91 (MQ=255)tgtttataggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaata < 1:5442295‑M1/1‑1 (MQ=255)tgtttataggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaata > 2:36068‑M1/91‑91 (MQ=255) tACACAAATGATGGCAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCaaaa < 1:1872003/91‑1 (MQ=255) taggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGcc < 2:5560438‑M1/7‑1 (MQ=255) taggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGcc < 2:4742204‑M1/7‑1 (MQ=255) ggtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCaa > 1:3057413‑M1/83‑91 (MQ=255) aaTGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTGTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGTCaa > 1:5246606/1‑91 (MQ=255) aaTGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCaa > 1:2033220/1‑91 (MQ=255) aaTGATGGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCaa < 1:4136951/91‑1 (MQ=255) gtatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAac > 1:959421‑M1/82‑91 (MQ=255) atgatgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAac > 2:3966284/1‑91 (MQ=255) atgatgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAac < 1:1795192/91‑1 (MQ=255) tatgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAaca < 1:5509807‑M1/11‑1 (MQ=255) gatgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAACAGCCAacac > 2:5354296/1‑91 (MQ=255) gatgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAacac > 1:2454200/1‑91 (MQ=255) atgcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAacac < 1:1012723‑M1/12‑1 (MQ=255) tgGAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTCAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAt > 1:3994648/1‑91 (MQ=255) gcaaacatcagtagataaacataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACAt > 2:3779245‑M1/78‑91 (MQ=255) ggAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAtt > 2:725337/1‑91 (MQ=255) ggAAATCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACAtt > 2:677994/1‑91 (MQ=255) aaaTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCt > 1:1921313/1‑91 (MQ=255) aaTCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTg > 1:4978912/1‑91 (MQ=255) tCGCTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTggg > 1:2802334/1‑91 (MQ=255) cTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGt < 1:234678/91‑1 (MQ=255) cTTTAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCGTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGt < 2:2036671/91‑1 (MQ=255) tttAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTa < 1:4744784/91‑1 (MQ=255) tAGAAATCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATc < 2:4054638/91‑1 (MQ=255) aaaTCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATcccc > 2:831113/1‑91 (MQ=255) tCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt < 1:430684/91‑1 (MQ=255) tCGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt < 2:1892574/91‑1 (MQ=255) acataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCata > 2:3245189‑M1/60‑90 (MQ=255) acataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAtt > 2:2936464‑M1/60‑91 (MQ=255) cataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt > 2:1956519‑M1/59‑91 (MQ=255) cGCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCAttt > 1:605047/1‑91 (MQ=255) gCAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTa > 1:790882/1‑91 (MQ=255) ataattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTa > 2:1497608‑M1/58‑91 (MQ=255) cAGAGTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAt < 1:2620886/91‑1 (MQ=255) agagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAtg > 2:3684666/1‑91 (MQ=255) agagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAtg < 1:219267/91‑1 (MQ=255) aattggatgtttaaatcttacttaagctaatctacagataagtaataatataaatAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAtg > 1:310948‑M1/56‑91 (MQ=255) gagTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAtgt > 2:5156968/1‑91 (MQ=255) agTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTAtgtg < 1:3920114/91‑1 (MQ=255) gTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATgtgt < 2:2748172/91‑1 (MQ=255) gTAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATgtgt < 1:3635967/91‑1 (MQ=255) tatattATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTACACTCAAAAAGCGAACACATTCTGGGCGTATCCACATATATGTGtt > 2:599929/5‑91 (MQ=255) tAACTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGtt < 1:3755984/91‑1 (MQ=255) aaCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTg < 1:4489362/91‑1 (MQ=255) aaCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTg < 2:2555269/91‑1 (MQ=255) aCTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTgg < 1:5295297/91‑1 (MQ=255) cTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGc > 2:3855097/1‑91 (MQ=255) cTTATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGc > 1:3707384/1‑91 (MQ=255) ttATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAACAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCt > 1:1733002/1‑91 (MQ=255) ttATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCt < 1:519453/91‑1 (MQ=255) tATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCtt < 1:4204258/91‑1 (MQ=255) tATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCtt > 1:3181405/1‑91 (MQ=255) tATTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCtt < 1:2980900/91‑1 (MQ=255) aTTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCttt > 2:1070076/1‑91 (MQ=255) aTTTAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCttt > 1:4365949/1‑91 (MQ=255) tttAAATTGACTTTAATTGCTCTTTAACAATGCGATTAAACTCAAAAAGCCAACACATTCTGGGCGTATCCCCATTTATGTGTTGGCtttt > 1:658741/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |