| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2442806 = | 216 (0.750) | 10 (0.040) | 8/128 | NT | 5.2% | intergenic (+3/+55) | glvR/USA300HOU_RS12585 | HTH‑type transcriptional regulator GlvR/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2442855 = | 191 (0.830) | intergenic (+52/+6) | glvR/USA300HOU_RS12585 | HTH‑type transcriptional regulator GlvR/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 458 total aligned reads displayed.
TTCTAGCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACAT > USA300TCH1516_ALE/2442716‑2442896 | gaatatcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgata < 2:319783‑M1/1‑1 (MQ=255)gaatatcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgata < 2:2566890‑M1/1‑1 (MQ=255) aatatcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgataa < 2:4997865‑M1/2‑1 (MQ=255) cTAGCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAA > 1:2359338‑M1/1‑91 (MQ=255) atatcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgataaa < 1:4936050‑M1/3‑1 (MQ=255) atatcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgataaa < 2:1955700‑M1/3‑1 (MQ=255) atcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAg > 1:2043084‑M1/87‑91 (MQ=255) tcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAgg < 1:3625458‑M1/6‑1 (MQ=255) tcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAgg < 2:4776248‑M1/6‑1 (MQ=255) tcatgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAgg < 1:3034908‑M1/6‑1 (MQ=255) gCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGG > 2:4247155‑M1/1‑91 (MQ=255) catgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGa > 2:772838‑M1/85‑91 (MQ=255) atgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGaa < 2:1934777‑M1/8‑1 (MQ=255) atgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGaa < 1:5358166‑M1/8‑1 (MQ=255) tgatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAg > 2:107685‑M1/83‑91 (MQ=255) gatgccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGt > 2:4064374‑M1/82‑91 (MQ=255) catcaGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGT > 2:3260657‑M1/1‑91 (MQ=255) catcaGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGT < 1:4007311‑M1/91‑1 (MQ=255) gccatggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTAt < 2:1751719‑M1/13‑1 (MQ=255) aGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATG < 2:683994‑M1/91‑1 (MQ=255) gTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTTCTACATAATGATATTAAAAAAAAAAAAAAAGGAAGTTATGA < 2:3796835‑M1/91‑1 (MQ=255) gTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGA < 2:5113452‑M1/91‑1 (MQ=255) ttATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGAT > 1:2875038‑M1/1‑91 (MQ=255) atggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGAt < 2:2480274‑M1/16‑1 (MQ=255) atggtgcatggtttcgaattgatgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGAt > 2:1206602‑M1/76‑91 (MQ=255) aTCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGAttt > 1:1127549/1‑91 (MQ=255) atatatTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATCATTTAAt > 1:4500053/1‑91 (MQ=255) tCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCtt < 1:3861072/91‑1 (MQ=255) tCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATAAAAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCtt < 2:1990810/91‑1 (MQ=255) cTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTg < 1:3241654/91‑1 (MQ=255) tGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGc > 1:685899/1‑91 (MQ=255) gAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGcc > 2:1326338/1‑91 (MQ=255) aaCACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTa < 1:5273435‑M2/91‑2 (MQ=255) acacTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaat < 2:3414053‑M1/91‑20 (MQ=255) acacTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTat < 2:1866922‑M2/91‑3 (MQ=255) acacTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTat < 1:5002719‑M2/91‑3 (MQ=255) atgtttgataagatgtaccacgttatcgaaacatcaacacaacaataaaatgatAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCa > 1:4191689‑M1/55‑91 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcat > 2:854034‑M2/1‑86 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcat < 1:2588207‑M2/91‑6 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcat < 1:959100‑M2/91‑6 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcat < 1:1955700‑M2/91‑6 (MQ=255) cTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcat > 2:2708773‑M2/1‑86 (MQ=255) ttGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcata > 1:3100010‑M2/1‑85 (MQ=255) gTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataac > 2:5202490‑M2/1‑83 (MQ=255) gTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataac > 2:623992‑M2/1‑83 (MQ=255) tAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataact < 2:2330297‑M2/91‑10 (MQ=255) tAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataact < 2:3853655‑M2/91‑10 (MQ=255) tAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataact < 1:3961963‑M2/91‑10 (MQ=255) aaGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataactt > 2:2858703‑M2/1‑81 (MQ=255) aGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttc > 2:5429346‑M2/1‑80 (MQ=255) gAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcc > 1:1540836‑M2/1‑79 (MQ=255) aaaaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcct > 1:2712416‑M2/1‑78 (MQ=255) aaTATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttccttt > 2:3086703‑M2/1‑76 (MQ=255) atatAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttcctttt < 1:4899010‑M1/91‑34 (MQ=255) atatAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTatcataacttcctttt < 1:3145272‑M2/91‑17 (MQ=255) tataATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttt < 2:1820057‑M1/91‑35 (MQ=255) ataATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTAt > 2:2035773/1‑91 (MQ=255) taATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATc < 1:3721457/91‑1 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt < 2:4499261/91‑1 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt > 2:5310047/1‑91 (MQ=255) aTGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAt > 1:4550456/1‑91 (MQ=255) gAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAttt < 2:4435031/91‑1 (MQ=255) gAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAttt < 1:1363246/91‑1 (MQ=255) gAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAttt < 1:1453545/91‑1 (MQ=255) aGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCAtttt > 1:3414020/1‑91 (MQ=255) tATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAt < 2:4171610/91‑1 (MQ=255) aTTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAtt < 2:3623598/91‑1 (MQ=255) ttACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttgt > 1:1847207/1‑91 (MQ=255) tactacATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTAttgtt > 2:1459940/1‑91 (MQ=255) ctacATAATGATATTTTAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCATGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATtgttgt > 1:5471453/1‑91 (MQ=255) 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tttCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcattatgtagtaa < 1:138433‑M1/91‑63 (MQ=255) tttCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGa < 2:1397032/91‑1 (MQ=255) ttCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGAt < 2:2996073/91‑1 (MQ=255) tCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATa > 1:166622/1‑91 (MQ=255) tCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATa < 1:585770/91‑1 (MQ=255) aaaTTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAAc > 2:947165/1‑91 (MQ=255) aaTTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACg < 2:3712668/91‑1 (MQ=255) aaTTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACg > 2:227976/1‑91 (MQ=255) 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aaaaaaGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTAc < 1:2540086/91‑1 (MQ=255) aaaaaGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACa > 2:5603662/1‑91 (MQ=255) aaaaGGAAGTTATGATaggctcaaggccattaaatcataacttccttttttctaatttgaaatatcataatgtagtaaatactcattatat > 2:4036881‑M1/1‑16 (MQ=255) AAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACAt > 2:392317‑M1/1‑91 (MQ=255) AAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACAt < 1:2475338‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACAt < 1:2280490‑M1/91‑1 (MQ=255) | TTCTAGCTTCATCAGTTATCATATATTCTTTGAAACACTTGTAAGAAAATATAATGAGTATTTACTACATAATGATATTTCAAATTAGAAAAAAGGAAGTTATGATTTAATGGCCTTGAGCCTATCATAACTTCCTTTTATCATTTTATTGTTGTGTTGATGTTTCGATAACGTGGTACAT > USA300TCH1516_ALE/2442716‑2442896 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |