| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_012417 | = 997 | 4013 (0.450) | 216 (0.030) | 45/138 | NT | 5.9% | intergenic (+9/+6) | USA300HOU_RS14890/USA300HOU_RS15665 | replication protein/hypothetical protein |
| ? | NC_012417 | = 1001 | 3435 (0.440) | intergenic (+13/+2) | USA300HOU_RS14890/USA300HOU_RS15665 | replication protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 10225 total aligned reads displayed.
ATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAA > NC_012417/911‑1091 | ttatttttggcacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACt > 1:4896146‑M1/74‑91 (MQ=255) aaaCAACATACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGact < 2:5349611‑M2/91‑4 (MQ=255) aaaCAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGact < 1:3680682‑M2/91‑4 (MQ=255) tatttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTa > 2:3102498‑M1/73‑91 (MQ=255) aacaacAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGacta > 2:3557428‑M2/1‑87 (MQ=255) atttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTaa > 1:726107‑M1/72‑91 (MQ=255) acaacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaa < 1:1799574‑M2/91‑6 (MQ=255) acaacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaa > 1:4209767‑M2/1‑86 (MQ=255) tttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAAt > 1:3870951‑M1/71‑91 (MQ=255) ttttgtgacactacatacagcatttgtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAATg > 2:4256476‑M1/70‑91 (MQ=255) ttttgtgacactacataaagcattagtcacaaaaataagacagtacttttttataaaaaatcaacaaaaAAGACATTAGTGTTGACTAATg > 2:3845693‑M1/70‑91 (MQ=255) aacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatg > 1:248266‑M2/1‑84 (MQ=255) aacaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatg > 1:4605530‑M2/1‑84 (MQ=255) acaGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgt < 2:1351655‑M2/91‑9 (MQ=255) gacgaagacgaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgtctt < 2:1652926‑M2/91‑12 (MQ=255) gACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgtctt < 2:1854137‑M2/91‑12 (MQ=255) gACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATCTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgtctt < 2:5444680‑M2/91‑12 (MQ=255) aCGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATAACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCttt > 2:2503966/1‑91 (MQ=255) cGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGactaatgtcttat < 2:899634‑M2/91‑14 (MQ=255) cGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCtttt > 1:4083772/1‑91 (MQ=255) cGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCtttt < 2:2187799/91‑1 (MQ=255) aagaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCtttttt < 2:2601823/91‑1 (MQ=255) agaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttg < 2:1544245/91‑1 (MQ=255) agaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttg < 2:2789788/91‑1 (MQ=255) agaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttg < 1:5113686/91‑1 (MQ=255) agaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttg < 1:1983932/91‑1 (MQ=255) gaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgt < 2:2083391/91‑1 (MQ=255) gaagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATATAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTttgt < 1:5610116/91‑1 (MQ=255) aagaaAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAAAGTCTTTTttgtt > 2:3737242/1‑91 (MQ=255) aaaaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAt > 2:5250450/1‑91 (MQ=255) aaggCACATTCAATTACCGCTATTTGGAATTTCGTTAAGCAAAAGTATTATTTAAGGCATTAGTGGTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttt < 2:4731544/88‑1 (MQ=17) aaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttt < 1:610953/91‑1 (MQ=255) aaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttt > 2:2686317/1‑91 (MQ=255) aaaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttt > 1:258988/1‑91 (MQ=255) aaGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAtttt > 2:4439080/1‑91 (MQ=255) aGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttttt < 1:1002383/91‑1 (MQ=255) aGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGAttttt < 1:5317628/91‑1 (MQ=255) gCACATTAAATTACCGCAATTTAGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTCAACactaatgtcttaaataataattttgc > 2:2997557‑M2/1‑65 (MQ=255) cacaTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGCTTTTTta > 1:4498063/1‑91 (MQ=255) caTTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTTTTTTTTTTTtata > 2:1252505/1‑91 (MQ=255) cAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATaaaaa > 1:2709470/1‑91 (MQ=255) tACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTa < 1:1581361/91‑1 (MQ=255) ccGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACT < 1:4409751‑M1/91‑1 (MQ=255) ccGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACT > 1:281339‑M1/1‑91 (MQ=255) ccGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACT < 1:3980495‑M1/91‑1 (MQ=255) gCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGT < 1:2190234‑M1/91‑1 (MQ=255) cAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTC < 2:2384641‑M1/91‑1 (MQ=255) cAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTC < 2:3642679‑M1/91‑1 (MQ=255) cAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTC < 1:1295931‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCT < 2:1039688‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCT > 2:3441329‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCT > 1:2282680‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCT < 1:1204258‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCT < 1:3200966‑M1/91‑1 (MQ=255) aaTTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCT < 1:3580211‑M1/91‑1 (MQ=255) tttGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTA < 1:290036‑M1/91‑1 (MQ=255) ggAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTT < 1:3005789‑M1/91‑1 (MQ=255) ggAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTCAACactaatgtcttaaataataattttgcttttcgaaattccaaattgcgg > 2:4338420‑M2/1‑43 (MQ=255) gAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTT > 2:1451121‑M1/1‑91 (MQ=255) gAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTT < 1:3303058‑M1/91‑1 (MQ=255) gAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGCGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTT > 2:4638810‑M1/1‑91 (MQ=255) aaTTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTT > 2:788294‑M1/1‑91 (MQ=255) ttCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTG < 2:4551021‑M1/91‑1 (MQ=255) ttCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTG > 2:1760898‑M1/1‑91 (MQ=255) tCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGA > 2:3961139‑M1/1‑91 (MQ=255) cGAAAAGCAAAATTGTTATTTAAGACATTAGTGTTGACGAATGTCTTTTTAGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGAC < 1:4700051‑M1/91‑1 (MQ=255) cGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGAC < 1:432475‑M1/91‑1 (MQ=255) gAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTGTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACA < 1:5506089‑M1/91‑1 (MQ=255) aaGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAAt < 2:2892331/91‑1 (MQ=255) aaGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAAt < 1:5004307/91‑1 (MQ=255) gCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGc < 1:2389396/91‑1 (MQ=255) gCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGc < 1:1691957/91‑1 (MQ=255) gCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGc < 1:3495545/91‑1 (MQ=255) cAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCt < 1:92642/91‑1 (MQ=255) cAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCt < 1:1883840/91‑1 (MQ=255) aaaaTTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCtg < 1:5408738/91‑1 (MQ=255) aaaTTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCtgt < 1:3383907/91‑1 (MQ=255) attattattTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCtgtat < 2:334016/91‑1 (MQ=255) tATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGt < 1:3102314‑M2/91‑2 (MQ=255) tttAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTCGtgt < 1:2082430‑M2/91‑4 (MQ=255) tttAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGtgt > 1:1383408‑M2/1‑88 (MQ=255) tttAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGtgt > 2:1980545‑M2/1‑88 (MQ=255) tttAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGtgt > 2:4832837‑M2/1‑88 (MQ=255) ttAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGtgtc > 2:3222299‑M2/1‑87 (MQ=255) ttAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGtgtc < 1:1501568‑M2/91‑5 (MQ=255) tAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGtgtca > 1:4798762‑M2/1‑86 (MQ=255) tAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGtgtca > 1:5218741‑M2/1‑86 (MQ=255) tAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGtgtca > 2:4938042‑M2/1‑86 (MQ=255) tAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGtgtca > 2:1139599‑M2/1‑86 (MQ=255) tAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTATTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGtgtca > 2:5160386‑M2/1‑86 (MQ=255) AAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTcac > 2:690111‑M1/1‑91 (MQ=255) AAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTcac > 2:2288726‑M1/1‑91 (MQ=255) TTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAAt > 1:83579‑M1/1‑91 (MQ=255) AGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATaa > 2:4060844‑M1/1‑91 (MQ=255) GTGTTGACTAATGTCTTTTTTTTTTATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTATATGTAGTGTCACAAAAATAAg < 2:5570339‑M1/91‑1 (MQ=255) GTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAg < 1:3784823‑M1/91‑1 (MQ=255) GTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAg > 2:593381‑M1/1‑91 (MQ=255) tGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACaa > 2:5056211/1‑91 (MQ=255) gACTAATGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTTTTAAATGCTGTATGTAGTGTCACTAAAATAAGACaaa > 2:4163188/1‑91 (MQ=18) gACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACaaa > 1:1107244/1‑91 (MQ=255) | ATAAAACAACAGACGAAGAAGAAAAAGCACATTCAATTACCGCAATTTGGAATTTCGAAAAGCAAAATTATTATTTAAGACATTAGTGTTGACTAATGTCTTTTTTGTTGATTTTTTATAAAAAAGTACTGTCTTATTTTTGTGACAAATGCTGTATGTAGTGTCACAAAAATAAGACAAA > NC_012417/911‑1091 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |